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- PDB-4p4k: Structural Basis of Chronic Beryllium Disease: Bridging the Gap B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p4k
タイトルStructural Basis of Chronic Beryllium Disease: Bridging the Gap Between allergic hypersensitivity and auto immunity
要素
  • HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
  • hTCRav22 alpha chain
  • hTCRav22 beta chain
  • mim2 peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Be bound complex / Chronic beryllium disease / TCR-MHC peptide-Be2+
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating ...MHC class II receptor activity / alpha-beta T cell receptor complex / transport vesicle membrane / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / PD-1 signaling / positive regulation of T cell proliferation / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / MHC class II antigen presentation / trans-Golgi network membrane / complement activation, classical pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / antigen binding / response to bacterium / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / endocytic vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / positive regulation of type II interferon production / Downstream TCR signaling / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / antibacterial humoral response / adaptive immune response / blood microparticle / immune response / lysosomal membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / cell surface / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain ...T-cell receptor alpha chain, constant domain / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM / T cell receptor beta constant 2 / T cell receptor alpha chain constant / HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Clayton, G.M. / Crawford, F. / Kappler, J.W.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structural basis of chronic beryllium disease: linking allergic hypersensitivity and autoimmunity.
著者: Clayton, G.M. / Wang, Y. / Crawford, F. / Novikov, A. / Wimberly, B.T. / Kieft, J.S. / Falta, M.T. / Bowerman, N.A. / Marrack, P. / Fontenot, A.P. / Dai, S. / Kappler, J.W.
履歴
登録2014年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_src_gen / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / refine_hist / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_nucleic_acid / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
B: mim2 peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
C: hTCRav22 alpha chain
D: hTCRav22 beta chain
E: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
F: mim2 peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
G: hTCRav22 alpha chain
H: hTCRav22 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,82117
ポリマ－191,6518
非ポリマー1,1709
水5,945330
1
A: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
B: mim2 peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
C: hTCRav22 alpha chain
D: hTCRav22 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5219
ポリマ－95,8254
非ポリマー6965
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12790 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area36580 Å2
手法PISA
2
E: HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain
F: mim2 peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain
G: hTCRav22 alpha chain
H: hTCRav22 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,3008
ポリマ－95,8254
非ポリマー4744
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12650 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area36220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.400, 137.240, 213.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 HLA class II histocompatibility antigen, DP alpha 1 chain / DP(W3) / DP(W4) / HLA-SB alpha chain / MHC class II DP3-alpha / MHC class II DPA1


分子量: 21169.566 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-214 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPA1, HLA-DP1A, HLASB / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 株 (発現宿主): Bti Tn 5b1 4 / 参照: UniProt: P20036
#2: タンパク質 mim2 peptide,HLA class II histocompatibility antigen, DP beta 1 chain / HLA class II histocompatibility antigen / DP(W4) beta chain / MHC class II antigen DPB1


分子量: 24394.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 32-218 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DPB1, HLA-DP1B / 発現宿主: unidentified baculovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: P04440
#3: タンパク質 hTCRav22 alpha chain


分子量: 22995.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#4: タンパク質 hTCRav22 beta chain


分子量: 27266.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A5B9*PLUS

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糖 , 1種, 5分子

#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 334分子

#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#7: 化合物 ChemComp-0BE / BERYLLIUM


分子量: 9.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Be
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG8K, Na Cacodylate, glycerol / PH範囲: 5.5-6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→40 Å / Num. obs: 58169 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Biso Wilson estimate: 78.7 Å2 / Net I/σ(I): 15.67

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.10.0 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LQZ

3lqz


解像度: 2.8→39.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9299 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8869 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.959 / SU Rfree Blow DPI: 0.332 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.336
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2518 2949 5.07 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.2064 58168 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 59.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.9083 Å20 Å20 Å2
2--0.819 Å20 Å2
3---5.0893 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.364 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→39.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12873 0 74 330 13277
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113314HARMONIC1.5
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.3918175HARMONIC1.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4349SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes354HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1954HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13314HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.74
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1725SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance10HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle12HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14914SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3123 221 5.23 %
Rwork0.2461 4006 -
all0.2496 4227 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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