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- PDB-4m0r: Trianthranilate-like analogue bound to anthranilate phosphoribosy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m0r
タイトルTrianthranilate-like analogue bound to anthranilate phosphoribosyltransferase (AnPRT; TrpD).
要素Anthranilate phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Magnesium binding / phosphoribosylpyrophosphate / PRPP / inhibitor complex / tri-anthranilate analogue / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / phosphoribosyltransferase / transferase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate phosphoribosyltransferase / anthranilate phosphoribosyltransferase activity / tryptophan biosynthetic process / magnesium ion binding / extracellular region / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain ...Anthranilate phosphoribosyl transferase / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain C / Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 2 / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain / Transferase, Pyrimidine Nucleoside Phosphorylase; Chain A, domain 3 / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain / Glycosyl transferase family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl transferase family, helical bundle domain / Glycosyl transferase, family 3 / Glycosyl transferase family, a/b domain / Nucleoside phosphorylase/phosphoribosyltransferase catalytic domain superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,6-bis[(2-carboxyphenyl)amino]benzoic acid / IMIDAZOLE / Anthranilate phosphoribosyltransferase / Anthranilate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Evans, G.L. / Baker, E.N. / Lott, J.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2014
タイトル: Repurposing the Chemical Scaffold of the Anti-Arthritic Drug Lobenzarit to Target Tryptophan Biosynthesis in Mycobacterium tuberculosis.
著者: Evans, G.L. / Gamage, S.A. / Bulloch, E.M. / Baker, E.N. / Denny, W.A. / Lott, J.S.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate phosphoribosyltransferase
B: Anthranilate phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,9988
ポリマ－77,8962
非ポリマー1,1026
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.484, 91.760, 119.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Anthranilate phosphoribosyltransferase


分子量: 38948.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: MT2248, MTCY190.03c, Rv2192c, trpD / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pGroESL
参照: UniProt: P66992, UniProt: P9WFX5*PLUS, anthranilate phosphoribosyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#2: 化合物 ChemComp-644 / 2,6-bis[(2-carboxyphenyl)amino]benzoic acid


分子量: 392.362 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16N2O6
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M imidazole.malate, 11% PEG-4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月29日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→91.76 Å / Num. all: 63534 / Num. obs: 63134 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 25.052 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.879 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 9117 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Ice(McPhillipsデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
XDS(Kabschデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: CHAIN A OF PDB ENTRY 3QR9

3qr9


解像度: 1.96→60.079 Å / SU ML: 0.25 / Isotropic thermal model: Isotropic & Anisotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.34 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2308 3159 5.01 %Random
Rwork0.194 ---
obs0.1958 63038 99.25 %-
all-63530 --
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 39.617 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 23.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.359 Å27.7195 Å2-2.3606 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→60.079 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4844 0 77 343 5264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.096963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7161742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069814
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005920
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.96-2.06330.32084360.268484708470100
2.0633-2.19260.2794420.23138434843499
2.1926-2.36190.28674670.22358420842099
2.3619-2.59960.23284610.191985298529100
2.5996-2.97580.23794460.19168562856299
2.9758-3.74910.22044300.18278625862599
3.7491-60.10680.19554770.17688839883999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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