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Yorodumi- PDB-6uqd: Co-complex of S. pyogenes 10782 streptopain bound with a SuFEx-ba... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6uqd | ||||||
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Title | Co-complex of S. pyogenes 10782 streptopain bound with a SuFEx-based optimized small molecule inhibitor | ||||||
Components | Streptopain | ||||||
Keywords | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / speb / streptopain / inhibitor / nitrile / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information streptopain / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-induced defense-related programmed cell death / evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Streptococcus pyogenes (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.02 Å | ||||||
Authors | Wolan, D.W. / Woehl, J.L. / Kitamura, S. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2020 Title: Sulfur(VI) Fluoride Exchange (SuFEx)-Enabled High-Throughput Medicinal Chemistry. Authors: Kitamura, S. / Zheng, Q. / Woehl, J.L. / Solania, A. / Chen, E. / Dillon, N. / Hull, M.V. / Kotaniguchi, M. / Cappiello, J.R. / Kitamura, S. / Nizet, V. / Sharpless, K.B. / Wolan, D.W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6uqd.cif.gz | 216.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6uqd.ent.gz | 169.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6uqd.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/6uqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/6uqd | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4rkxS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41551.945 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 28-398 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus pyogenes (bacteria) / Gene: speB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P0C0J0, streptopain #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.47 Å3/Da / Density % sol: 16.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 0.1-0.15 M sodium nitrate, 22-27% PEG3350 / PH range: 6.8-7.3 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.97946 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 21, 2018 |
Radiation | Monochromator: double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.02→43.07 Å / Num. obs: 29212 / % possible obs: 94.5 % / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 10.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 7.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.02→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.544 / Num. unique obs: 1464 / % possible all: 93.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 4RKX Resolution: 2.02→43.07 Å / SU ML: 0.25 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 26.61
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 64.63 Å2 / Biso mean: 14.77 Å2 / Biso min: 2.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.02→43.07 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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