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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4inw | ||||||
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タイトル | Structure of Pheromone-binding protein 1 in complex with (11Z,13Z)-hexadecadienal | ||||||
要素 | Pheromone-binding protein 1 | ||||||
キーワード | pheromone-binding protein / Amyelois transitella / pheromone / navel orangeworm moth / AtraPBP1 / pH-dependent binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Amyelois transitella (蝶・蛾) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.14 Å | ||||||
データ登録者 | di Luccio, E. / Wilson, D.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2013 タイトル: Crystallographic Observation of pH-Induced Conformational Changes in the Amyelois transitella Pheromone-Binding Protein AtraPBP1. 著者: di Luccio, E. / Ishida, Y. / Leal, W.S. / Wilson, D.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4inw.cif.gz | 72.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4inw.ent.gz | 58.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4inw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4inw_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4inw_full_validation.pdf.gz | 443 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4inw_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4inw_validation.cif.gz | 14.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4inw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/in/4inw | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15867.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Amyelois transitella (蝶・蛾) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0E9M1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-1EY / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.08 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / pH: 6.5 詳細: Purified AtraPBP1 was crystallized at room temperature by the hanging drop vapor diffusion method. Drops composed of 1ul protein solution (30 mg/ml) and 1ul of the precipitant solution were ...詳細: Purified AtraPBP1 was crystallized at room temperature by the hanging drop vapor diffusion method. Drops composed of 1ul protein solution (30 mg/ml) and 1ul of the precipitant solution were suspended over a reservoir containing the precipitant solution (1.6 M sodium citrate pH 6.5). Crystals used in data collection were transferred into Paratone-N oil and flash-cooled in a stream of liquid nitrogen at 110 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.1 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.14→28.72 Å / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 29.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.14→28.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 1.384 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.033 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.23 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.14→28.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.14→1.17 Å / Total num. of bins used: 20
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