+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4o2a | ||||||
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Title | Tubulin-BAL27862 complex | ||||||
Components |
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Keywords | CELL CYCLE/INHIBITOR / ALPHA-TUBULIN / BETA-TUBULIN / LIGASE / GTPASE / MICROTUBULE / STATHMIN / BAL27862 / CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / CELL CYCLE-INHIBITOR complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / microtubule-based process / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / tubulin binding / Hydrolases; Acting on acid anhydrides; Acting on GTP to facilitate cellular and subcellular movement / protein modification process / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron projection development / microtubule cytoskeleton / nervous system development / mitotic cell cycle / growth cone / microtubule / neuron projection / protein heterodimerization activity / nucleotide binding / GTPase activity / GTP binding / Golgi apparatus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rattus norvegicus (Norway rat) Gallus gallus (chicken) Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / DIFFERENCE FOURIER / Resolution: 2.5 Å | ||||||
Authors | Prota, A.E. / Franck, D. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2014 Title: The Novel Microtubule-Destabilizing Drug BAL27862 Binds to the Colchicine Site of Tubulin with Distinct Effects on Microtubule Organization. Authors: Prota, A.E. / Danel, F. / Bachmann, F. / Bargsten, K. / Buey, R.M. / Pohlmann, J. / Reinelt, S. / Lane, H. / Steinmetz, M.O. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4o2a.cif.gz | 895.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4o2a.ent.gz | 737 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4o2a.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
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Full document | 4o2a_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | Display | |
Data in XML | 4o2a_validation.xml.gz | 80.1 KB | Display | |
Data in CIF | 4o2a_validation.cif.gz | 107.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o2/4o2a | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4o2bC 4i4tS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 4 types, 6 molecules ACBDEF
#1: Protein | Mass: 50204.445 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: BRAIN / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P81947 #2: Protein | Mass: 49999.887 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Details: BRAIN / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: Q6B856 #3: Protein | | Mass: 16844.162 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rattus norvegicus (Norway rat) / Gene: Stmn4 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P63043 #4: Protein | | Mass: 44378.496 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Gallus gallus (chicken) / Gene: TTL / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E1BQ43 |
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-Non-polymers , 11 types, 354 molecules
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-MG / #7: Chemical | ChemComp-CA / #8: Chemical | ChemComp-CL / | #9: Chemical | ChemComp-GOL / | #10: Chemical | ChemComp-IMD / | #11: Chemical | #12: Chemical | #13: Chemical | ChemComp-MES / | #14: Chemical | ChemComp-ADP / | #15: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.67 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / pH: 6.7 Details: 6% PEG 4K, 4% glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, 100 mM MES/Imidazole , pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06SA / Wavelength: 1.00001 |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 23, 2012 |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR, SAGITTALLY - HORIZONTALLY FOCUSSED Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.00001 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→59.4 Å / Num. obs: 103225 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 13.6 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Net I/σ(I): 13.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.56 Å / Redundancy: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 2.268 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: DIFFERENCE FOURIER Starting model: PDB ENTRY 4I4T Resolution: 2.5→59.36 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 1.99 / Phase error: 24.99 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.98 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→59.36 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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