+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4c8r | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human gamma-butyrobetaine dioxygenase (BBOX1) in complex with Ni(II) and N-(3-hydroxypicolinoyl)-S-(pyridin-2-ylmethyl)-L-cysteine (AR692B) | ||||||
要素 | GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE 1 / DSBH / FACIAL TRIAD / GAMMA-BUTYROBETAINE / HYDROXYLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 gamma-butyrobetaine dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / iron ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å | ||||||
データ登録者 | Chowdhury, R. / Rydzik, A.M. / Kochan, G.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chem Sci / 年: 2014 タイトル: Modulating carnitine levels by targeting its biosynthesis pathway - selective inhibition of gamma-butyrobetaine hydroxylase. 著者: Rydzik, A.M. / Chowdhury, R. / Kochan, G.T. / Williams, S.T. / McDonough, M.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4c8r.cif.gz | 476.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4c8r.ent.gz | 390.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4c8r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4c8r_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4c8r_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4c8r_validation.xml.gz | 93.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4c8r_validation.cif.gz | 122.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c8r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/4c8r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3o2gS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
3 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 44861.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFBOH-LIC-BSE / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10BAC / 参照: UniProt: O75936, gamma-butyrobetaine dioxygenase |
---|
-非ポリマー , 5種, 500分子
#2: 化合物 | ChemComp-NI / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-6YT / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M AMMONIUM CITRATE, 10MM NISO4, 2% 1,6-DIAMINOHEXANE, 19% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.82→48.42 Å / Num. obs: 71043 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.01 |
反射 シェル | 解像度: 2.82→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3O2G 解像度: 2.82→48.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 66066.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1039 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 63.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.42 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.82→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 12
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|