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- PDB-4j3d: Pseudomonas aeruginosa LpxC in complex with a hydroxamate inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4j3d
タイトルPseudomonas aeruginosa LpxC in complex with a hydroxamate inhibitor
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / LpxC / metalloamidase / UDP-3-O-(R-3-hydroxymyristoyl)-N-acetylglucosamine deacetylase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1JS / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lahiri, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2013
タイトル: Exploring the UDP pocket of LpxC through amino acid analogs.
著者: Hale, M.R. / Hill, P. / Lahiri, S. / Miller, M.D. / Ross, P. / Alm, R. / Gao, N. / Kutschke, A. / Johnstone, M. / Prince, B. / Thresher, J. / Yang, W.
履歴
登録2013年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月1日Group: Database references
改定 1.22018年2月7日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9258
ポリマ－65,8172
非ポリマー1,1096
水5,423301
1
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4634
ポリマ－32,9081
非ポリマー5543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4634
ポリマ－32,9081
非ポリマー5543
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.762, 156.878, 49.334
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.400, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / Protein EnvA / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 32908.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: lpxC, envA, PA4406 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P47205, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-1JS / N~1~-hydroxy-N~5~-(3-hydroxypropyl)-N~2~-[4-(phenylethynyl)benzoyl]-L-glutamamide


分子量: 423.462 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N3O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 301 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13-18% P3350, 15-75mM CaCl2, 4% Isopropanol and 0.1M HEPES pH 7.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→156.878 Å / Num. obs: 35689 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2-2.05192.56
2-21.96187.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0046精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→156.878 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.186 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2811 1587 5.1 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
all0.2049 ---
obs0.2047 31364 87.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.22 Å2 / Biso mean: 30.3236 Å2 / Biso min: 6.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→156.878 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4448 0 66 301 4815
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0224580
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4331.986178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89937477
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2495569
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.07824.327208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.82215799
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1511532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025103
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.691.52833
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1431.51172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26124566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.01831747
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.324.51612
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 121 -
Rwork0.259 2281 -
all-2402 -
obs--92.56 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 2.4622 Å / Origin y: 0.0615 Å / Origin z: 1.1395 Å
111213212223313233
T0.0004 Å20.0009 Å20.0008 Å2-0.0084 Å20.0011 Å2--0.0023 Å2
L0.0198 °20.0151 °2-0.0027 °2-0.1917 °20.0348 °2--0.0632 °2
S-0.0013 Å °-0.0008 Å °-0.0034 Å °0.0008 Å °0.0077 Å °0.007 Å °-0.0034 Å °0.0005 Å °-0.0065 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 297
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 296
3X-RAY DIFFRACTION1A301 - 302
4X-RAY DIFFRACTION1B301 - 302
5X-RAY DIFFRACTION1A303
6X-RAY DIFFRACTION1B303
7X-RAY DIFFRACTION1A401 - 550
8X-RAY DIFFRACTION1B401 - 551

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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