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- PDB-4oyt: Crystal structure of ternary complex of Plasmodium vivax SHMT wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4oyt
タイトルCrystal structure of ternary complex of Plasmodium vivax SHMT with D-serine and folinic acid
要素Serine hydroxymethyltransferase, putative
キーワードTRANSFERASE / alpha and beta protein / methyltransferase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


purine nucleobase biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity ...purine nucleobase biosynthetic process / glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / serine binding / L-serine catabolic process / tetrahydrofolate interconversion / cobalt ion binding / folic acid metabolic process / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / cellular response to leukemia inhibitory factor / mRNA 5'-UTR binding / pyridoxal phosphate binding / protein homotetramerization / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1W9 / TRIFLUOROETHANOL / Chem-FON / glycine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Leartsakulpanich, U.
資金援助 タイ, 5件
組織認可番号国
Cluster Program and Management Office, National Science and Technology development AgencyCPMO-P-00-20029 タイ
the Cluster Program and Management Office for Discovery based Development GrantCPMO-DD/P-10-11274 タイ
Synchron Light Research Institute-Public Organization2-2549/LS01 タイ
Synchron Light Research Institute-Public Organization2551/08 タイ
The Thailand Research FundRTA5680001 タイ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of Plasmodium vivax serine hydroxymethyltransferase: implications for ligand-binding specificity and functional control.
著者: Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Riangrungroj, P. / Ittarat, W. / Noytanom, K. / Oonanant, W. / Vanichthanankul, J. / Chuankhayan, P. / Maenpuen, S. / Chen, C.J. / Chaiyen, P. / Yuthavong, Y. / Leartsakulpanich, U.
履歴
登録2014年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月7日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase, putative
B: Serine hydroxymethyltransferase, putative
C: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)150,66914
ポリマ－147,7473
非ポリマー2,92111
水4,828268
1
A: Serine hydroxymethyltransferase, putative
B: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3909
ポリマ－98,4982
非ポリマー1,8927
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12090 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area29480 Å2
手法PISA
2
C: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子

C: Serine hydroxymethyltransferase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,55810
ポリマ－98,4982
非ポリマー2,0608
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area12150 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area29660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.619, 58.115, 236.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Serine hydroxymethyltransferase, putative


分子量: 49249.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: D-serine and folinic acid at the pockets
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVX_100730 / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A5K8L9

-
非ポリマー , 6種, 279分子

#2: 化合物 ChemComp-1W9 / (2R)-2-[(E)-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]-3-oxidanyl-propanoic acid


分子量: 334.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-FON / N-{[4-({[(6R)-2-amino-5-formyl-4-oxo-1,4,5,6,7,8-hexahydropteridin-6-yl]methyl}amino)phenyl]carbonyl}-L-glutamic acid / [6R]-5-FORMYL-5,6,7,8-TETRAHYDROFOLATE / 6R-FOLINIC ACID / (6R)-5-ホルミルテトラヒドロ葉酸


分子量: 473.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N7O7
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ETF / TRIFLUOROETHANOL / 2,2,2-トリフルオロエタノ-ル


分子量: 100.040 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3F3O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.46 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000, 0.06-0.12 M sodium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 51056 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.047 / Χ2: 1.426 / Net I/av σ(I): 20.384 / Net I/σ(I): 30.3 / Num. measured all: 126391
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.4-2.491.80.17245061.02584.9
2.49-2.592.10.15847981.07689.4
2.59-2.72.20.13649621.30693
2.7-2.852.40.09952101.38997.1
2.85-3.022.50.08252891.47298.1
3.02-3.262.70.0652881.53997.7
3.26-3.582.80.0552451.73197.6
3.58-4.12.70.04252441.57697
4.1-5.162.70.03951691.48594.9
5.16-302.80.03453451.24995.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4O6Z

4o6z


解像度: 2.4→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 8.919 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.045 / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 2518 10.1 %RANDOM
Rwork0.1996 45907 --
obs0.2049 51056 93.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 103.69 Å2 / Biso mean: 43.375 Å2 / Biso min: 21.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.25 Å20 Å20.18 Å2
2--2.54 Å20 Å2
3----4.79 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10374 0 178 268 10820
Biso mean--51.38 38.54 -
残基数----1327
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0210764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3821.97914542
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79951323
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.14825.247486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.772151911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0981548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.21616
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218076
LS精密化 シェル解像度: 2.395→2.457 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 293 -
Rwork0.267 2644 -
all-2937 -
obs--75.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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