[日本語] English
万見
- PDB-4phu: Crystal structure of Human GPR40 bound to allosteric agonist TAK-875 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4phu
タイトルCrystal structure of Human GPR40 bound to allosteric agonist TAK-875
要素Free fatty acid receptor 1,Lysozyme
キーワードFatty acid binding protein/Hydrolase / GPR40 / fatty acid binding protein / class A / g-protein coupled receptor / type II diabetes / TAK-875 / fasiglifam / Fatty acid binding protein-Hydrolase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway ...bioactive lipid receptor activity / Free fatty acid receptors / Fatty Acids bound to GPR40 (FFAR1) regulate insulin secretion / ion channel modulating, G protein-coupled receptor signaling pathway / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / response to fatty acid / positive regulation of calcium ion transport / insulin secretion / negative regulation of interleukin-1 beta production / ligand-gated ion channel signaling pathway / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of insulin secretion / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / glucose homeostasis / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / G protein-coupled receptor signaling pathway / lipid binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPR40 receptor fatty acid / G protein-coupled receptor 40-related receptor / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...GPR40 receptor fatty acid / G protein-coupled receptor 40-related receptor / Endolysin T4 type / : / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2YB / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Free fatty acid receptor 1 / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.332 Å
データ登録者Srivastava, A. / Yano, J.K. / Hirozane, Y. / Kefala, G. / Snell, G. / Lane, W. / Gruswitz, F. / Ivetac, A. / Aertgeerts, K. / Nguyen, J. ...Srivastava, A. / Yano, J.K. / Hirozane, Y. / Kefala, G. / Snell, G. / Lane, W. / Gruswitz, F. / Ivetac, A. / Aertgeerts, K. / Nguyen, J. / Jennings, A. / Okada, K.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: High-resolution structure of the human GPR40 receptor bound to allosteric agonist TAK-875.
著者: Srivastava, A. / Yano, J. / Hirozane, Y. / Kefala, G. / Gruswitz, F. / Snell, G. / Lane, W. / Ivetac, A. / Aertgeerts, K. / Nguyen, J. / Jennings, A. / Okada, K.
履歴
登録2014年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月23日Group: Database references
改定 1.22014年8月6日Group: Database references
改定 1.32014年10月1日Group: Database references
改定 1.42015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.52017年11月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Free fatty acid receptor 1,Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7269
ポリマ－53,1021
非ポリマー2,6248
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.000, 61.740, 105.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.900, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細biological unit is the same as asym.

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Free fatty acid receptor 1,Lysozyme / G-protein coupled receptor 40 / Endolysin / Lysis protein / Muramidase


分子量: 53102.188 Da / 分子数: 1
断片: UNP O14842 residues 2-213, UNP P00720 residues 2-161, UNP O14842 residues 214-300
変異: L42A,F88A,G103A,Y202F,S211G,G212S,C1154T,C1197A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Chimera
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: FFAR1, GPR40, E
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: O14842, UniProt: P00720, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 98分子

#2: 化合物 ChemComp-2YB / [(3S)-6-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy]biphenyl-3-yl}methoxy)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-yl]acetic acid / ファシグリファム


分子量: 524.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H32O7S
#3: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.9458.1
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2941脂質キュービック相法829-31% Peg 400,100 mM Tris pH 8.0. 0.2 M Na Malonate,200 uM TAK-875
2942脂質キュービック相法7.239.8 % Peg 400, 100 mM Bis-Tris-Propane pH 7.2, 0.1 Ammonium Phosphate (monobasic), 200 uM TAK-875

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 5.0.310.976
シンクロトロンAPS 23-ID-B21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年5月22日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年6月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(220)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9761
211
反射解像度: 2.33→100 Å / Num. all: 26022 / Num. obs: 26022 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 5 % / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.133 / Rsym value: 0.12 / Net I/av σ(I): 4.538 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 129016
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.33-2.463.40.62311192635060.3490.623290
2.46-2.613.70.471.41307435470.260.472.898.7
2.61-2.794.60.3631.81578433950.1810.3634.199.5
2.79-3.015.50.2842.51763131790.1320.2845.7100
3.01-3.35.50.1883.71638929680.0880.1888.2100
3.3-3.695.80.1344.91523726430.0610.13411.899.9
3.69-4.265.90.0986.61397623580.0430.09815.499.9
4.26-5.215.70.0846.61130319880.0360.08417.199.8
5.21-7.375.70.0738.4890115700.0330.07316.399.9
7.37-30.0255.50.05410.947958680.0250.0541998.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP10.2.35位相決定
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
Coot0.7モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EJ4

4ej4


解像度: 2.332→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 14.734 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2331 1312 5.1 %RANDOM
Rwork0.1981 24635 --
obs0.1999 25947 97.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.16 Å2 / Biso mean: 48.541 Å2 / Biso min: 16.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.17 Å20 Å2-0.24 Å2
2---0.55 Å20 Å2
3----1.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.332→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3272 0 127 90 3489
Biso mean--58.72 47.69 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0193495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023421
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1181.9954739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.74337832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9785438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67922.258124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.26315511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9691523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213884
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1042.5381740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1032.5371739
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8943.7982173
LS精密化 シェル解像度: 2.332→2.392 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.332 67 -
Rwork0.267 1493 -
all-1560 -
obs--79.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5093-0.1434-0.05493.00020.27962.0220.02520.0435-0.0150.0042-0.03830.02750.0545-0.18180.01310.0340.00360.02450.13010.00020.0191-40.2690.62351.538
20.8935-0.50721.61921.0345-0.45888.49490.10860.1813-0.0931-0.0555-0.04630.07180.5592-0.7243-0.06230.1519-0.05720.08460.4986-0.04550.0981-10.522-4.0527.14
32.37130.2551-0.60250.9182-0.01583.0061-0.05160.15770.105-0.0759-0.0678-0.1529-0.1490.26410.11940.06870.00290.04380.17640.01870.0857-29.2210.36748.14
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2A1002 - 1161
3X-RAY DIFFRACTION3A2214 - 2280

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る