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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4bvo | ||||||
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タイトル | Legionella pneumophila NTPDase1 crystal form VI (part-open) in complex with polytungstate POM-1 | ||||||
要素 | ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I | ||||||
キーワード | HYDROLASE / APYRASE / ATPASE / PURINERGIC SIGNALLING / TWINNING / METAL CLUSTER / KEGGIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Zebisch, M. / Schaefer, P. / Straeter, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014 タイトル: Structures of Legionella Pneumophila Ntpdase1 in Complex with Polyoxometallates. 著者: Zebisch, M. / Krauss, M. / Schafer, P. / Strater, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4bvo.cif.gz | 166.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4bvo.ent.gz | 137.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4bvo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4bvo_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4bvo_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4bvo_validation.xml.gz | 17 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4bvo_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/4bvo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41537.230 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 37-393 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) LEGIONELLA PNEUMOPHILA (バクテリア) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUA2, apyrase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-TLA / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-E43 / | ||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 0.54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 100MM TRIS PH 7.3, 200MM K NA TARTRATE, 18% PEG3350, 10MM POM1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9181 |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9181 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→29.4 Å / Num. obs: 50327 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 14.5 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.1 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0049 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: OTHER 開始モデル: NONE 解像度: 1.7→124.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.195 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.086 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.184 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→124.44 Å
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拘束条件 |
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