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- PDB-4e1b: Re-refinement of PDB entry 2EQA - SUA5 protein from Sulfolobus to... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4e1b
タイトルRe-refinement of PDB entry 2EQA - SUA5 protein from Sulfolobus tokodaii with bound threonylcarbamoyladenylate
要素YrdC/Sua5 family protein
キーワードRNA BINDING PROTEIN / YRDC/RIBB fold / YRDC domain / SUA5 domain / tRNA modification T6A
機能・相同性
機能・相同性情報


L-threonylcarbamoyladenylate synthase / L-threonylcarbamoyladenylate synthase / tRNA processing / regulation of translational fidelity / double-stranded RNA binding / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein SUA5 / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase / DHBP synthase ...Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein SUA5 / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain superfamily / Threonylcarbamoyl-AMP synthase, C-terminal domain / Threonylcarbamoyl-AMP synthase-like domain / Telomere recombination / YrdC-like domain profile. / DHBP synthase / DHBP synthase / DHBP synthase RibB-like alpha/beta domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
threonylcarbamoyladenylate / Threonylcarbamoyl-AMP synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Parthier, C. / Goerlich, S. / Jaenecke, F. / Breithaupt, C. / Braeuer, U. / Fandrich, U. / Clausnitzer, D. / Wehmeier, U.F. / Boettcher, C. / Scheel, D. / Stubbs, M.T.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: X-ray crystal structure of a hypothetical Sua5 protein from Sulfolobus tokodaii strain 7.
著者: Agari, Y. / Sato, S. / Wakamatsu, T. / Bessho, Y. / Ebihara, A. / Yokoyama, S. / Kuramitsu, S. / Shinkai, A.
履歴
登録2012年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月2日Group: Database references
Remark 0THIS ENTRY 4E1B REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA OF R2EQASF ...THIS ENTRY 4E1B REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA OF R2EQASF DETERMINED BY THE AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2EQA: Y.AGARI,A.SHINKAI,S.YOKOYAMA,S.KURAMITSU,RIKEN STRUCTURAL GENOMICS/PROTEOMICS INITIATIVE (RSGI)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YrdC/Sua5 family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5993
ポリマ－39,0831
非ポリマー5172
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.391, 120.843, 67.552
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

#1: タンパク質 YrdC/Sua5 family protein / protein ST1546


分子量: 39082.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7 / 遺伝子: STK_15260, SUA5 / プラスミド: pET-21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIL-X / 参照: UniProt: Q970S6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TXA / threonylcarbamoyladenylate


分子量: 492.335 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N6O11P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.83 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 2EQA.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BSSデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→34.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.24 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21698 3249 10 %RANDOM
Rwork0.18297 ---
all0.18634 29361 --
obs0.18634 29361 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→34.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2564 0 34 178 2776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0270.0222647
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2772.0013601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6135327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.08224.579107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.43515462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9521515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1580.2429
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211935
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3021.51647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.21122683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.56331000
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6684.5915
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 249 -
Rwork0.204 2146 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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