[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4pi9: Crystal structure of S. Aureus Autolysin E in complex with murope... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4pi9 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of S. Aureus Autolysin E in complex with muropeptide NAM-L-ALA-D-iGLU | ||||||
![]() | Autolysin E | ||||||
![]() | HYDROLASE / autolysin / glycosidase / peptidoglycan / muropeptide | ||||||
Function / homology | Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / amidase activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / extracellular region / membrane / Chem-3LT / Autolysin E (1e-98,63%,84%,258-258)![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mihelic, M. / Renko, M. / Turk, D. | ||||||
![]() | ![]() Title: The mechanism behind the selection of two different cleavage sites in NAG-NAM polymers. Authors: Mihelic, M. / Vlahovicek-Kahlina, K. / Renko, M. / Mesnage, S. / Dobersek, A. / Taler-Vercic, A. / Jakas, A. / Turk, D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 68.4 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 48.4 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 832.3 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 834.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 14 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 20.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
---|
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
#1: Protein | Mass: 26068.279 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 35-258 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: Mu50 / ATCC 700699 / Gene: SAV2307 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: ![]() ![]() | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-3LT / ( | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.55 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 2 M (NH4)2SO4, 2 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jan 24, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si111-DCM with sagital bender / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.918409 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.48→38.75 Å / Num. obs: 39606 / % possible obs: 99.55 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 27.477 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rrim(I) all: 0.049 / Χ2: 1.234 / Net I/σ(I): 20.16 / Num. measured all: 251926 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Resolution: 1.48→38.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.63 / SU ML: 0.06 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.075 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.03 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: 1 / Resolution: 1.48→38.75 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|