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- PDB-4kba: CK1d in complex with 9-[3-(4-fluorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazol-4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kba
タイトルCK1d in complex with 9-[3-(4-fluorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl]-2,3,4,5-tetrahydropyrido[2,3-f][1,4]oxazepine inhibitor
要素Casein kinase I isoform delta
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ser/thr kinase / inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / midbrain dopaminergic neuron differentiation / COPII vesicle coating / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport ...positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / protein localization to Golgi apparatus / midbrain dopaminergic neuron differentiation / COPII vesicle coating / microtubule nucleation / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / tau-protein kinase activity / Golgi organization / spindle assembly / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / spindle microtubule / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / spindle / endocytosis / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / Circadian Clock / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. ...Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1QM / Casein kinase I isoform delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Liu, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Ligand-protein interactions of selective casein kinase 1 delta inhibitors.
著者: Mente, S. / Arnold, E. / Butler, T. / Chakrapani, S. / Chandrasekaran, R. / Cherry, K. / Dirico, K. / Doran, A. / Fisher, K. / Galatsis, P. / Green, M. / Hayward, M. / Humphrey, J. / Knafels, ...著者: Mente, S. / Arnold, E. / Butler, T. / Chakrapani, S. / Chandrasekaran, R. / Cherry, K. / Dirico, K. / Doran, A. / Fisher, K. / Galatsis, P. / Green, M. / Hayward, M. / Humphrey, J. / Knafels, J. / Li, J. / Liu, S. / Marconi, M. / McDonald, S. / Ohren, J. / Paradis, V. / Sneed, B. / Walton, K. / Wager, T.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月25日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform delta
B: Casein kinase I isoform delta
C: Casein kinase I isoform delta
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,31117
ポリマ－154,1494
非ポリマー2,16213
水3,171176
1
A: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0544
ポリマ－38,5371
非ポリマー5163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0544
ポリマ－38,5371
非ポリマー5163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0544
ポリマ－38,5371
非ポリマー5163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1505
ポリマ－38,5371
非ポリマー6134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子

B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1078
ポリマ－77,0742
非ポリマー1,0336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3060 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area24070 Å2
手法PISA
6
D: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子

C: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2039
ポリマ－77,0742
非ポリマー1,1297
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
Buried area3290 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.689, 83.964, 89.290
Angle α, β, γ (deg.)108.00, 105.71, 93.00
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Casein kinase I isoform delta / CKI-delta / CKId / Tau-protein kinase CSNK1D


分子量: 38537.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-1QM / 9-[3-(4-fluorophenyl)-1-methyl-1H-pyrazol-4-yl]-2,3,4,5-tetrahydropyrido[2,3-f][1,4]oxazepine / 9-[1-メチル-3-(4-フルオロフェニル)-1H-ピラゾ-ル-4-イル]-2,3,4,5-テトラヒドロピリド[2,(以下略)


分子量: 324.352 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H17FN4O
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.63 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→80.95 Å / Num. all: 95216 / Num. obs: 85686 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 6.9

-
解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9164 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU R Cruickshank DPI: 0.183 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 4379 5.12 %RANDOM
Rwork0.2084 ---
obs0.2099 85598 96.09 %-
原子変位パラメータBiso mean: 35.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.2783 Å22.3569 Å2-0.3522 Å2
2--1.2224 Å2-2.5499 Å2
3---1.0559 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.314 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8948 0 141 176 9265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019375HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0312663HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3318SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes200HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1460HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9375HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.79
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.36
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1119SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10501SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2412 300 4.95 %
Rwork0.2017 5766 -
all0.2036 6066 -
obs--96.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.35370.3266-0.24860.4488-0.13551.54090.049-0.08160.055-0.04660.03780.081-0.1014-0.1127-0.0868-0.13130.07760.06950.26730.1714-0.1210.0296-0.63030.9696
20.80110.1373-0.37240.7185-0.94042.29190.0355-0.120.03340.0959-0.04460.023-0.35530.32630.009-0.0416-0.0360.05520.24190.1141-0.161117.687416.7904-37.7309
31.6459-0.33640.2590.28670.01971.5680.06150.0435-0.06870.06280.04170.07410.0945-0.18-0.1031-0.09740.0451-0.00830.22110.1637-0.1372-0.4596-22.8877-41.1461
40.878-0.18470.20280.6241-0.82382.1290.02630.0857-0.0353-0.0853-0.02530.0330.29550.3183-0.001-0.03220.1413-0.01740.25940.1296-0.17417.1413-39.1352-2.8801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|293 A|401 - A|401 }A3 - 293
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|293 A|401 - A|401 }A401
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|293 B|401 - B|401 }B3 - 293
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|3 - B|293 B|401 - B|401 }B401
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|7 - C|293 C|401 - C|401 }C7 - 293
6X-RAY DIFFRACTION3{ C|7 - C|293 C|401 - C|401 }C401
7X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|293 D|401 - D|401 }D3 - 293
8X-RAY DIFFRACTION4{ D|3 - D|293 D|401 - D|401 }D401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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