PDB-4j0k: Tannin acyl hydrolase in complex with ethyl gallate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4j0k

タイトル

Tannin acyl hydrolase in complex with ethyl gallate

要素

Tannase

キーワード

HYDROLASE / tannin / hydrolysis

機能・相同性

機能・相同性情報

: / : / BD-FAE / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / Chen, Q. / McKinstry, W.J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystal structure of tannase from Lactobacillus plantarum.
著者: Ren, B. / Wu, M. / Wang, Q. / Peng, X. / Wen, H. / McKinstry, W.J. / Chen, Q.

履歴

登録	2013年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2013年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / database_2 ...citation / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4j0k.cif.gz	365.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4j0k.ent.gz	300.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4j0k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4j0k_validation.pdf.gz	482.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4j0k_full_validation.pdf.gz	495.9 KB	表示
XML形式データ	4j0k_validation.xml.gz	40.4 KB	表示
CIF形式データ	4j0k_validation.cif.gz	58.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j0/4j0k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j0cC 4j0dC 4j0gC 4j0hC 4j0iC 4j0jC 4juiC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1lon-d 4j0g-1 4j0i-1 4j0c-2 3f9i-d 1a4r-d 6ku2-2 5qpy-d 5qq1-d 1v4s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tannase

B: Tannase

ヘテロ分子

103 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tannase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tannase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
51.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.099, 62.734, 83.192
Angle α, β, γ (deg.)	70.20, 87.10, 79.19
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Tannase 分子量: 50822.883 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: tanLpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3Y018

-
非ポリマー , 5種, 533分子

#2: 化合物	ChemComp-EGR / ethyl 3,4,5-trihydroxybenzoate / ethyl gallate / 没食子酸エチル分子量: 198.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₅
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 527 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.76 %
結晶化	温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M tri-sodium citrate pH 5.5, 20% PEG 3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 281K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	最高解像度: 2.05 Å / Num. obs: 52480 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.05→19.892 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.8079 / SU ML: 0.46 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 26.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	2663	5.08 %
R_work	0.1966	-	-
obs	0.1988	52453	97.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 47.241 Å² / k_sol: 0.383 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 100.39 Å² / B_iso mean: 27.3611 Å² / B_iso min: 9.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	11.8658 Å²	-5.2087 Å²	8.9124 Å²
2-	-	-11.5013 Å²	-5.0029 Å²
3-	-	-	-0.3645 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→19.892 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7054	0	65	527	7646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7353
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.934	10036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.552	2626
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.065	1124
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1313

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 19

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.05-2.0872	0.3327	133	0.3005	2641	95
2.0872-2.1273	0.3698	149	0.2917	2541	96
2.1273-2.1707	0.3126	133	0.267	2600	96
2.1707-2.2179	0.2752	150	0.2522	2601	97
2.2179-2.2694	0.3059	143	0.2421	2610	96
2.2694-2.3261	0.2948	155	0.2315	2570	97
2.3261-2.3888	0.3019	134	0.2219	2620	97
2.3888-2.459	0.2937	123	0.204	2640	97
2.459-2.5382	0.2284	147	0.2019	2639	98
2.5382-2.6288	0.2566	149	0.1903	2612	98
2.6288-2.7338	0.2394	151	0.1803	2665	98
2.7338-2.8578	0.245	141	0.1826	2638	98
2.8578-3.008	0.2276	129	0.1798	2643	98
3.008-3.1958	0.2304	131	0.1843	2640	98
3.1958-3.4413	0.2568	138	0.1687	2649	98
3.4413-3.7855	0.203	139	0.1626	2627	97
3.7855-4.3284	0.1677	132	0.1599	2608	97
4.3284-5.4348	0.1606	143	0.1685	2612	97
5.4348-19.8933	0.2342	143	0.2006	2634	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2837	-0.0089	-0.064	0.7214	0.293	0.5184	0.0587	-0.0288	0.0791	0.1519	-0.0203	-0.0668	-0.0823	-0.0108	-0.0432	0.2629	-0.0176	0.0215	0.1501	0.0016	0.1729	26.6857	105.1422	80.3327
2	0.4728	0.3769	-0.3449	0.4182	-0.1669	1.5031	-0.0076	0.0066	-0.0414	-0.0281	-0.039	0.005	-0.0112	0.0022	0.057	0.3263	-0.0049	0.0421	0.1368	-0.0017	0.1431	19.8927	75.1466	70.9977
3	0.3187	0.0045	-0.096	0.4013	-0.2797	1.0222	0.0167	0.0505	0.0233	-0.0166	0.0251	-0.0717	0.0335	-0.0133	-0.0383	0.284	-0.0161	0.0115	0.1355	-0.0151	0.1458	25.4166	91.1528	70.2757
4	0.2813	0.0947	-0.2218	0.496	-0.0877	0.1794	-0.0186	0.015	-0.1021	-0.1208	-0.008	-0.1193	0.0544	-0.0216	-0.0027	0.0639	0.0244	-0.0166	0.1911	0	0.1931	39.7159	42.0041	33.4135
5	0.9748	-0.0766	-0.295	0.6208	-0.2007	0.6196	0.0106	0.0811	-0.0287	-0.1741	0.0194	0.0376	0.0002	-0.0265	-0.0555	0.279	-0.039	0.04	0.1741	-0.0472	0.207	30.6465	71.4168	40.0091
6	0.4743	0.0372	-0.2231	0.4431	0.1654	0.3452	0.0544	0.0061	0.0714	-0.1494	0.0418	-0.1022	-0.1028	0.0126	-0.0508	0.1118	0.0064	0.0021	0.1823	-0.0003	0.1882	35.1107	63.682	40.0282

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:228)	A	1 - 228
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 243:340)	A	243 - 340
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 341:469)	A	341 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resseq 1:209)	B	1 - 209
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 210:311)	B	210 - 311
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 312:469)	B	312 - 469

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