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- PDB-4js9: Structural Characterization of Inducible Nitric Oxide Synthase Su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4js9
タイトルStructural Characterization of Inducible Nitric Oxide Synthase Substituted With Mesoheme
要素Nitric oxide synthase, inducible
キーワードOXIDOREDUCTASE / Calmodulin-binding / FAD / FMN / Iron / Metal-binding / NADP / mesoheme
機能・相同性
機能・相同性情報


Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling ...Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / ROS and RNS production in phagocytes / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / Peroxisomal protein import / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / prostaglandin secretion / positive regulation of killing of cells of another organism / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / cGMP-mediated signaling / cortical cytoskeleton / superoxide metabolic process / nitric-oxide synthase binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / cellular response to cytokine stimulus / cellular response to organic cyclic compound / regulation of insulin secretion / blood vessel remodeling / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric oxide mediated signal transduction / response to tumor necrosis factor / nitric-oxide synthase activity / arginine catabolic process / nitric oxide biosynthetic process / negative regulation of blood pressure / response to hormone / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / Hsp90 protein binding / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / beta-catenin binding / regulation of blood pressure / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / cellular response to xenobiotic stimulus / peroxisome / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / regulation of cell population proliferation / actin binding / cellular response to lipopolysaccharide / response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / calmodulin binding / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of gene expression / heme binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily ...Bovine Endothelial Nitric Oxide Synthase Heme Domain; Chain: A,domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 3 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase; Chain A, domain 1 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain; Chain A, domain 2 / Nitric Oxide Synthase;Heme Domain;Chain A domain 2 / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / Mesoheme / Nitric oxide synthase, inducible
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.784 Å
データ登録者Hannibal, L. / Page, R.C. / Bolisetty, K. / Yu, Z. / Misra, S. / Stuehr, D.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Kinetic and Structural Characterization of Inducible Nitric Oxide Synthase Substituted With Mesoheme
著者: Hannibal, L. / Page, R.C. / Bolisetty, K. / Yu, Z. / Misra, S. / Stuehr, D.J.
履歴
登録2013年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nitric oxide synthase, inducible
B: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5757
ポリマ－99,7552
非ポリマー1,8205
水2,954164
1
A: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子

A: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,6718
ポリマ－99,7552
非ポリマー1,9166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area8050 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area33160 Å2
手法PISA
2
B: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子

B: Nitric oxide synthase, inducible
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,4796
ポリマ－99,7552
非ポリマー1,7244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554x-y,-y,-z-11
Buried area7720 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.039, 215.039, 115.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1029-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nitric oxide synthase, inducible / Inducible NO synthase / Inducible NOS / iNOS / Macrophage NOS / MAC-NOS / NOS type II / Peptidyl- ...Inducible NO synthase / Inducible NOS / iNOS / Macrophage NOS / MAC-NOS / NOS type II / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase NOS2


分子量: 49877.738 Da / 分子数: 2 / 断片: OXYGENASE DOMAIN 66-496 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Inosl, Nos2 / プラスミド: pCWori / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29477, nitric-oxide synthase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-MH0 / Mesoheme


分子量: 620.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H36FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-H4B / 5,6,7,8-TETRAHYDROBIOPTERIN / 6R-テトラヒドロビオプテリン


分子量: 241.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N5O3 / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.18 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 3.5% octyl-glucoside, 20% glycerol, 0.7M ammonium sulfate, 0.1M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: VariMax confocal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→72.5 Å / Num. all: 39539 / Num. obs: 39539 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.44 Å2 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.78→2.88 Å / 冗長度: 4.44 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 3916 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DWJ

3dwj


解像度: 2.784→49.092 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 32.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2899 1970 5 %random
Rwork0.2496 ---
all0.2516 39436 --
obs0.2516 39436 99.01 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.784→49.092 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6547 0 125 164 6836
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2979382
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4912470
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08982
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071193
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.784-2.85360.36461350.332604X-RAY DIFFRACTION98
2.8536-2.93080.3691390.30392638X-RAY DIFFRACTION99
2.9308-3.0170.31051410.30312639X-RAY DIFFRACTION99
3.017-3.11440.30711400.27012651X-RAY DIFFRACTION100
3.1144-3.22560.30961400.27742663X-RAY DIFFRACTION100
3.2256-3.35480.32331380.27162652X-RAY DIFFRACTION100
3.3548-3.50740.31711380.29022659X-RAY DIFFRACTION99
3.5074-3.69230.3391380.28842638X-RAY DIFFRACTION99
3.6923-3.92350.331420.25482678X-RAY DIFFRACTION99
3.9235-4.22630.28231370.24252621X-RAY DIFFRACTION98
4.2263-4.65130.24441410.20442703X-RAY DIFFRACTION99
4.6513-5.32370.24181430.20512711X-RAY DIFFRACTION99
5.3237-6.70450.2741450.23462760X-RAY DIFFRACTION100
6.7045-49.09940.26151530.23432849X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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