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万見
- PDB-4fsf: Crystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 complexed with c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4fsf
タイトルCrystal structure of Pseudomonas aeruginosa PBP3 complexed with compound 14
要素Penicillin-binding protein 3
キーワードPENICILLIN-BINDING PROTEIN/ANTIBIOTIC / penicillin binding protein / PENICILLIN-BINDING PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane => GO:0005886 / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape ...plasma membrane => GO:0005886 / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-Lactamase - #330 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-Lactamase / Beta-lactamase ...Beta-Lactamase - #330 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Penicillin-binding protein, dimerisation domain / Penicillin-binding Protein dimerisation domain / Penicillin-binding protein, dimerisation domain superfamily / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-Lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0W0 / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI / Peptidoglycan D,D-transpeptidase FtsI
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Han, S.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Novel monobactams utilizing a siderophore uptake mechanism for the treatment of gram-negative infections.
著者: Mitton-Fry, M.J. / Arcari, J.T. / Brown, M.F. / Casavant, J.M. / Finegan, S.M. / Flanagan, M.E. / Gao, H. / George, D.M. / Gerstenberger, B.S. / Han, S. / Hardink, J.R. / Harris, T.M. / ...著者: Mitton-Fry, M.J. / Arcari, J.T. / Brown, M.F. / Casavant, J.M. / Finegan, S.M. / Flanagan, M.E. / Gao, H. / George, D.M. / Gerstenberger, B.S. / Han, S. / Hardink, J.R. / Harris, T.M. / Hoang, T. / Huband, M.D. / Irvine, R. / Lall, M.S. / Megan Lemmon, M. / Li, C. / Lin, J. / McCurdy, S.P. / Mueller, J.P. / Mullins, L. / Niosi, M. / Noe, M.C. / Pattavina, D. / Penzien, J. / Plummer, M.S. / Risley, H. / Schuff, B.P. / Shanmugasundaram, V. / Starr, J.T. / Sun, J. / Winton, J. / Young, J.A.
履歴
登録2012年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8142
ポリマ－58,1411
非ポリマー6731
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.640, 82.723, 88.747
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 3


分子量: 58141.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 50-579 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: ftsI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02H22, UniProt: Q51504*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-0W0 / (4R,5S,8Z)-8-(2-amino-1,3-thiazol-4-yl)-1-[3-(1,5-dihydroxy-4-oxo-1,4-dihydropyridin-2-yl)-1,2-oxazol-5-yl]-5-formyl-11,11-dimethyl-1,7-dioxo-4-(sulfoamino)-10-oxa-2,6,9-triazadodec-8-en-12-oic acid


分子量: 672.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24N8O13S2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG4000, 0.2M MgCl2 0.1M Tris pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年9月1日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 25112 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 39.98 Å2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / % possible all: 85.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.11.2精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→25.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9384 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8976 / SU R Cruickshank DPI: 0.328 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2754 1286 5.15 %RANDOM
Rwork0.2165 ---
all0.2195 25915 --
obs0.2195 24975 96.38 %-
原子変位パラメータBiso mean: 49.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9256 Å20 Å20 Å2
2--1.8752 Å20 Å2
3----0.9496 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.392 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→25.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 45 189 4056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013945HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.25357HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1355SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes590HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3945HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.83
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion507SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4715SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.29 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.5154 127 4.99 %
Rwork0.3703 2420 -
all0.3771 2547 -
obs--96.38 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.4564 Å / Origin y: -19.9527 Å / Origin z: -1.4919 Å
111213212223313233
T-0.0617 Å20.0112 Å2-0.0093 Å2-0.0313 Å20.0153 Å2---0.0889 Å2
L0.2532 °20.0177 °20.0308 °2-0.439 °20.3535 °2--1.5779 °2
S-0.0101 Å °0.1168 Å °0.0742 Å °-0.0684 Å °-0.0015 Å °0.0311 Å °-0.0748 Å °0.1325 Å °0.0116 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|53 - A|563 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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