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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4f2d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Escherichia coli L-arabinose Isomerase (ECAI) complexed with Ribitol | ||||||
要素 | L-arabinose isomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Structural Genomics / PSI-1 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Sugar Binding | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 L-arabinose isomerase / L-arabinose isomerase activity / L-arabinose catabolic process to xylulose 5-phosphate / arabinose catabolic process / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Manjasetty, B.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Chance, M.R. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal Structure of Escherichia coli L-arabinose Isomerase (ECAI) complexed with Ribitol 著者: Manjasetty, B.A. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Chance, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4f2d.cif.gz | 577.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4f2d.ent.gz | 477.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4f2d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4f2d_validation.pdf.gz | 450.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4f2d_full_validation.pdf.gz | 474.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4f2d_validation.xml.gz | 32.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4f2d_validation.cif.gz | 49.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f2/4f2d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ajtS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The biological assembly is a hexamer generated from the trimer in the asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56966.992 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: araA, b0062, JW0061, UTI89_C0067 / プラスミド: PET T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08202, L-arabinose isomerase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ACY / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG 3350, TRISODIUM CITRATE DIHYDRATE, Ribitol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 85584 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52 Å2 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 22.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2AJT 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 21.053 / SU ML: 0.218 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.847 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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