PDB-6uqd: Co-complex of S. pyogenes 10782 streptopain bound with a SuFEx-ba...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6uqd

タイトル

Co-complex of S. pyogenes 10782 streptopain bound with a SuFEx-based optimized small molecule inhibitor

要素

Streptopain

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / speb / streptopain / inhibitor / nitrile / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

streptopain / symbiont-mediated suppression of host autophagy / symbiont-induced defense-related programmed cell death / symbiont-mediated evasion of host immune response / host cell cytosol / cysteine-type peptidase activity / toxin activity / host extracellular space / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.02 Å

データ登録者

Wolan, D.W. / Woehl, J.L. / Kitamura, S.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Sulfur(VI) Fluoride Exchange (SuFEx)-Enabled High-Throughput Medicinal Chemistry.
著者: Kitamura, S. / Zheng, Q. / Woehl, J.L. / Solania, A. / Chen, E. / Dillon, N. / Hull, M.V. / Kotaniguchi, M. / Cappiello, J.R. / Kitamura, S. / Nizet, V. / Sharpless, K.B. / Wolan, D.W.

履歴

登録	2019年10月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6uqd.cif.gz	216.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6uqd.ent.gz	169.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6uqd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/6uqd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uq/6uqd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4rkxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4d8e-d 5u0u-2 6gi0-1 4pi9-d 2a9m-2 6tnp-2 1w7f-1 3g42-4 3hc5-d 4buh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptopain

B: Streptopain

ヘテロ分子

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Streptopain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Streptopain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.624, 115.516, 50.265
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptopain / Exotoxin type B / SPE B / Streptococcal cysteine proteinase / Streptococcus peptidase A / SPP 分子量: 41551.945 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-398 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 遺伝子: speB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C0J0, streptopain
#2: 化合物	ChemComp-QF4 / benzyl [(1S)-2-(3-{[(4-carbamoylpiperidin-1-yl)(fluoro)oxo-lambda~6~-sulfanylidene]amino}phenyl)-1-cyanoethyl]carbamate 分子量: 487.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆FN₅O₄S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 385 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 16.42 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1-0.15 M sodium nitrate, 22-27% PEG3350 / PH範囲: 6.8-7.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月21日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→43.07 Å / Num. obs: 29212 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.182 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.02→2.05 Å / R_merge(I) obs: 0.544 / Num. unique obs: 1464 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4RKX

4rkx

解像度: 2.02→43.07 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.61

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.257	1384	4.74 %
R_work	0.215	27797	-
obs	0.217	29181	93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 64.63 Å² / B_iso mean: 14.77 Å² / B_iso min: 2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.02→43.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3853	0	68	385	4306
B_iso mean	-	-	32.08	23.84	-
残基数	-	-	-	-	501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.0224-2.0947	0.3409	107	0.2725	2364	2471	78
2.0947-2.1786	0.2918	147	0.2519	2709	2856	92
2.1786-2.2777	0.2741	160	0.236	2824	2984	95
2.2777-2.3978	0.2816	142	0.2255	2877	3019	97
2.3978-2.548	0.2899	141	0.2252	2897	3038	97
2.548-2.7447	0.2714	136	0.2225	2832	2968	95
2.7447-3.0209	0.3194	103	0.2228	2806	2909	93
3.0209-3.4579	0.2446	148	0.1988	2897	3045	97
3.4579-4.3559	0.2003	156	0.1789	2765	2921	93
4.3559-43.066	0.2205	144	0.1956	2826	2970	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2273	0.0856	0.8008	0.4187	0.1162	0.5307	0.0296	0.3792	-0.0225	-0.0956	0.0058	-0.1224	0.1004	0.1433	0.1653	0.107	0.0282	0.0087	0.1041	-0.0133	0.0864	4.6073	-23.4414	15.4609
2	0.5983	-0.0271	-0.0181	0.8123	-0.1988	0.7051	0.0345	-0.1743	-0.0462	0.0007	-0.0369	0.1678	-0.0298	-0.0069	-0.0318	0.0448	-0.0136	-0.0076	0.0427	0.0104	0.0548	-10.6729	-14.149	31.8187
3	0.8808	-0.3389	-0.2545	0.194	0.0314	0.6877	0.043	0.0561	-0.0269	0.0083	-0.141	-0.0837	0.0914	0.0285	0.0001	0.08	-0.0019	-0.0079	0.0808	0.0166	0.0702	0.8908	-20.7999	33.5167
4	0.1248	-0.0954	0.016	0.2033	0.0761	1.1863	-0.0682	0.0559	0.0803	-0.074	0.0431	0.0115	-0.2137	-0.0471	0.3278	0.063	-0.0026	-0.0306	0.051	0.0114	0.0681	-4.4909	-5.919	20.3618
5	0.1786	-0.1589	0.1224	0.7999	0.1864	0.9508	-0.015	0.0443	0.1174	-0.1039	-0.0587	-0.0983	-0.0697	0.092	-0.0306	0.0749	0.0024	0.023	0.0837	0.0076	0.0664	-0.1914	-11.5513	8.6762
6	1.9044	-0.3878	0.4081	0.6485	-0.1099	0.567	-0.0182	0.1777	-0.0689	0.0434	-0.0475	0.031	0.2941	0.0815	-0.179	0.1279	0.0145	-0.0208	0.0157	-0.0027	0.033	-4.3942	-20.9574	9.2379
7	1.8773	0.5311	0.3269	0.9992	0.1761	1.6828	-0.065	-0.0277	-0.1895	-0.0188	0.006	-0.1509	0.1793	-0.2184	-0.8445	0.1243	0.0442	-0.0118	0.0285	-0.0005	0.0497	-7.4141	-14.0961	12.0481
8	1.2494	0.2499	-0.2931	1.2134	0.1888	0.9915	0.0487	0.0808	0.0297	-0.0919	0.0113	0.0961	-0.1637	0.0141	0.0649	0.062	0.019	-0.0258	0.0346	0.0072	0.0384	4.896	18.2125	0.1412
9	0.6112	-0.1985	-0.0035	0.5847	-0.2017	0.5583	-0.0436	0.1119	-0.0994	-0.0733	0.0387	-0.0023	0.2341	0.1051	0.099	0.1119	-0.0249	0.0099	0.114	-0.0444	0.044	4.0081	8.5136	-13.0913
10	0.8575	-0.2219	0.0782	0.8658	0.2728	0.5119	0.0898	0.1686	0.103	0.0307	-0.0478	-0.3548	-0.0066	0.0981	0.4207	0.0357	0.0133	-0.0028	0.0745	-0.0017	0.0907	16.1593	23.4709	2.5833
11	0.6507	0.5856	0.0944	1.2014	0.0133	0.1454	-0.152	0.1774	-0.035	-0.1055	0.1395	-0.2355	-0.0222	0.0314	0.0123	0.0552	-0.0015	-0.0002	0.0613	0.0008	0.11	12.0178	18.3278	-2.7333
12	0.5294	0.0116	-0.3288	0.5437	0.1589	0.8531	-0.0806	-0.0696	-0.1634	0.0011	-0.0532	0.0053	0.2137	-0.0974	-0.8902	0.0888	-0.044	0.008	0.0726	0.0509	0.0492	1.5982	6.1577	5.9651
13	1.4218	-0.282	-0.066	0.8276	-0.211	0.8563	0.1754	-0.1752	0.0465	0.1023	0.1182	0.2436	0.0017	-0.2487	1.4248	0.0875	-0.0192	0.0371	0.1109	0.0688	0.0942	-4.6723	10.7407	22.2823
14	2.5699	0.1001	1.4679	0.7557	0.2833	1.7953	-0.0663	-0.1721	-0.0101	-0.121	0.0363	-0.0223	-0.2546	-0.0986	-0.0414	0.0525	0.028	0.0127	-0.0368	0.0216	0.0411	-3.8367	15.3305	10.6632
15	0.5048	0.246	-0.1907	0.9217	0.0583	0.6028	0.0581	-0.0341	0.0593	0.0924	-0.0242	0.1941	-0.007	-0.0781	-0.0239	0.031	-0.0097	0.0103	0.0612	-0.0144	0.1127	-7.639	19.1055	11.9082

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 146 THROUGH 161 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 162 THROUGH 237 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 238 THROUGH 272 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 273 THROUGH 311 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 312 THROUGH 337 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'A' AND (RESID 338 THROUGH 372 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'A' AND (RESID 373 THROUGH 398 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 146 THROUGH 217 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 218 THROUGH 237 )	B
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 238 THROUGH 254 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'B' AND (RESID 255 THROUGH 272 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'B' AND (RESID 273 THROUGH 311 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'B' AND (RESID 312 THROUGH 324 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'B' AND (RESID 325 THROUGH 347 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'B' AND (RESID 348 THROUGH 399 )	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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