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- PDB-4qir: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4qir | ||||||
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Title | Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphinic dipeptide analogue LL-(R,S)-2-(pyridin-3-yl)ethylGlyP[CH2]Phe | ||||||
![]() | Aminopeptidase N | ||||||
![]() | HYDROLASE / alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N / M1 family peptidases / 3-{[(R)-1-amino-3-(pyridin-3-yl)propyl](hydroxy)phosphoryl}-(S)-2-benzylpropanoic acid | ||||||
Function / homology | ![]() membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Joachimiak, A. / Berlicki, L. / Vassiliou, S. / Mucha, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-guided, single-point modifications in the phosphinic dipeptide structure yield highly potent and selective inhibitors of neutral aminopeptidases. Authors: Vassiliou, S. / Weglarz-Tomczak, E. / Berlicki, L. / Paweczak, M. / Nocek, B. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Mucha, A. | ||||||
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Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 860.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 39.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 62.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4qhpC ![]() 4qmeC ![]() 4qpeC ![]() 4quoC ![]() 2gtqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 98962.633 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 6 types, 922 molecules ![](data/chem/img/379.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-379 / | ||||||||
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#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-IMD / | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.76 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 2 M ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→40 Å / Num. all: 108021 / Num. obs: 108021 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17 |
Reflection shell | Resolution: 1.7→1.73 Å / % possible all: 92.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2GTQ Resolution: 1.701→27.764 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.97 / σ(I): 2 / Phase error: 18.18 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.701→27.764 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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