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- PDB-5m37: The molecular tweezer CLR01 stabilizes a disordered protein-prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5m37
タイトルThe molecular tweezer CLR01 stabilizes a disordered protein-protein interface
要素
  • 14-3-3 protein zeta/delta
  • M-phase inducer phosphatase 3
キーワードHYDROLASE / Stabilization / 14-3-3 / disordered PPI interface / CDC25C
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / Rap1 signalling / Polo-like kinase mediated events ...positive regulation of G2/MI transition of meiotic cell cycle / synaptic target recognition / Golgi reassembly / NOTCH4 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / establishment of Golgi localization / respiratory system process / tube formation / regulation of synapse maturation / Rap1 signalling / Polo-like kinase mediated events / negative regulation of protein localization to nucleus / TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / regulation of mitotic nuclear division / WW domain binding / GP1b-IX-V activation signalling / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of localization of FOXO transcription factors / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / phosphoserine residue binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / protein targeting / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cellular response to glucose starvation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of TORC1 signaling / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein tyrosine phosphatase activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / ERK1 and ERK2 cascade / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / lung development / Negative regulation of NOTCH4 signaling / regulation of protein stability / mitochondrial intermembrane space / G2/M transition of mitotic cell cycle / intracellular protein localization / melanosome / angiogenesis / DNA-binding transcription factor binding / spermatogenesis / vesicle / blood microparticle / transmembrane transporter binding / cell population proliferation / nuclear speck / protein phosphorylation / cadherin binding / protein domain specific binding / cell division / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. ...M-phase inducer phosphatase / M-phase inducer phosphatase / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain / 14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9SZ / BENZOIC ACID / M-phase inducer phosphatase 3 / 14-3-3 protein zeta/delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bier, D. / Ottmann, C.
資金援助 ドイツ, オランダ, 3件
組織認可番号国
German Research FoundationCollaborative Research Centre 1093 ドイツ
Netherlands Organisation for Scientific Research024.001.035 オランダ
Netherlands Organisation for Scientific Research016.150.366 オランダ
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: The Molecular Tweezer CLR01 Stabilizes a Disordered Protein-Protein Interface.
著者: Bier, D. / Mittal, S. / Bravo-Rodriguez, K. / Sowislok, A. / Guillory, X. / Briels, J. / Heid, C. / Bartel, M. / Wettig, B. / Brunsveld, L. / Sanchez-Garcia, E. / Schrader, T. / Ottmann, C.
履歴
登録2016年10月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: struct_conn
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.42024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein zeta/delta
B: 14-3-3 protein zeta/delta
C: M-phase inducer phosphatase 3
D: M-phase inducer phosphatase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,61410
ポリマ－57,4634
非ポリマー3,1516
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6220 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.170, 88.210, 112.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein zeta/delta / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 26316.764 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63104
#2: タンパク質・ペプチド M-phase inducer phosphatase 3 / Dual specificity phosphatase Cdc25C


分子量: 2414.639 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 207-226 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P30307, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 化合物
ChemComp-9SZ / (1R,5S,9S,16R,20R,24S,28S,35R)-3,22-Bis(dihydroxyphosphoryloxy)tridecacyclo[22.14.1.15,20.19,16.128,35.02,23.04,21.06,19.08,17.010,15.025,38.027,36.029,34]dotetraconta-2(23),3,6,8(17),10,12,14,18,21,25,27(36),29,31,33,37-pentadecaene


分子量: 726.646 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H32O8P2
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.38 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17 M Ammonium acetate;0.085 M tri-Sodium citrate pH 5.6; 25.5 %(w/v) PEG 4000; 15 %(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.998 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.7 Å / Num. obs: 30145 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.001 % / Biso Wilson estimate: 57.578 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.083 / Χ2: 0.95 / Net I/σ(I): 20.56 / Num. measured all: 391924 / Scaling rejects: 1143
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.612.7680.8073.6198826777477400.970.84199.6
2.6-313.6140.38.63104296768376610.9940.31299.7
3-413.130.07725.89109803840783630.9990.0899.5
4-612.5670.04746.0855396441444080.9990.04999.9
6-812.4970.03851.413859110911090.9990.039100
8-1010.9250.03555.5943814044010.9990.03699.3
10-1211.830.03358.71222418818810.034100
12-1412.3160.03660.391170959510.038100
14-2011.8230.03859.3413361131130.9990.039100
20-409.8230.0451.7560962620.9990.043100
40-49.74.80.05240.13241250.9990.0641.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49.7 Å
Translation2.5 Å49.7 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NKX

3nkx


解像度: 2.35→49.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.2711 / WRfactor Rwork: 0.2157 / FOM work R set: 0.6654 / SU B: 12.933 / SU ML: 0.273 / SU R Cruickshank DPI: 0.3191 / SU Rfree: 0.2528 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.319 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2751 1505 5 %RANDOM
Rwork0.2223 ---
obs0.225 28587 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.41 Å2 / Biso mean: 62.534 Å2 / Biso min: 32.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.19 Å2-0 Å20 Å2
2--10.17 Å20 Å2
3----3.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→49.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 226 162 4208
Biso mean--91.79 59.97 -
残基数----492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.024156
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.9995696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2293.018498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9165488
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00424.78182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.30315693
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.691527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2627
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024550
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0140.02821
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.397 108 -
Rwork0.373 2065 -
all-2173 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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