+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mme | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of LeuBAT (delta6 mutant) in complex with mazindol | ||||||
要素 | Transporter | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / transporter | ||||||
機能・相同性 | Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / sodium ion transmembrane transport / plasma membrane / Chem-29Q / Na(+):neurotransmitter symporter (Snf family) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, H. / Gouaux, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2013 タイトル: Structural basis for action by diverse antidepressants on biogenic amine transporters. 著者: Wang, H. / Goehring, A. / Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Ressler, R. / Gouaux, E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mme.cif.gz | 212.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4mme.ent.gz | 170.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mme.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/4mme ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mm/4mme | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58068.391 Da / 分子数: 2 / 変異: N21Y, G24D, T254S, S256G, Y265F, I359G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 株: VF5 / 遺伝子: snf, aq_2077 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O67854 #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 化合物 | #4: 糖 | ChemComp-BOG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.18 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.4 詳細: 100 mM glycine (pH9.4), 0.1 M Li2SO4, 29%-31% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月16日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 46645 / Num. obs: 46598 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.526 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.4 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→40.985 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.92 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: THE HIGH REAL SPACE R FOR TWO BOG MOLECULES IS DUE TO WEAK ELECTRON DENSITIES FOR THE MOLECULES
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→40.985 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|