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- PDB-4qfd: Co-crystal structure of compound 2 (3-(7-hydroxy-2-oxo-4-phenyl-2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qfd
タイトルCo-crystal structure of compound 2 (3-(7-hydroxy-2-oxo-4-phenyl-2H-chromen-6-yl)propanoic acid) and FAD bound to human DAAO at 2.85A
要素D-amino-acid oxidase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / OXIDASE / OXIDOREDUCTASE / DAAO / D-AMINO ACID OXIDASE / D-serine competitive / schizophrenia / NMDA receptor / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


L-leucine metabolic process / D-amino-acid dehydrogenase activity / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / D-serine metabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process ...L-leucine metabolic process / D-amino-acid dehydrogenase activity / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-alanine catabolic process / D-serine metabolic process / glycine oxidase activity / L-proline catabolic process / D-amino acid catabolic process / D-serine catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / presynaptic active zone / dopamine biosynthetic process / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / cell projection / Peroxisomal protein import / extracellular space / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino acid oxidases signature. / D-amino-acid oxidase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...D-amino acid oxidase, conserved site / D-amino acid oxidases signature. / D-amino-acid oxidase / FAD dependent oxidoreductase / FAD dependent oxidoreductase / D-Amino Acid Oxidase, subunit A, domain 2 / D-Amino Acid Oxidase; Chain A, domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31R / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / D-amino-acid oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Chun, L. / Arakaki, T.L.
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2014
タイトル: Novel human D-amino acid oxidase inhibitors stabilize an active-site lid-open conformation.
著者: Terry-Lorenzo, R.T. / Chun, L.E. / Brown, S.P. / Heffernan, M.L. / Fang, Q.K. / Orsini, M.A. / Pollegioni, L. / Hardy, L.W. / Spear, K.L. / Large, T.H.
履歴
登録2014年5月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Structure summary
改定 1.22014年11月26日Group: Database references
改定 1.32014年12月31日Group: Database references
改定 1.42015年3月4日Group: Database references
改定 1.52015年3月18日Group: Database references
改定 1.62015年3月25日Group: Database references
改定 1.72015年6月17日Group: Database references
改定 1.82015年7月15日Group: Database references
改定 1.92023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2808
ポリマ－79,0422
非ポリマー2,2386
水25214
1
A: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子

A: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2808
ポリマ－79,0422
非ポリマー2,2386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6160 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area24630 Å2
手法PISA
2
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子

B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2808
ポリマ－79,0422
非ポリマー2,2386
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area6470 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
3
A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子

A: D-amino-acid oxidase
B: D-amino-acid oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,55916
ポリマ－158,0844
非ポリマー4,47512
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
Buried area14940 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area46230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.490, 86.490, 187.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 D-amino-acid oxidase / DAAO / DAMOX / DAO


分子量: 39520.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DAMOX, DAO, DAO DAMOX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14920, D-amino-acid oxidase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-31R / 3-(7-hydroxy-2-oxo-4-phenyl-2H-chromen-6-yl)propanoic acid


分子量: 310.301 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: DAAO AT 2 MG/ML IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.6, 10 UM FAD INCUBATED WITH 5-FOLD EXCESS OF SEP-0374036 OVERNIGHT AT 277 K, CRYSTALLIZED AGAINST 13.6% PEG3350, 0.1 M TRIS PH 7.4, 150 MM ...詳細: DAAO AT 2 MG/ML IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.6, 10 UM FAD INCUBATED WITH 5-FOLD EXCESS OF SEP-0374036 OVERNIGHT AT 277 K, CRYSTALLIZED AGAINST 13.6% PEG3350, 0.1 M TRIS PH 7.4, 150 MM POTASSIUM CITRATE TRIBASIC AND 20 MM GLYCEROL AS CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 241709B5, UNIQUE PUCK ID XSS6-4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.12709 / 波長: 1.12709 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.12709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 19576 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 69.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 21.76
反射 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured obs: 1049 / Num. unique obs: 186 / % possible all: 99.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.85 Å19.9 Å
Translation2.85 Å19.9 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3CUK

3cuk


解像度: 2.85→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / WRfactor Rfree: 0.2523 / WRfactor Rwork: 0.216 / FOM work R set: 0.7299 / SU B: 52.653 / SU ML: 0.433 / SU R Cruickshank DPI: 0.4135 / SU Rfree: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 1000 5.1 %RANDOM
Rwork0.248 ---
obs0.25 19539 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 137.16 Å2 / Biso mean: 85.56 Å2 / Biso min: 30.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å21.63 Å20 Å2
2--1.63 Å20 Å2
3----5.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4885 0 154 14 5053
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.9697123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.751310470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6875628
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.74623.616224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.53915688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6681524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2779
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0215893
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021261
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0663.1932539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0673.1932538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8494.7833158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 71 -
Rwork0.341 1347 -
all-1418 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8808-0.8529-1.30483.86991.94482.3165-0.54020.0041-0.0283-0.27750.39270.44280.29520.11320.14760.8428-0.1924-0.03120.23990.06760.4553-0.054-14.82616.776
21.70210.93750.72970.83111.15552.8157-0.5610.406-0.4413-0.16120.4392-0.2374-0.07250.22510.12170.7198-0.14750.26650.5178-0.20740.473232.924-9.91313.705
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 336
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 403
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 336
4X-RAY DIFFRACTION2B401 - 403

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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