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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4qfd | ||||||
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タイトル | Co-crystal structure of compound 2 (3-(7-hydroxy-2-oxo-4-phenyl-2H-chromen-6-yl)propanoic acid) and FAD bound to human DAAO at 2.85A | ||||||
![]() | D-amino-acid oxidase | ||||||
![]() | oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / OXIDASE / OXIDOREDUCTASE / DAAO / D-AMINO ACID OXIDASE / D-serine competitive / schizophrenia / NMDA receptor / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone ...D-alanine catabolic process / D-amino-acid oxidase / D-amino-acid oxidase activity / D-serine metabolic process / proline catabolic process / D-serine catabolic process / D-amino acid catabolic process / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / dopamine biosynthetic process / presynaptic active zone / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / peroxisomal matrix / digestion / FAD binding / Peroxisomal protein import / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Edwards, T.E. / Chun, L. / Arakaki, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Novel human D-amino acid oxidase inhibitors stabilize an active-site lid-open conformation. 著者: Terry-Lorenzo, R.T. / Chun, L.E. / Brown, S.P. / Heffernan, M.L. / Fang, Q.K. / Orsini, M.A. / Pollegioni, L. / Hardy, L.W. / Spear, K.L. / Large, T.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 273.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 221.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 33 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39520.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: DAAO AT 2 MG/ML IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.6, 10 UM FAD INCUBATED WITH 5-FOLD EXCESS OF SEP-0374036 OVERNIGHT AT 277 K, CRYSTALLIZED AGAINST 13.6% PEG3350, 0.1 M TRIS PH 7.4, 150 MM ...詳細: DAAO AT 2 MG/ML IN 50 MM SODIUM PHOSPHATE PH 6.6, 10 UM FAD INCUBATED WITH 5-FOLD EXCESS OF SEP-0374036 OVERNIGHT AT 277 K, CRYSTALLIZED AGAINST 13.6% PEG3350, 0.1 M TRIS PH 7.4, 150 MM POTASSIUM CITRATE TRIBASIC AND 20 MM GLYCEROL AS CRYO-PROTECTANT, CRYSTAL TRACKING ID 241709B5, UNIQUE PUCK ID XSS6-4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.12709 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 19576 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 69.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 21.76 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.92 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.728 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. measured obs: 1049 / Num. unique obs: 186 / % possible all: 99.8 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: pdb entry 3CUK 解像度: 2.85→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / WRfactor Rfree: 0.2523 / WRfactor Rwork: 0.216 / FOM work R set: 0.7299 / SU B: 52.653 / SU ML: 0.433 / SU R Cruickshank DPI: 0.4135 / SU Rfree: 0.436 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.436 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.16 Å2 / Biso mean: 85.56 Å2 / Biso min: 30.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.85→2.92 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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