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- PDB-4nb4: Pantothenamide-bound Pantothenate kinase from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4nb4
タイトルPantothenamide-bound Pantothenate kinase from Staphylococcus aureus
要素Type II pantothenate kinase
キーワードTRANSFERASE / Protein-Substrate Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pantothenate kinase / pantothenate kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type II pantothenate kinase, bacterial / Fumble / Type II pantothenate kinase / ATPase, nucleotide binding domain / ATPase, nucleotide binding domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-SH3 / Type II pantothenate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Hughes, S.J. / Antoshchenko, T. / Smil, D. / Park, H.W.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of a new N-substituted pantothenamide bound to pantothenate kinases from Klebsiella pneumoniae and Staphylococcus aureus.
著者: Hughes, S.J. / Antoshchenko, T. / Kim, K.P. / Smil, D. / Park, H.W.
履歴
登録2013年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
C: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
E: Type II pantothenate kinase
F: Type II pantothenate kinase
G: Type II pantothenate kinase
H: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,80232
ポリマ－250,6188
非ポリマー7,18324
水8,305461
1
A: Type II pantothenate kinase
B: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4508
ポリマ－62,6552
非ポリマー1,7966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7000 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area21280 Å2
手法PISA
2
C: Type II pantothenate kinase
D: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4508
ポリマ－62,6552
非ポリマー1,7966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6940 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
3
E: Type II pantothenate kinase
F: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4508
ポリマ－62,6552
非ポリマー1,7966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6950 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
4
G: Type II pantothenate kinase
H: Type II pantothenate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4508
ポリマ－62,6552
非ポリマー1,7966
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7030 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area21170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.010, 70.740, 143.115
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11F
21D
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 16 - 23 / Label seq-ID: 34 - 41

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11FF
21DD
12CC
22DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Type II pantothenate kinase / PanK-II / Pantothenic acid kinase


分子量: 31327.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: MSSA476 / 遺伝子: CoaA, coaW / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6G7I0, pantothenate kinase
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-SH3 / N-[2-(1,3-benzodioxol-5-yl)ethyl]-N~3~-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alaninamide


分子量: 446.389 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H27N2O9P
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 461 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.01 %
結晶化温度: 289 K / pH: 7.5
詳細: 0.5 uL protein + 0.5 uL buffer (1.4 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, 5% ethylene glycol), pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月28日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 97518 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.37 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.301 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Rsym value: 0.301 / % possible all: 99.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2EWS

2ews


解像度: 2.25→39.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.886 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.832 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.804 / SU ML: 0.223 / SU R Cruickshank DPI: 0.4497 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 4896 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.233 97508 99.3 %-
all-98141 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.99 Å20 Å20.38 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---1.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16199 0 464 461 17124
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01917063
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0216217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0571.97723185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8153.00537170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.00952123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2625.233772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.228152778
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2171566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0560.22618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0219543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7082.2228501
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7082.2228500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2823.32610621
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1F81medium positional0.010.5
2C81medium positional0.010.5
1F48tight thermal2.070.5
2C48tight thermal7.940.5
1F81medium thermal2.472
2C81medium thermal8.192
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.31 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 338 -
Rwork0.268 6800 -
obs--99.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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