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- PDB-4mpw: Human beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetrameth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpw
タイトルHuman beta-tryptase co-crystal structure with [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone)
要素Tryptase alpha/beta-1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / coferon / alpha-hydroxyketone / small molecule inhibitor / drug discovery / self-assembly / crystal catalysis / silanol / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptase / Activation of Matrix Metalloproteinases / extracellular matrix disassembly / serine-type peptidase activity / defense response / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases ...Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2AJ / ACETATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Tryptase alpha/beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者White, A. / Stein, A.J. / Suto, R.
引用ジャーナル: Pharmacology / 年: 2018
タイトル: A Novel, Nonpeptidic, Orally Active Bivalent Inhibitor of Human beta-Tryptase.
著者: Giardina, S.F. / Werner, D.S. / Pingle, M. / Bergstrom, D.E. / Arnold, L.D. / Barany, F.
履歴
登録2013年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptase alpha/beta-1
B: Tryptase alpha/beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,2719
ポリマ－54,9832
非ポリマー1,2887
水7,584421
1
A: Tryptase alpha/beta-1
B: Tryptase alpha/beta-1
ヘテロ分子

A: Tryptase alpha/beta-1
B: Tryptase alpha/beta-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,54318
ポリマ－109,9664
非ポリマー2,57714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area10150 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area37960 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.087, 78.087, 164.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptase alpha/beta-1 / Tryptase-1 / Tryptase I / Tryptase alpha-1


分子量: 27491.426 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 31-275 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TPS1, TPS2, TPSAB1, TPSB1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q15661, tryptase

-
非ポリマー , 5種, 428分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-2AJ / [(1,1,3,3-tetramethyldisiloxane-1,3-diyl)di-1-benzofuran-3,5-diyl]bis({4-[3-(aminomethyl)phenyl]piperidin-1-yl}methanone)


分子量: 799.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H54N4O5Si2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細N132K IS A NATURAL VARIANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 1.9 mg/mL protein incubated with compound 4A 30 minutes on ice prior to setup with 30% PEG1500, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 43352 / Num. obs: 43348 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-2.025.50.43942320.7741100
2.02-2.15.50.33642840.8131100
2.1-2.25.50.26342600.8351100
2.2-2.315.50.20842850.8651100
2.31-2.465.50.16642980.9141100
2.46-2.655.50.13443080.9541100
2.65-2.915.50.09643211.031100
2.91-3.335.50.06943501.2681100
3.33-4.25.40.05944011.9131100
4.2-505.10.04546091.485199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→42.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.074 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.141 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2056 2169 5 %RANDOM
Rwork0.1637 ---
all0.1659 43312 --
obs0.1659 43130 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 70.03 Å2 / Biso mean: 24.4349 Å2 / Biso min: 11.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3828 0 87 421 4336
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194115
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023787
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0321.9625640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93638721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4455500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.58423.441186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.45915592
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0741525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02976
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 164 -
Rwork0.21 2964 -
all-3128 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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