PDB-4cjn: Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with quinazolinon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4cjn

タイトル

Crystal structure of PBP2a from MRSA in complex with quinazolinone ligand

要素

PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME

キーワード

HYDROLASE / IMMUNE SYSTEM / ALLOSTERIC SITE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / membrane => GO:0016020 / cell wall organization / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MU50 (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.947 Å

データ登録者

Bouley, R. / Otero, L.H. / Rojas-Altuve, A. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Discovery of Antibiotic (E)-3-(3-Carboxyphenyl)-2-(4-Cyanostyryl)Quinazolin-4(3H)-One.
著者: Bouley, R. / Kumarasiri, M. / Peng, Z. / Otero, L.H. / Song, W. / Suckow, M.A. / Schroeder, V.A. / Wolter, W.R. / Lastochkin, E. / Antunes, N.T. / Pi, H. / Vakulenko, S. / Hermoso, J.A. / ...

履歴

登録	2013年12月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年3月4日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4cjn.cif.gz	539.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4cjn.ent.gz	443.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4cjn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cjn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cj/4cjn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zg0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4cpk-d 6q9n-d 4bl3-d 4dki-d 5m18-d 3zfz-d 4bl2-d 1mws-d 3zg5-d 5m19-d 1mwt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME

B: PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME

ヘテロ分子

148 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.050, 103.773, 186.428
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

PENICILLIN BINDING PROTEIN 2 PRIME / PENICILLIN-BINDING PROTEIN 2A

分子量: 73286.656 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 27-668 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

STAPHYLOCOCCUS AUREUS SUBSP. AUREUS MU50 (黄色ブドウ球菌)
発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR
参照: UniProt: Q54113, UniProt: A0A0J9X1X5*PLUS, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase

#4: 糖

ChemComp-MUR / beta-muramic acid / muramic acid

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 251.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₇NO₇

-
非ポリマー , 4種, 304分子

#2: 化合物	ChemComp-CD / CADMIUM ION 分子量: 112.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-QNZ / (E)-3-(2-(4-cyanostyryl)-4-oxoquinazolin-3(4H)-yl)benzoic acid 分子量: 393.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₁₅N₃O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.01 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: PH 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→63.96 Å / Num. obs: 115623 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 25.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 18.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZG0

3zg0

解像度: 1.947→63.876 Å / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	5767	5 %
R_work	0.1985	-	-
obs	0.2009	115133	99.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.947→63.876 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10302	0	72	295	10669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	10541
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	14180
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.825	4075
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1534
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1860

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9465-1.9686	0.4318	158	0.3637	3417	X-RAY DIFFRACTION	93
1.9686-1.9918	0.4049	184	0.34	3601	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9918-2.0161	0.3615	230	0.3076	3542	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0161-2.0416	0.3637	178	0.2908	3607	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0416-2.0685	0.312	185	0.2756	3602	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0685-2.0968	0.3487	200	0.2747	3601	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0968-2.1268	0.3337	197	0.2658	3624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1268-2.1585	0.3349	184	0.2505	3601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1585-2.1923	0.2724	183	0.2404	3628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1923-2.2282	0.2781	197	0.2238	3575	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2282-2.2666	0.306	207	0.2201	3621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2666-2.3078	0.309	213	0.2273	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3078-2.3522	0.3419	205	0.2309	3591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3522-2.4002	0.273	165	0.2307	3643	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4002-2.4524	0.2872	213	0.2238	3615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4524-2.5095	0.3023	185	0.2175	3627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5095-2.5722	0.259	181	0.2141	3646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5722-2.6418	0.2639	181	0.2141	3658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6418-2.7195	0.2657	172	0.2148	3656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7195-2.8073	0.2864	197	0.2387	3669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8073-2.9076	0.3016	173	0.2444	3678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9076-3.0241	0.2815	191	0.2451	3636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0241-3.1617	0.2871	201	0.241	3687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1617-3.3284	0.2887	181	0.2348	3688	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3284-3.5369	0.2678	199	0.2081	3682	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5369-3.8099	0.2137	196	0.1809	3696	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8099-4.1933	0.1996	181	0.1547	3728	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1933-4.7999	0.178	202	0.1343	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7999-6.0466	0.2087	210	0.1579	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0466-63.9105	0.2014	218	0.1702	3936	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1456	0.3049	0.2348	1.9086	-0.4172	1.3876	0.0742	0.4161	-0.0931	-0.3506	0.0527	0.0819	0.2612	0.3961	0	0.6805	-0.1153	-0.1106	0.6989	-0.032	0.5569	5.8951	-26.3402	-92.0358
2	0.7501	0.0614	-0.1826	0.2681	-0.1437	2.5719	-0.1235	-0.035	-0.1046	-0.0352	0.0005	-0.0524	0.8764	0.4785	-0.0599	0.5834	0.1618	0.016	0.2958	0.0265	0.4283	23.024	-23.1578	-33.7329
3	0.3406	-0.0619	0.0095	1.709	-0.2198	3.3212	-0.0702	-0.3594	0.1694	0.1846	-0.0377	-0.082	0.1437	0.0253	-0.0243	0.4114	0.0608	0.0075	0.3976	0.0359	0.4094	16.519	-16.4345	-14.877
4	1.5998	0.607	0.5012	0.7329	0.2587	2.7395	0.0284	0.1877	-0.0171	-0.2428	0.0704	-0.0214	-0.5414	0.8359	0.0073	0.5504	-0.1291	0.0731	0.5426	-0.007	0.4552	31.0363	-0.2304	-84.0527
5	0.5761	-0.2001	-0.7111	0.0573	0.2472	0.8678	0.1291	0.3899	-0.1376	-0.2072	-0.009	-0.0109	0.0149	-0.7517	0.0012	0.5714	0.0098	-0.0642	0.8685	-0.017	0.519	-11.2348	-12.8489	-70.2478
6	2.37	-0.3919	-2.0532	0.3865	0.5855	2.2515	0.1677	-0.0821	0.1376	-0.0122	-0.0375	0.0512	-0.2674	-0.2135	0.0045	0.4148	0.0465	-0.0106	0.5535	0.0701	0.4727	-17.0976	-1.2009	-36.4582
7	0.9495	-0.247	-0.8328	0.2143	-0.0144	1.0606	-0.2677	-0.509	-0.4536	0.199	-0.0689	0.3626	0.4826	-0.3271	-0.0948	0.6018	-0.0284	0.0783	0.8945	0.1654	0.766	-24.9293	-13.8577	-26.6309

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 27 THROUGH 147 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 148 THROUGH 539 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 540 THROUGH 668 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 27 THROUGH 147 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 148 THROUGH 242 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 243 THROUGH 564 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 565 THROUGH 668 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 304分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

-非ポリマー , 4種, 304分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

-
非ポリマー , 4種, 304分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)