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- PDB-4c8r: Human gamma-butyrobetaine dioxygenase (BBOX1) in complex with Ni(... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4c8r
タイトルHuman gamma-butyrobetaine dioxygenase (BBOX1) in complex with Ni(II) and N-(3-hydroxypicolinoyl)-S-(pyridin-2-ylmethyl)-L-cysteine (AR692B)
要素GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NON-HEME / IRON / 2-OXOGLUTARATE / DIOXYGENASE 1 / DSBH / FACIAL TRIAD / GAMMA-BUTYROBETAINE / HYDROXYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-butyrobetaine dioxygenase / gamma-butyrobetaine dioxygenase activity / Carnitine synthesis / carnitine biosynthetic process / iron ion binding / mitochondrion / zinc ion binding / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NE0471 N-terminal domain-like - #30 / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / NE0471 N-terminal domain-like / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family ...NE0471 N-terminal domain-like - #30 / Gamma-butyrobetaine hydroxylase / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / GBBH-like, N-terminal domain superfamily / Gamma-butyrobetaine hydroxylase-like, N-terminal / NE0471 N-terminal domain-like / Clavaminate synthase-like / Double-stranded beta-helix / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6YT / NICKEL (II) ION / Gamma-butyrobetaine dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.82 Å
データ登録者Chowdhury, R. / Rydzik, A.M. / Kochan, G.T. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Chem Sci / : 2014
タイトル: Modulating carnitine levels by targeting its biosynthesis pathway - selective inhibition of gamma-butyrobetaine hydroxylase.
著者: Rydzik, A.M. / Chowdhury, R. / Kochan, G.T. / Williams, S.T. / McDonough, M.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年1月30日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.32019年2月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
B: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
C: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
D: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
E: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
F: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)272,78538
ポリマ-269,1726
非ポリマー3,61432
8,431468
1
A: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
B: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,94913
ポリマ-89,7242
非ポリマー1,22511
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8620 Å2
ΔGint-45.6 kcal/mol
Surface area33190 Å2
手法PISA
2
C: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
D: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,88712
ポリマ-89,7242
非ポリマー1,16310
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8250 Å2
ΔGint-25.5 kcal/mol
Surface area33660 Å2
手法PISA
3
E: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
F: GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,94913
ポリマ-89,7242
非ポリマー1,22511
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-22.7 kcal/mol
Surface area32880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.744, 91.659, 167.132
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
GAMMA-BUTYROBETAINE DIOXYGENASE / GAMMA-BUTYROBETAINE HYDROXYLASE / GAMMA-BBH / GAMMA-BUTYROBETAINE\2-OXOGLUTARATE DIOXYGENASE


分子量: 44861.945 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFBOH-LIC-BSE / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): DH10BAC / 参照: UniProt: O75936, gamma-butyrobetaine dioxygenase

-
非ポリマー , 5種, 500分子

#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Ni
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#4: 化合物
ChemComp-6YT / N-(3-hydroxypicolinoyl)-S-(pyridin-2-ylmethyl)-L-cysteine


分子量: 333.362 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C15H15N3O4S
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / : C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M AMMONIUM CITRATE, 10MM NISO4, 2% 1,6-DIAMINOHEXANE, 19% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.82→48.42 Å / Num. obs: 71043 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 58.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 4.01
反射 シェル解像度: 2.82→2.9 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 1.91 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3O2G
解像度: 2.82→48.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 66066.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 3580 5 %RANDOM
Rwork0.215 ---
obs0.215 71043 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1039 Å2 / ksol: 0.32 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å20 Å2
2---9.93 Å20 Å2
3---10.32 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.54 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.82→48.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18678 0 206 468 19352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.82→2.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.018 / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.362 342 4.8 %
Rwork0.313 7115 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4692.PAR692.TOP
X-RAY DIFFRACTION5EDO.PAREDO.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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