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- PDB-4qe8: FXR with DM175 and NCoA-2 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4qe8
タイトルFXR with DM175 and NCoA-2 peptide
要素
  • Bile acid receptor
  • Nuclear receptor coactivator 2
キーワードTRANSCRIPTION / Receptor / bile acid receptor dna
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid ...regulation of urea metabolic process / nuclear receptor-mediated bile acid signaling pathway / chenodeoxycholic acid binding / positive regulation of phosphatidic acid biosynthetic process / positive regulation of glutamate metabolic process / positive regulation of ammonia assimilation cycle / : / regulation of low-density lipoprotein particle clearance / intracellular triglyceride homeostasis / cellular response to bile acid / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / negative regulation of interleukin-1 production / regulation of bile acid biosynthetic process / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / cellular response to organonitrogen compound / toll-like receptor 9 signaling pathway / intracellular receptor signaling pathway / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / bile acid metabolic process / nitrogen catabolite activation of transcription from RNA polymerase II promoter / bile acid binding / cell-cell junction assembly / bile acid signaling pathway / cellular response to fatty acid / negative regulation of interleukin-2 production / regulation of cholesterol metabolic process / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of interleukin-17 production / intracellular glucose homeostasis / locomotor rhythm / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of interleukin-6 production / aryl hydrocarbon receptor binding / negative regulation of type II interferon production / negative regulation of tumor necrosis factor production / regulation of lipid metabolic process / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of glucose metabolic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts / fatty acid homeostasis / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / nuclear retinoid X receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / Notch signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / transcription coregulator binding / response to progesterone / cholesterol homeostasis / nuclear receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / mRNA transcription by RNA polymerase II / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / Circadian Clock / HATs acetylate histones / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to lipopolysaccharide / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / cell differentiation / receptor complex / nuclear body / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / defense response to bacterium / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / innate immune response / chromatin binding
類似検索 - 分子機能
Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Bile acid receptor, ligand binding domain / Thyroid hormone receptor / Nuclear receptor coactivator 2 / Nuclear receptor coactivator 2/3, DUF4927 / Domain of unknown function (DUF4927) / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-31D / Nuclear receptor coactivator 2 / Bile acid receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Kudlinzki, D. / Merk, D. / Linhard, V.L. / Saxena, K. / Sreeramulu, S. / Nilsson, E. / Dekker, N. / Wissler, L. / Bamberg, K. / Schubert-Zsilavecz, M. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: FXR with DM175 and NCoA-2 peptide
著者: Kudlinzki, D. / Merk, D. / Linhard, V.L. / Saxena, K. / Sreeramulu, S. / Nilsson, E. / Dekker, N. / Wissler, L. / Bamberg, K. / Schubert-Zsilavecz, M. / Schwalbe, H.
履歴
登録2014年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bile acid receptor
B: Bile acid receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,00614
ポリマ－57,6204
非ポリマー1,38610
水2,072115
1
A: Bile acid receptor
C: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4757
ポリマ－28,8102
非ポリマー6655
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1540 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area12380 Å2
手法PISA
2
B: Bile acid receptor
D: Nuclear receptor coactivator 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5317
ポリマ－28,8102
非ポリマー7215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.483, 48.683, 82.201
Angle α, β, γ (deg.)88.89, 78.10, 85.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Bile acid receptor / Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H ...Farnesoid X-activated receptor / Farnesol receptor HRR-1 / Nuclear receptor subfamily 1 group H member 4 / Retinoid X receptor-interacting protein 14 / RXR-interacting protein 14


分子量: 27216.264 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 258-486 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR1H4, BAR, FXR, HRR1, RIP14 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q96RI1
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 2 / NCoA-2 / Class E basic helix-loop-helix protein 75 / bHLHe75 / Transcriptional intermediary factor 2 / hTIF2


分子量: 1593.844 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 740-752 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15596

-
非ポリマー , 4種, 125分子

#3: 化合物 ChemComp-31D / 4-({2-[(4-tert-butylbenzoyl)amino]benzoyl}amino)benzoic acid


分子量: 416.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N2O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 300 mM MgCl2, 100 mM Bis-Tris, 15-20% PEG 3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→80.44 Å / Num. obs: 15585

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
autoPROCデータスケーリング
ABSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.62→80.44 Å / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.68 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 730 4.68 %
Rwork0.249 --
obs0.252 15585 98.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→80.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3888 0 98 115 4101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1625454
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.9841554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049603
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015690
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.615-2.81330.31621300.30362927X-RAY DIFFRACTION94
2.8133-3.08980.32521540.28552912X-RAY DIFFRACTION94
3.0898-3.52210.31161660.26452901X-RAY DIFFRACTION94
3.5221-4.38320.2361260.22382969X-RAY DIFFRACTION95
4.3832-10.50770.23891510.22972916X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.6939-0.9028-0.52218.2782-1.06245.08750.033-0.0310.27510.1246-0.24060.1387-0.9108-1.3568-0.22360.46910.1103-0.13820.4767-0.06580.2859-24.820520.173529.5276
24.9877-2.49462.72281.8891-2.62094.26640.0553-0.66940.3296-0.69990.2255-0.0596-0.0059-0.4978-0.37850.3768-0.0853-0.08190.50520.01550.6353-22.329-5.581212.8481
32.2521.01640.79772.60194.27563.3827-0.1427-0.020.0060.13940.09310.45690.1043-0.14680.12320.2842-0.0035-0.04650.28250.05970.2769-12.22687.438817.2199
47.13886.2439-0.01625.67721.02836.7889-0.0017-0.5252-1.2590.7791-0.1502-0.60020.2455-0.76940.09660.679-0.1034-0.11560.36970.03950.4449-17.3092-10.708821.4195
57.1795-3.0076-3.22347.22142.45486.1684-0.6149-0.7318-1.20920.99350.18690.39770.93650.10270.58680.4855-0.016-0.05910.42090.12440.4118-14.30960.899130.1681
64.52540.8999-2.43831.1625-0.45573.76320.1606-0.6874-0.080.4352-0.1542-0.1955-0.12980.2823-0.0070.3432-0.0437-0.09420.38230.01150.2289-12.167217.004132.9297
74.8869-0.7376-2.12122.02411.32785.0296-0.3234-0.2525-0.67310.17780.2181-0.13630.6551.34240.24080.32350.0155-0.050.40730.0510.3878-4.73421.655621.7107
88.41682.91970.33917.6636-0.55284.6787-0.3217-0.2952-0.34620.218-0.43930.85030.8271-1.25570.33690.3683-0.119-0.02990.5707-0.03780.3065-24.8883.7182-21.7282
96.2972.8471-0.09552.058-4.85718.583-0.03190.81910.18960.19850.468-0.3489-0.42610.44860.40020.37120.055-0.01960.62410.1070.688-21.665530.4346-5.5325
104.2528-0.6223-1.2392.73862.77832.54860.0505-0.08080.08420.0848-0.2410.2267-0.27250.03150.19140.3718-0.0178-0.04290.36850.03870.2068-12.451515.821-10.7197
112.0317-4.0292-5.29134.8001-2.03897.5334-0.54270.88170.8731-0.1616-0.1348-0.5546-0.5132-0.04880.56110.8242-0.0822-0.08540.54510.22910.5788-16.026735.0676-14.254
122.9084-0.06921.32173.1955-0.60564.5496-0.03460.51620.5867-0.2622-0.2244-0.2306-0.63990.08430.18780.3868-0.0433-0.03260.39670.11310.3198-10.918117.7064-21.8985
133.6215-0.02152.92241.536-0.62776.00640.36330.61690.208-0.6586-0.4253-0.31750.5346-0.4093-0.17040.2908-0.0504-0.0240.47340.02640.2122-15.88856.0245-29.5065
142.94761.81632.65762.23361.91495.1909-0.39541.07740.7213-0.15590.09530.1216-1.21580.71910.23020.5136-0.108-0.00560.37720.08420.3892-6.195519.662-23.6157
152.4077-1.897-0.17494.10945.43922.0191-0.1671-0.92370.91681.2017-0.5196-2.634-0.24421.92380.26990.69950.0015-0.07490.4205-0.439-0.0398-2.417722.2102-3.804
161.99714.1647.24572.1091-0.34472.0539-0.34031.21481.2228-0.01990.3592-0.0254-0.81741.078-0.13180.61580.0664-0.08680.5567-0.01840.2873-9.051916.26717.1678
177.3371-0.5612-8.16746.91830.96149.202-0.6277-1.4956-1.1251-0.4128-0.0770.32821.7020.44180.52890.59610.0527-0.03630.5906-0.00130.2771-9.55887.0884-0.7386
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 243 through 260 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 261 through 279 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 280 through 336 )
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8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 243 through 262 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 263 through 279 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 280 through 338 )
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 401 through 428 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 429 through 451 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 452 through 472 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 740 through 752 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 741 through 752 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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