PDB-4cph: trans-divalent streptavidin with love-hate ligand 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cph

タイトル

trans-divalent streptavidin with love-hate ligand 4

要素

(STREPTAVIDIN) x 2

キーワード

BIOTIN BINDING PROTEIN / AVIDIN / BIOTIN / STRAIN / BIOTINYLATED / STERIC CLASH / STRAINED / HINDERED / FORCE / LIGAND SERIES / AFFINITY

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Love-Hate Ligands for High Resolution Analysis of Strain in Ultra-Stable Protein/Small Molecule Interaction.
著者: Fairhead, M. / Shen, D. / Chan, L.K.M. / Lowe, E.D. / Donohoe, T.J. / Howarth, M.

履歴

登録	2014年2月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年8月27日	Group: Database references
改定 1.2	2014年10月1日	Group: Database references
改定 1.3	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.4	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cph.cif.gz	204.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cph.ent.gz	166.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cph.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/4cph ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cp/4cph	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4cpeC 4cpfC 4cpiC 3ry1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7efd-1 7efc-1 4cpi-2 1n9y-d 4y5d-d 5n99-2 6lng-1 5to2-d 6udb-d 4y59-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: STREPTAVIDIN

B: STREPTAVIDIN

C: STREPTAVIDIN

D: STREPTAVIDIN

ヘテロ分子

56.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.740, 47.490, 104.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.14, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	STREPTAVIDIN 分子量: 13250.320 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-163 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア) プラスミド: PET21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質	STREPTAVIDIN 分子量: 14056.019 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 37-163 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOMYCES AVIDINII (バクテリア) プラスミド: PET21 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIPL / 参照: UniProt: P22629
#3: 化合物	ChemComp-LH4 / 5-[(3aS,4S,6aR)-2-oxo-hexahydro-1H-thieno[3,4- d]imidazolidin-4-yl]-N'-{2,6-bis[4-(morpholine-4- sulfonyl)phenyl]phenyl}pentanehydrazide 分子量: 784.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₄N₆O₈S₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	5-[(3AS,4S,6AR)-2-OXO-HEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4- D]IMIDAZOLIDIN-4-YL]-N'-{2,6-BIS[4-(MORPHOLINE-4- ...5-[(3AS,4S,6AR)-2-OXO-HEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4- D]IMIDAZOLIDIN-4-YL]-N'-{2,6-BIS[4-(MORPHOLINE-4- SULFONYL)PHENYL]PHENYL}PENTANEHYDRAZIDE (LH4): LOVE-HATE LIGAND 4 LH4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 75% AMMONIUM SULPHATE, 25% SODIUM ACETATE PH4.5. SITTING DROP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.98
検出器	タイプ: DECTRIS PIXEL / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→41.9 Å / Num. obs: 52123 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 18.96 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.4
反射シェル	解像度: 1.64→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
xia2		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RY1

3ry1

解像度: 1.64→41.902 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.97 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	2661	5.1 %
R_work	0.2009	-	-
obs	0.2025	52101	96.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→41.902 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3563	0	106	254	3923

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3935
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.229	5428
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.913	1344
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	597
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	728

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.64-1.6698	0.283	136	0.2693	2522	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6698-1.7019	0.3116	149	0.2614	2585	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7019-1.7367	0.3056	124	0.2524	2500	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7367-1.7744	0.289	146	0.246	2613	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7744-1.8157	0.2736	145	0.2273	2553	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8157-1.8611	0.2304	134	0.2151	2536	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8611-1.9115	0.2599	146	0.2097	2600	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9115-1.9677	0.2421	160	0.2057	2576	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9677-2.0312	0.2294	129	0.1957	2560	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0312-2.1038	0.2286	133	0.1945	2590	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1038-2.188	0.2244	154	0.1876	2583	X-RAY DIFFRACTION	97
2.188-2.2876	0.2047	140	0.1845	2595	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2876-2.4082	0.2248	130	0.2002	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4082-2.5591	0.2238	140	0.2057	2642	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5591-2.7566	0.2328	147	0.2104	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7566-3.034	0.2508	139	0.2029	2677	X-RAY DIFFRACTION	98
3.034-3.4728	0.2208	141	0.192	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4728-4.3746	0.2276	130	0.178	2684	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3746-41.9152	0.2089	138	0.2029	2733	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.205	1.0919	-0.4454	2.8485	-0.3597	1.953	-0.1052	-0.2286	0.2111	0.0988	0.0134	-0.0452	-0.041	0.3486	0.0343	0.1642	0.049	-0.0392	0.2912	0.0154	0.2831	99.9664	-8.5235	148.1851
2	2.2014	-0.7556	-1.1926	2.7042	1.4171	2.5833	0.0366	-0.1256	0.0382	0.3066	0.0742	-0.4027	0.122	0.2779	-0.117	0.1812	0.0309	-0.0345	0.1947	0.0266	0.196	94.6847	-8.9284	147.1209
3	1.1188	-0.3922	-0.5056	1.9982	0.7571	2.2665	0.0511	-0.1352	0.151	0.1279	-0.0158	-0.1051	-0.0603	0.0086	-0.1044	0.1599	0.0051	0.0121	0.1726	-0.0003	0.167	90.9129	-0.1699	146.1294
4	2.2708	-0.0832	-0.2609	2.3769	-0.113	2.366	0.0989	0.0164	-0.0824	-0.0822	0.0051	-0.068	-0.0657	0.1958	0.0657	0.0825	0.0043	0.0006	0.1187	-0.003	0.1186	94.5913	-1.2194	137.6009
5	3.4067	-1.4784	-1.4032	3.528	0.0608	2.8906	0.0182	0.0072	0.0557	-0.1018	0.0591	0.4605	0.0107	-0.344	-0.1131	0.2513	-0.0047	-0.0355	0.2872	0.0095	0.2257	79.8943	3.805	110.3063
6	3.757	-1.0784	-0.3401	5.5914	-1.0878	2.6634	0.2412	0.1256	0.3003	-0.0643	-0.3429	0.7182	-0.6267	-0.9568	-0.0033	0.1761	0.0694	-0.0317	0.29	-0.0429	0.2609	82.7653	10.4159	111.9697
7	1.8433	0.1466	-0.156	3.493	0.4826	2.1878	0.0205	0.1865	-0.0433	-0.5933	0.0285	0.3346	-0.0544	-0.1668	-0.0447	0.2228	0.0065	-0.0415	0.2131	0.0132	0.1862	85.8062	0.3397	109.9581
8	1.4116	0.3662	0.1868	2.1441	0.7433	1.6192	0.0571	0.029	0.1076	-0.1356	-0.0442	0.222	-0.3066	-0.1112	-0.014	0.2067	0.0148	-0.0104	0.1481	0.0114	0.1438	88.0316	7.7207	116.8191
9	3.0563	0.0299	0.8667	3.3688	0.9054	3.6494	0.0605	0.1673	-0.0523	-0.0467	-0.0665	0.5288	0.1542	-0.4593	0.0191	0.168	-0.0165	0.0095	0.22	0.0087	0.2053	81.4873	-0.761	119.2154
10	1.2231	0.8826	0.2216	2.0595	0.1987	2.444	0.0664	-0.2199	0.22	0.1323	-0.0758	0.1057	-0.1768	-0.2094	0.0209	0.1685	0.0198	0.0217	0.1576	0.0042	0.1865	87.1927	5.8861	126.0586
11	1.6649	-1.0624	0.0944	3.3882	-0.9704	1.9413	0.0243	0.2328	-0.1473	0.014	-0.0368	-0.1747	-0.1034	0.3085	0.017	0.207	-0.0466	-0.0282	0.3117	-0.0013	0.3251	106.4983	2.5856	114.7331
12	1.2779	0.4211	0.7486	3.6438	1.704	4.1297	0.0534	0.0211	0.035	-0.2232	0.1327	-0.4512	-0.0435	0.3864	-0.1389	0.1921	-0.0207	0.0267	0.2034	0.0069	0.1932	101.2849	3.0495	113.9876
13	1.3667	-0.0835	-0.2284	2.4435	1.5025	2.4785	0.0497	0.083	-0.1362	-0.1638	-0.0117	-0.099	0.0881	0.0968	-0.0794	0.2213	-0.0096	0.0036	0.1791	0.0076	0.148	97.3284	-5.2551	113.7988
14	4.4523	1.8584	0.1086	4.595	0.1571	2.3772	0.1747	-0.2278	0.0759	0.1524	-0.1505	0.0409	0.0981	-0.0192	-0.0118	0.1554	0.0186	-0.0132	0.1263	0.0109	0.0896	93.6798	-5.3572	122.5248
15	1.9174	1.3736	-0.5434	1.4068	-0.2081	1.7988	0.0265	0.0558	-0.2223	-0.0195	0.0578	-0.3971	0.1002	0.4094	0.0021	0.1253	0.0115	-0.0246	0.2667	-0.0065	0.2405	104.1809	-3.1518	123.537
16	2.2431	0.7717	0.8579	2.4328	0.3415	3.8447	0.0158	0.2177	-0.1096	-0.165	0.0175	0.2591	0.1724	-0.2779	-0.0199	0.2064	0.0075	0.0119	0.2983	-0.0061	0.2704	73.5687	-9.8501	142.2596
17	2.1079	-0.69	0.0375	3.5759	-0.1362	2.4855	0.0527	0.0231	-0.0688	-0.0522	0.0173	0.4186	0.0471	-0.272	-0.0079	0.106	-0.0138	0.0053	0.1976	0.0107	0.1857	79.1222	-9.0046	143.7475
18	2.3695	-0.2305	-0.2143	2.1057	0.1925	1.8992	0.0365	0.0772	-0.1369	-0.0101	-0.166	0.1091	0.3027	-0.1522	0.1007	0.1345	-0.0078	0.0048	0.128	0.0026	0.1316	83.9443	-15.3178	138.6159
19	2.7399	0.1956	-0.2877	1.7319	0.1302	2.1565	0.2122	-0.1085	0.2237	-0.119	-0.1003	0.3225	-0.1779	-0.2947	-0.0766	0.1499	0.0436	-0.008	0.2056	-0.0059	0.2337	78.5194	-4.8632	134.983
20	3.3705	-0.9057	-1.2714	1.8671	0.2188	2.3673	-0.0941	0.1806	-0.1282	-0.1298	0.0388	0.0323	0.2242	-0.0594	0.089	0.1745	0.003	-0.0188	0.153	0.0018	0.1643	86.6039	-11.3561	130.8107

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 16 THROUGH 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 38 THROUGH 78 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 79 THROUGH 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESID 98 THROUGH 135 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 16 THROUGH 37 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 38 THROUGH 49 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESID 50 THROUGH 70 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESID 71 THROUGH 97 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESID 98 THROUGH 112 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESID 113 THROUGH 135 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN C AND (RESID 16 THROUGH 37 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN C AND (RESID 38 THROUGH 78 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN C AND (RESID 79 THROUGH 97 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN C AND (RESID 98 THROUGH 122 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN C AND (RESID 123 THROUGH 135 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN D AND (RESID 16 THROUGH 37 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN D AND (RESID 38 THROUGH 78 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN D AND (RESID 79 THROUGH 97 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	CHAIN D AND (RESID 98 THROUGH 112 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	CHAIN D AND (RESID 113 THROUGH 134 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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