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- PDB-4quo: Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphi... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4quo | ||||||
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Title | Crystal structure of Aminopeptidase N in complex with the phosphinic dipeptide analogue LL-(R,S)-hPheP[CH2]Phe(3-CH2NH2) | ||||||
![]() | Aminopeptidase N | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / M1 family aminopeptidase / metalloprotease / APN / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | ![]() membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Vassiliou, S. / Berlicki, L. / Mucha, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure-guided, single-point modifications in the phosphinic dipeptide structure yield highly potent and selective inhibitors of neutral aminopeptidases. Authors: Vassiliou, S. / Weglarz-Tomczak, E. / Berlicki, L. / Paweczak, M. / Nocek, B. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Mucha, A. | ||||||
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 43.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 68.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4qhpC ![]() 4qirC ![]() 4qmeC ![]() 4qpeC ![]() 2gtqS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 98697.469 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: E6MUM9, UniProt: Q9JYV4*PLUS, membrane alanyl aminopeptidase |
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-Non-polymers , 6 types, 1059 molecules ![](data/chem/img/3DZ.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/IMD.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-IMD / | #5: Chemical | ChemComp-ZN / | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.36 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 2.0 M ammonium sulfate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2013 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal Si(111) Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.65→40 Å / Num. all: 129700 / Num. obs: 129700 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 18 |
Reflection shell | Resolution: 1.65→1.68 Å / % possible all: 99.9 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 2GTQ Resolution: 1.65→27.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.942 / SU ML: 0.052 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.085 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 18.803 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.65→27.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.65→1.692 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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