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- PDB-4jin: X-ray crystal structure of Archaeoglobus fulgidus Rio1 bound to (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4jin
タイトルX-ray crystal structure of Archaeoglobus fulgidus Rio1 bound to (2E)-N-benzyl-2-cyano-3-(pyridine-4-yl)acrylamide (WP1086)
要素RIO-type serine/threonine-protein kinase Rio1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / Ribosome Biogenesis / pre-40S / autophosphorylation / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity ...histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / hydrolase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / RIO kinase, conserved site / RIO1/ZK632.3/MJ0444 family signature. / RIO kinase / RIO-like kinase / : / RIO domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1L7 / RIO-type serine/threonine-protein kinase Rio1
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.095 Å
データ登録者Mielecki, M. / Krawiec, K. / Kiburu, I. / Grzelak, K. / Wlodzimierz, Z. / Kierdaszuk, B. / Kowa, K. / Fokt, I. / Szymanski, S. / Piotr, S. ...Mielecki, M. / Krawiec, K. / Kiburu, I. / Grzelak, K. / Wlodzimierz, Z. / Kierdaszuk, B. / Kowa, K. / Fokt, I. / Szymanski, S. / Piotr, S. / Szeja, W. / Priebe, W. / Lesyng, B. / LaRonde-LeBlanc, N.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2013
タイトル: Development of novel molecular probes of the Rio1 atypical protein kinase.
著者: Mielecki, M. / Krawiec, K. / Kiburu, I. / Grzelak, K. / Zagorski, W. / Kierdaszuk, B. / Kowa, K. / Fokt, I. / Szymanski, S. / Swierk, P. / Szeja, W. / Priebe, W. / Lesyng, B. / Laronde-Leblanc, N.
履歴
登録2013年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIO-type serine/threonine-protein kinase Rio1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4012
ポリマ－30,1381
非ポリマー2631
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.553, 52.608, 63.654
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.22, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 RIO-type serine/threonine-protein kinase Rio1 / AfRio1


分子量: 30137.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_1804, rio1 / プラスミド: pDEST527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (TM) DE3 pLysS
参照: UniProt: O28471, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-1L7 / (2E)-N-benzyl-2-cyano-3-(pyridin-4-yl)prop-2-enamide


分子量: 263.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N3O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 0.1 M MgCl2, 20% PEG 3350, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.095→29.25 Å / Num. all: 15780 / % possible obs: 96.39 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 46.37 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.26 Å / 冗長度: 2.6 % / Rsym value: 0.329 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIX(phenix.automr)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZTF

1ztf


解像度: 2.095→29.249 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 755 4.96 %
Rwork0.1788 --
obs0.1817 15211 96.4 %
all-15780 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5863 Å2-0 Å22.4565 Å2
2---7.0564 Å2-0 Å2
3---10.6427 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.095→29.249 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2051 0 20 87 2158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082110
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0642836
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.614812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0953-2.2570.28381500.22462615X-RAY DIFFRACTION88
2.257-2.4840.29921380.21942832X-RAY DIFFRACTION95
2.484-2.84320.29821660.21452964X-RAY DIFFRACTION99
2.8432-3.58110.2931550.19952989X-RAY DIFFRACTION100
3.5811-29.25190.18791460.15173056X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57680.2439-0.12390.5513-0.64380.7668-0.05430.0363-0.0778-0.17720.1484-0.09230.30710.120100.4169-0.0257-0.01770.3556-0.02540.41718.9476.1087-1.6973
20.21050.1322-0.05630.0782-0.02040.57460.23520.41630.16940.028-0.26150.4815-0.4654-0.95620.01390.48410.014-0.05840.6713-0.02180.5824-4.67129.10675.0502
32.53580.4874-0.90471.1697-0.00761.2509-0.1343-0.0002-0.07780.22210.0065-0.09840.10790.032600.3918-0.00620.00650.36280.00270.31738.0656-1.354815.1346
40.7082-0.2420.24620.39750.32570.5937-0.1926-0.1217-0.43040.32390.00610.40510.2195-0.130900.4897-0.01210.11630.44620.03150.5875-0.791-8.457619.9627
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 82 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 108 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 201 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 202 through 258 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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