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万見
- PDB-4kib: Crystal structure of methyltransferase from Streptomyces hygrosco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kib
タイトルCrystal structure of methyltransferase from Streptomyces hygroscopicus complexed with S-adenosyl-L-homocysteine and methylphenylpyruvic acid
要素Methyltransferase MppJ
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / Methyltransferase / SAM Binding PPY Binding
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpyruvate C3-methyltransferase / antibiotic biosynthetic process / methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3R)-2-oxo-3-phenylbutanoic acid / : / (2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Phenylpyruvate C(3)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Liu, Y.C. / Zou, X.W. / Chan, H.C. / Huang, C.J. / Li, T.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure and mechanism of a nonhaem-iron SAM-dependent C-methyltransferase and its engineering to a hydratase and an O-methyltransferase
著者: Zou, X.W. / Liu, Y.C. / Hsu, N.S. / Huang, C.J. / Lyu, S.Y. / Chan, H.C. / Chang, C.Y. / Yeh, H.W. / Lin, K.H. / Wu, C.J. / Tsai, M.D. / Li, T.L.
履歴
登録2013年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyltransferase MppJ
B: Methyltransferase MppJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,41415
ポリマ－79,6452
非ポリマー1,77013
水11,259625
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6140 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area25850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.332, 78.062, 138.257
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Methyltransferase MppJ


分子量: 39822.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces hygroscopicus (バクテリア)
遺伝子: mppJ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q643C8

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非ポリマー , 6種, 638分子

#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-56D / (3R)-2-oxo-3-phenylbutanoic acid


分子量: 178.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H10O3
#4: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-HF2 / (2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid / 3-フェニル-D-乳酸


タイプ: peptide-like / 分子量: 166.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10O3
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 625 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG3350, 0.2M sodium iodide, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9787, 0.9789, 0.9635
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月27日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97871
20.97891
30.96351
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 45227 / Num. obs: 45227 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CRANK位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→26.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 5.319 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25615 2414 5.1 %RANDOM
Rwork0.19809 ---
obs0.20108 45227 99.56 %-
all-45227 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.675 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.12 Å20 Å2-0 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----1.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→26.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5200 0 109 625 5934
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0195426
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025042
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.9677346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7873.00111515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.715666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54622.659267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.27915791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3461556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2783
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021360
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 175 -
Rwork0.267 3217 -
obs--98.01 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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