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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mme | ||||||
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タイトル | Crystal structure of LeuBAT (delta6 mutant) in complex with mazindol | ||||||
![]() | Transporter![]() | ||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||
機能・相同性 | nitrogen compound transport / ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, H. / Gouaux, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis for action by diverse antidepressants on biogenic amine transporters. 著者: Wang, H. / Goehring, A. / Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Ressler, R. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 58068.391 Da / 分子数: 2 / 変異: N21Y, G24D, T254S, S256G, Y265F, I359G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-BOG / ![]() #5: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 100 mM glycine (pH9.4), 0.1 M Li2SO4, 29%-31% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長![]() |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 46645 / Num. obs: 46598 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 詳細: THE HIGH REAL SPACE R FOR TWO BOG MOLECULES IS DUE TO WEAK ELECTRON DENSITIES FOR THE MOLECULES
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.985 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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