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- PDB-4ihl: Human 14-3-3 isoform zeta in complex with a diphoyphorylated C-RA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ihl
タイトルHuman 14-3-3 isoform zeta in complex with a diphoyphorylated C-RAF peptide and Cotylenin A
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / 14-3-3 FOLD / RAF / ALL ALPHA-HELICAL / ADAPTER PROTEIN / PROTEIN-PROTEIN INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


death-inducing signaling complex assembly / synaptic target recognition / Golgi reassembly / intermediate filament cytoskeleton organization / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / respiratory system process / tube formation ...death-inducing signaling complex assembly / synaptic target recognition / Golgi reassembly / intermediate filament cytoskeleton organization / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / type B pancreatic cell proliferation / regulation of Rho protein signal transduction / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of protein localization to nucleus / Negative feedback regulation of MAPK pathway / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / IFNG signaling activates MAPKs / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / face development / pseudopodium / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / regulation of cell differentiation / thyroid gland development / Regulation of localization of FOXO transcription factors / somatic stem cell population maintenance / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / phosphoserine residue binding / MAP kinase kinase kinase activity / Activation of BAD and translocation to mitochondria / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of protein-containing complex assembly / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Schwann cell development / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / activation of adenylate cyclase activity / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / negative regulation of TORC1 signaling / response to muscle stretch / myelination / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein sequestering activity / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / thymus development / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / RAF activation / wound healing / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / regulation of protein stability / Stimuli-sensing channels / Signaling by RAF1 mutants / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / MAPK cascade / intracellular protein localization / melanosome / insulin receptor signaling pathway / regulation of apoptotic process / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / vesicle / blood microparticle / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Delta-Endotoxin; domain 1 / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / 14-3-3 domain / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Delta-Endotoxin; domain 1 / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Ubiquitin-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1F5 / : / RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Molzan, M. / Ottmann, C.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Stabilization of Physical RAF/14-3-3 Interaction by Cotylenin A as Treatment Strategy for RAS Mutant Cancers.
著者: Molzan, M. / Kasper, S. / Roglin, L. / Skwarczynska, M. / Sassa, T. / Inoue, T. / Breitenbuecher, F. / Ohkanda, J. / Kato, N. / Schuler, M. / Ottmann, C.
履歴
登録2012年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
P: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9487
ポリマ－57,6253
非ポリマー1,3244
水5,296294
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area22650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.280, 103.400, 112.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26720.217 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-230 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / プラスミド: PPROEX HTB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / Proto-oncogene c-RAF / cRaf / Raf-1


分子量: 4184.204 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 229-264 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic peptide, The full-lenth C-Raf kinase occurs in homo spaiens
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P04049, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-1F5 / (1R,3aS,4R,5R,6R,9aR,10E)-6-({(1S,2R,4S,5R,6R,8S,9S)-5-hydroxy-2-(methoxymethyl)-9-methyl-9-[(2S)-oxiran-2-yl]-3,7,10,1 1-tetraoxatricyclo[6.2.1.0~1,6~]undec-4-yl}oxy)-1-(methoxymethyl)-4,9a-dimethyl-7-(propan-2-yl)-1,2,3,3a,4,5,6,8,9,9a-de cahydrodicyclopenta[a,d][8]annulene-1,5-diol / Cotylenin A / コチレニンA


分子量: 622.743 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H50O11
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M NA-ACETATE PH 7.0, 0.8 M NAH2PO4 AND 1.2 M K2HPO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月6日
放射モノクロメーター: AL2/AL2 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.4 Å / Num. all: 43603 / Num. obs: 42870 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 48.794 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 21.65
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.2-2.30.284.6619090520497.5
2.3-2.40.2076.5717363440997.8
2.4-2.50.1647.8714545374597.9
2.5-30.08313.61459841222898.5
3-40.0332.5936669983598.9
4-60.02246.8718894516698.7
6-100.0250.156153175698.5
10-120.01953.1666020993.7
120.01953.62106031895.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: PDB ENTRY 4FJ3

4fj3


解像度: 2.2→49.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2455 / WRfactor Rwork: 0.2006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8288 / SU B: 4.988 / SU ML: 0.126 / SU R Cruickshank DPI: 0.1923 / SU Rfree: 0.1776 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2432 2142 5 %RANDOM
Rwork0.2002 ---
all0.2024 43603 --
obs0.2024 42823 98.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.15 Å2 / Biso mean: 50.1522 Å2 / Biso min: 24.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.22 Å20 Å20 Å2
2--3.55 Å20 Å2
3----2.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3762 0 90 294 4146
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224076
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.57525554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.555514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00525.123203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.77315.039763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3361528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023022
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 138 -
Rwork0.262 2740 -
all-2878 -
obs--96.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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