[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-3vet: Crystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ in complex w... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3vet | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal structure of the O-carbamoyltransferase TobZ in complex with Tobramycin, carbamoyl phosphate and ADP | ||||||
![]() | O-carbamoyltransferase TobZ | ||||||
![]() | TRANSFERASE/ANTIBIOTIC / antibiotic biosynthesis / substrate assisted catalysis / substrate channeling / adenylation / structural enzymology / enzyme evolution / TRANSFERASE-ANTIBIOTIC complex | ||||||
Function / homology | ![]() nebramycin 5' synthase / tobramycin biosynthetic process / kanamycin biosynthetic process / carboxyl- or carbamoyltransferase activity / ligase activity / hydrolase activity / iron ion binding / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Parthier, C. / Stubbs, M.T. / Goerlich, S. / Jaenecke, F. | ||||||
![]() | ![]() Title: The O-Carbamoyltransferase TobZ Catalyzes an Ancient Enzymatic Reaction. Authors: Parthier, C. / Gorlich, S. / Jaenecke, F. / Breithaupt, C. / Brauer, U. / Fandrich, U. / Clausnitzer, D. / Wehmeier, U.F. / Bottcher, C. / Scheel, D. / Stubbs, M.T. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 242.8 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 191.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 1.3 MB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.8 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 36.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3venC ![]() 3veoSC ![]() 3verC ![]() 3vesC ![]() 3vewC ![]() 3vexC ![]() 3vezC ![]() 3vf2C ![]() 3vf4C ![]() 4e1bC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 63417.145 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: F35L Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: DSM40770T / Gene: tacA, tobZ / Plasmid: pUWL201PW / Production host: ![]() References: UniProt: Q70IY1, Transferases; Transferring one-carbon groups; Carboxy- and carbamoyltransferases |
---|
-Non-polymers , 8 types, 296 molecules ![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/CP.gif)
![](data/chem/img/TOY.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CP.gif)
![](data/chem/img/TOY.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-CP / | #4: Chemical | ChemComp-TOY / | #5: Chemical | ChemComp-MN / | #6: Chemical | ChemComp-K / | #7: Chemical | ChemComp-FE2 / | #8: Chemical | ChemComp-EDO / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.6 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 1.6 M sodium potassium tartrate, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 25, 2009 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→34.041 Å / Num. all: 42176 / Num. obs: 42176 / % possible obs: 99.961 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 37.968 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22.23 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3VEO Resolution: 2.2→34.041 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.38 / SU ML: 0.27 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.56 / Phase error: 19.65 / Stereochemistry target values: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.48 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.23 Å2 / Biso mean: 35.7308 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→34.041 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28 / % reflection obs: 100 %
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|