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- PDB-5m35: The molecular tweezer CLR01 stabilizes a disordered protein-prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m35
タイトルThe molecular tweezer CLR01 stabilizes a disordered protein-protein interface
要素
  • (M-phase inducer phosphatase ...) x 2
  • 14-3-3 protein zeta/delta
キーワードHYDROLASE / Stabilization / 14-3-3 / disordered PPI interface / CDC25C
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / Rap1 signalling / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / Rap1 signalling / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of protein localization to nucleus / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / regulation of mitotic nuclear division / WW domain binding / GP1b-IX-V activation signalling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein targeting / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Activation of ATR in response to replication stress / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / ERK1 and ERK2 cascade / protein-tyrosine-phosphatase / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lung development / protein serine/threonine kinase binding / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / protein sequestering activity / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of innate immune response / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / Negative regulation of NOTCH4 signaling / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / regulation of protein stability / mitochondrial intermembrane space / G2/M transition of mitotic cell cycle / melanosome / intracellular protein localization / blood microparticle / vesicle / angiogenesis / protein phosphatase binding / DNA-binding transcription factor binding / transmembrane transporter binding / cell population proliferation / protein phosphorylation / nuclear speck / cadherin binding / protein domain specific binding / cell division / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. ...M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / M-phase inducer phosphatase 3 / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.38 Å
データ登録者Bier, D. / Ottmann, C.
資金援助 ドイツ, オランダ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationCollaborative Research Centre 1093 ドイツ
Netherlands Organisation for Scientific Research024.001.035 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research016.150.366 オランダ
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: The Molecular Tweezer CLR01 Stabilizes a Disordered Protein-Protein Interface.
著者: Bier, D. / Mittal, S. / Bravo-Rodriguez, K. / Sowislok, A. / Guillory, X. / Briels, J. / Heid, C. / Bartel, M. / Wettig, B. / Brunsveld, L. / Sanchez-Garcia, E. / Schrader, T. / Ottmann, C.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年11月15日ID: 5JIT
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02018年12月12日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: M-phase inducer phosphatase 3
D: M-phase inducer phosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9908
ポリマ－54,5614
非ポリマー4284
水2,144119
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.221, 104.075, 114.451
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26201.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104

-
M-phase inducer phosphatase ... , 2種, 2分子 CD

#2: タンパク質・ペプチド M-phase inducer phosphatase 3 / Dual specificity phosphatase Cdc25C


分子量: 1274.317 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30307, protein-tyrosine-phosphatase
#3: タンパク質・ペプチド M-phase inducer phosphatase 3 / Dual specificity phosphatase Cdc25C


分子量: 883.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30307, protein-tyrosine-phosphatase

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非ポリマー , 3種, 123分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.8 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.17 M Ammonium acetate; 0.085 M Sodium citrate pH 5.6; 25.5%(w/v) PEG 4000; 15%(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99983 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→44.85 Å / Num. obs: 35499 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 58.906 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 16.76
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.38-2.50.5983.110.757199.9
2.5-30.3056.210.973199.9
3-40.07420.950.998199.6
4-60.04235.60.998199.3
6-80.03539.620.999199.3
8-100.0341.850.9991100
10-120.02741.430.999199.6
12-140.02845.010.9981100
14-200.02644.060.9991100
20-400.02642.121197.1
400.03735.981127.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å44.85 Å
Translation2.5 Å44.85 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XSCALEデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NKX

3nkx


解像度: 2.38→44.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 8.108 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.2523 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.228
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2772 1746 5 %RANDOM
Rwork0.2243 ---
obs0.2271 33123 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.77 Å2 / Biso mean: 55.997 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å20 Å2
2--3.6 Å20 Å2
3----3.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.38→44.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3655 0 30 119 3804
Biso mean--65.52 58.63 -
残基数----468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0223765
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0160.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.9815075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.034316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg15.3465.085469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.4125.249181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.12315.044678
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7051523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212817
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1111.52346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1423736
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18931419
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1594.51338
LS精密化 シェル解像度: 2.381→2.443 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.45 112 -
Rwork0.337 2126 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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