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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4d3l | ||||||
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タイトル | SeMet structure of a novel carbohydrate binding module from glycoside hydrolase family 9 (Cel9A) from Ruminococcus flavefaciens FD-1 in the orthorhombic form | ||||||
![]() | CARBOHYDRATE BINDING MODULE | ||||||
![]() | SUGAR BINDING PROTEIN / CARBOHYDRATE BINDING MODULE / GLYCOSIDE HYDROLASE FAMILY 9 / CEL9A / CELLULOSOME / RUMINOCOCCUS FLAVEFACIENS FD-1 | ||||||
機能・相同性 | Domain of unknown function DUF5620 / Domain of unknown function (DUF5620) / (3S)-3-HYDROXYHEPTANEDIOIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Carbohydrate binding module![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Venditto, I. / Goyal, A. / Thompson, A. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Complexity of the Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome Reflects an Expansion in Glycan Recognition. 著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / ...著者: Venditto, I. / Luis, A.S. / Rydahl, M. / Schuckel, J. / Fernandes, V.O. / Vidal-Melgosa, S. / Bule, P. / Goyal, A. / Pires, V.M.R. / Dourado, C.G. / Ferreira, L.M.A. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Knox, J.P. / Basle, A. / Najmudin, S. / Gilbert, H.J. / Willats, W.G.T. / Fontes, C.M.G.A. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015 タイトル: Crystallization and Preliminary Crystallographic Studies of a Novel, Non-Catalytic Carbohydrate- Binding Module from Ruminococcus Flavefaciens Cellulosome. 著者: Venditto, I. / Goyal, A. / Thompson, A. / Ferreira, L.M.A. / Fontes, C.M.G.A. / Najmudin, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 144.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 15470.633 Da / 分子数: 3 / 断片: CARBOHYDRATE BINDING MODULE, RESIDUES 492-629 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SELENO-METHIONINE DERIVATIVE 由来: (組換発現) ![]() 株: FD-1 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 244分子 ![](data/chem/img/2PE.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HHD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/P6G.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HHD.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-2PE / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-P6G / | ||||||||
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / | ||||||||
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / | ||||||||
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-CA / | #8: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #9: 化合物 | ChemComp-HHD / ( | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
非ポリマーの詳細 | NONAETHYLENE GLYCOL (2PE): ARTEFACT FROM EXPRESSION, PURIFICATION OR CRYSTALLISATION. BASED PURELY ...NONAETHYLE |
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配列の詳細 | SELENOMETH |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % / 解説: PHASER SAD AND PARROT WERE ALSO USED. |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.2 M SODIUM CITRATE, 2 M AMMONIUM SULPHATE. CRYOPROTECTANT USED PARATONE N, pH 7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97895 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→43.63 Å / Num. obs: 37050 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 5.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 69.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2→75.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 10.187 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED WITH EACH MONOMER DEFINED AS A SINLGE TLS GROUP. PDB_REDO WAS USED IN TH PENULTIMATE REFINEMET ROUND.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 35.825 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→75.02 Å
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拘束条件 |
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