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万見
- PDB-4g4j: Crystal structure of glucuronoyl esterase S213A mutant from Sporo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4g4j
タイトルCrystal structure of glucuronoyl esterase S213A mutant from Sporotrichum thermophile in complex with methyl 4-O-methyl-beta-D-glucopyranuronate determined at 2.35 A resolution
要素4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
キーワードHYDROLASE / Alpha/Beta Hydrolase / 3-layer alpha/beta/alpha sandwich / Rossmann Fold / Carbohydrate Binding / Glucuronoyl esterase
機能・相同性
機能・相同性情報


(4-O-methyl)-D-glucuronate-lignin esterase / lignin catabolic process / carboxylic ester hydrolase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glucuronyl esterase, fungi / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl 4-O-methyl-beta-D-glucopyranuronate / 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Myceliophthora thermophila (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Charavgi, M.D. / Dimarogona, M. / Topakas, E. / Christakopoulos, P. / Chrysina, E.D.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: The structure of a novel glucuronoyl esterase from Myceliophthora thermophila gives new insights into its role as a potential biocatalyst.
著者: Charavgi, M.D. / Dimarogona, M. / Topakas, E. / Christakopoulos, P. / Chrysina, E.D.
履歴
登録2012年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年1月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,69424
ポリマ－46,0461
非ポリマー1,64823
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.096, 69.766, 103.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase


分子量: 46046.168 Da / 分子数: 1 / 変異: S213A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Myceliophthora thermophila (菌類) / 株: ATCC 42464 / 遺伝子: MYCTH_55568 / プラスミド: pPICZalphaC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X-33
参照: UniProt: G2QJR6, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素
#2: 糖 ChemComp-MCU / methyl 4-O-methyl-beta-D-glucopyranuronate / methyl (2S,3S,4R,5R,6R)-3-methoxy-4,5,6-tris(oxidanyl)oxane-2-carboxylate


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 222.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H14O7
識別子タイププログラム
b-D-GlcpA4OMe6OMeIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEGMENT CORRESPONDS TO A C-MYC EPITOPE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 25% PEG 550 MME, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OTHER / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日 / 詳細: Mutlti-layer Xray optic
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→13.48 Å / Num. all: 15099 / Num. obs: 15099 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 7.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 2119 / % possible all: 90.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4G4I

4g4i


解像度: 2.35→13.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / SU B: 8.156 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.549 / ESU R Free: 0.278 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24471 760 5 %RANDOM
Rwork0.18572 ---
all0.18883 14330 --
obs0.18883 14330 92.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.216 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.261 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→13.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 107 212 3055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0061.9553893
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0895368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.7224.628121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86315410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5991514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212196
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.409 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 48 -
Rwork0.23 902 -
obs--89.2 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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