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万見
- PDB-4pxz: Crystal structure of P2Y12 receptor in complex with 2MeSADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pxz
タイトルCrystal structure of P2Y12 receptor in complex with 2MeSADP
要素P2Y purinoceptor 12, Soluble cytochrome b562
キーワードMEMBRANE PROTEIN / purinergic receptor P2Y12 / agonist-bound / G-protein coupled receptor (GPCR) / signaling protein-agonist complex / PSI-Biology / GPCR Network / Structural Genomics / signaling membrane protein / GPCR / platelet activation / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / cerebral cortex radial glia-guided migration / regulation of microglial cell migration / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration ...visual system development / positive regulation of integrin activation by cell surface receptor linked signal transduction / cerebral cortex radial glia-guided migration / regulation of microglial cell migration / G protein-coupled ADP receptor activity / P2Y receptors / cell body membrane / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / positive regulation of monoatomic ion transport / positive regulation of microglial cell migration / hemostasis / G protein-coupled adenosine receptor activity / cell projection membrane / regulation of chemotaxis / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of chemotaxis / cell projection organization / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / lamellipodium assembly / cellular response to ATP / response to axon injury / monoatomic ion transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / platelet aggregation / establishment of localization in cell / electron transport chain / calcium-mediated signaling / platelet activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / periplasmic space / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / electron transfer activity / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / heme binding / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2Y12 purinoceptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6AD / CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Soluble cytochrome b562 / P2Y purinoceptor 12
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. ...Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Zhao, Q. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Agonist-bound structure of the human P2Y12 receptor
著者: Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / ...著者: Zhang, J. / Zhang, K. / Gao, Z.G. / Paoletta, S. / Zhang, D. / Han, G.W. / Li, T. / Ma, L. / Zhang, W. / Muller, C.E. / Yang, H. / Jiang, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jacobson, K.A. / Stevens, R.C. / Wu, B. / Zhao, Q.
履歴
登録2014年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月28日Group: Database references
改定 1.22014年9月3日Group: Derived calculations
改定 1.32017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.52023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2Y purinoceptor 12, Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2857
ポリマ－53,2491
非ポリマー2,0366
水88349
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.110, 104.170, 169.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 P2Y purinoceptor 12, Soluble cytochrome b562 / P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor ...P2Y12 / ADP-glucose receptor / ADPG-R / P2T(AC) / P2Y(AC) / P2Y(cyc) / P2Y12 platelet ADP receptor / P2Y(ADP) / SP1999 / Cytochrome b-562


分子量: 53248.879 Da / 分子数: 1 / 変異: M1007W/H1102I/R1106L/D294N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of N-terminal residues 2-223 from P2Y12R (P2Y12_HUMAN), Soluble cytochrome b562 (C562_ECOLX), and C-terminal residues 224-342 from P2Y12R (P2Y12_HUMAN).
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: HORK3, P2RY12, P2Y12, cybC / プラスミド: pFASTBAC1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q9H244, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 5種, 55分子

#2: 化合物 ChemComp-6AD / 2-(methylsulfanyl)adenosine 5'-(trihydrogen diphosphate) / 2-methylthio-adenosine-5'-diphosphate / 2-メチルチオADP


分子量: 473.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17N5O10P2S
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5
詳細: 30-40% PEG 400, 0.30-0.45M ammonium acetate, citrate, 3% v/v 1-Propanol, 0.1 M sodium citrate, pH 5.0, Lipidic cubic phase (LCP), temperature 293.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL41XU11
シンクロトロンAPS 23-ID-D21.033
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2013年12月8日mirrors
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2013年11月16日mirrors
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.0331
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 20345 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.5 % / Biso Wilson estimate: 60.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.194 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.995 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3VW7 and 1M6T

3vw7

1m6t


解像度: 2.5→28.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9289 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9196 / SU R Cruickshank DPI: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.333 / SU Rfree Blow DPI: 0.226 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.231
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2297 1041 5.12 %RANDOM
Rwork0.2005 ---
obs0.202 20345 100 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.5747 Å20 Å20 Å2
2---14.2671 Å20 Å2
3---8.6924 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.355 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→28.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3133 0 113 49 3295
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1555SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes465HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3327HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion458SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3973SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3327HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4512HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.56
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.39
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.63 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2972 151 5.17 %
Rwork0.2242 2772 -
all0.2277 2923 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.431-0.1829-1.12050.38530.26283.0322-0.0170.4098-0.0245-0.131-0.142-0.0296-0.3077-0.55950.1590.14780.0349-0.02770.1848-0.00530.052119.098-2.32642.689
21.947-0.8568-1.95540.8450.83164.05560.0330.13740.03430.0158-0.05260.0957-0.292-0.58680.01960.13110.0393-0.02140.1069-0.03310.164949.247-17.708-1.365
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|15 - A|305 }A15 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - A|1106 }A1001 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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