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- PDB-4ipw: Substrate and reaction specificity of Mycobacterium tuberculosis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ipw
タイトルSubstrate and reaction specificity of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP121
要素Cytochrome P450 121
キーワードOXIDOREDUCTASE / P450 fold / oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


mycocyclosin synthase / cyclase activity / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water / carbon monoxide binding / monooxygenase activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1G7 / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / PHOSPHATE ION / Mycocyclosin synthase / Mycocyclosin synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Fonvielle, M. / Ledu, M.H. / Lequin, O. / Lecoq, A. / Jacquet, M. / Thai, R. / Dubois, S. / Grach, G. / Gondry, M. / Belin, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Substrate and Reaction Specificity of Mycobacterium tuberculosis Cytochrome P450 CYP121: INSIGHTS FROM BIOCHEMICAL STUDIES AND CRYSTAL STRUCTURES.
著者: Fonvielle, M. / Le Du, M.H. / Lequin, O. / Lecoq, A. / Jacquet, M. / Thai, R. / Dubois, S. / Grach, G. / Gondry, M. / Belin, P.
履歴
登録2013年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月8日Group: Database references
改定 1.22013年7月3日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,07313
ポリマ－43,1751
非ポリマー1,89912
水11,800655
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,14626
ポリマ－86,3492
非ポリマー3,79724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/61
Buried area9570 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area30870 Å2
手法PISA
3
A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子

A: Cytochrome P450 121
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,14626
ポリマ－86,3492
非ポリマー3,79724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area31100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.772, 77.772, 262.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-991-

HOH

21A-1089-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome P450 121 / Cytochrome P450 MT2


分子量: 43174.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: cyp121, Rv2276, MT2336, MTCY339.34c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A514, UniProt: P9WPP7*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する

-
非ポリマー , 6種, 667分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-1G7 / (3S,6S)-3-(3,4-dihydroxybenzyl)-6-(4-hydroxybenzyl)piperazine-2,5-dione


分子量: 342.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N2O5
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 655 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.72 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulfate 2.2 M, NaMES 0.1 M, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月31日
放射モノクロメーター: monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 93351 / Num. obs: 86350 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 12.2 Å2
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.285 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
FFTモデル構築
BUSTER2.8.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
FFT位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.4→41.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9488 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1824 4339 5.03 %RANDOM
Rwork0.1566 ---
all0.1579 90631 --
obs0.1579 86292 --
原子変位パラメータBiso mean: 16.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.0045 Å20 Å20 Å2
2--0.0045 Å20 Å2
3----0.009 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.142 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→41.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3031 0 123 655 3809
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0123281HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.064475HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1129SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes486HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3281HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.9
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.87
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1828 261 4.94 %
Rwork0.1821 5018 -
all0.1821 5279 -
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.2743 Å / Origin y: 21.6375 Å / Origin z: -11.1677 Å
111213212223313233
T0.0233 Å20.0066 Å20.007 Å2--0.0272 Å2-0.0095 Å2---0.0081 Å2
L0.1555 °2-0.0173 °2-0.002 °2-0.2191 °20.0121 °2--0.2833 °2
S0.015 Å °0.0023 Å °0.0254 Å °0.0003 Å °0.0016 Å °-0.0195 Å °-0.0923 Å °0.0115 Å °-0.0166 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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