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- PDB-4lcg: Crystal structure of the Pseudomonas aeruginosa LPXC/LPC-050 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lcg
タイトルCrystal structure of the Pseudomonas aeruginosa LPXC/LPC-050 complex
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/ANTIBIOTIC / lipid A biosynthesis / lipid A synthesis / BAAB sandwich / LPXC / deacetylation / acyl UDP-GLCNAC / hydroxamate / HYDROLASE-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / membrane / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1WM / NITRATE ION / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.568 Å
データ登録者Lee, C.-J. / Zhou, P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Synthesis, Structure, and Antibiotic Activity of Aryl-Substituted LpxC Inhibitors.
著者: Liang, X. / Lee, C.J. / Zhao, J. / Toone, E.J. / Zhou, P.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,72520
ポリマ－33,1471
非ポリマー1,57819
水7,512417
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.530, 73.620, 88.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein EnvA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33146.617 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-299 / 変異: C40S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: envA, lpxC, PA4406 / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1WM / (betaS)-Nalpha-{4-[4-(4-aminophenyl)buta-1,3-diyn-1-yl]benzoyl}-N,beta-dihydroxy-L-tyrosinamide


分子量: 455.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O5
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.13 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.5 % / 数: 173517 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Χ2: 1.56 / D res high: 1.57 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 49015 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.265094.210.0261.4363.7
3.384.2691.910.031.8473.3
2.953.3898.410.0342.0123.8
2.682.9598.910.0351.7773.7
2.492.6899.510.0371.6923.7
2.352.4999.610.041.5973.7
2.232.3597.810.0492.5173.3
2.132.2397.310.0481.7423.4
2.052.1399.910.051.6683.6
1.982.0510010.0561.5213.6
1.921.9810010.0762.0693.6
1.861.9299.610.0811.7813.4
1.811.8610010.0851.2843.6
1.771.8110010.1011.3053.5
1.731.7710010.1161.2533.5
1.691.7310010.141.2023.5
1.661.6910010.1591.1693.5
1.631.6610010.1831.1233.5
1.61.6310010.2111.0783.5
1.571.699.910.2431.0763.4
反射解像度: 1.568→50 Å / Num. all: 49632 / Num. obs: 48969
反射 シェル最高解像度: 1.568 Å

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 31.27 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å28.27 Å
Translation2.5 Å28.27 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
StructureStudioデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.568→28.271 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.874 / SU ML: 0.15 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 2470 5.05 %
Rwork0.1788 --
obs0.1802 48939 98.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.01 Å2 / Biso mean: 23.3285 Å2 / Biso min: 9.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.568→28.271 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2307 0 100 417 2824
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9343328
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005441
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.176900
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.568-1.59830.27091280.21822493262197
1.5983-1.63090.23541430.199125712714100
1.6309-1.66640.20651460.178426102756100
1.6664-1.70520.22971340.184525332667100
1.7052-1.74780.20661360.189725972733100
1.7478-1.7950.22561220.192226102732100
1.795-1.84790.22651410.185625962737100
1.8479-1.90750.21631250.183925862711100
1.9075-1.97570.21651340.198525912725100
1.9757-2.05470.21681220.180826142736100
2.0547-2.14820.18911360.167726152751100
2.1482-2.26140.23621410.18652488262996
2.2614-2.4030.20671580.17962570272899
2.403-2.58850.19561290.178826232752100
2.5885-2.84870.20831480.18662611275999
2.8487-3.26040.21421310.18532627275899
3.2604-4.10580.18691410.16392485262692
4.1058-28.27570.1971550.16842649280495
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.3495 Å / Origin y: -4.046 Å / Origin z: 7.9898 Å
111213212223313233
T0.1123 Å20.0065 Å20.0033 Å2-0.1228 Å2-0.0018 Å2--0.1296 Å2
L0.5399 °20.0932 °2-0.2002 °2-0.747 °20.1061 °2--0.9512 °2
S0.0145 Å °-0.0283 Å °0.0102 Å °0.0069 Å °0.025 Å °0.0098 Å °-0.049 Å °0.0095 Å °-0.0403 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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