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- PDB-4brr: Crystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4brr
タイトルCrystal structure of the integral membrane diacylglycerol kinase - delta 7.79
要素DIACYLGLYCEROL KINASE
キーワードTRANSFERASE / DGKA / IN MESO CRYSTALLIZATION / LOW TEMPERATURE CRYSTALLIZATION / MEMBRANE PROTEIN / LCP / LIPIDIC CUBIC PHASE / LIPID MESOPHASE
機能・相同性
機能・相同性情報


diacylglycerol kinase (ATP) / ATP-dependent diacylglycerol kinase activity / phosphatidic acid biosynthetic process / response to UV / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3610 / DAGK family / Diacylglycerol kinase, prokaryotic / Diacylglycerol kinase (DAGK) superfamily / Prokaryotic diacylglycerol kinase / Prokaryotic diacylglycerol kinase signature. / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-hexadec-7-enoate / ACETATE ION / CITRATE ANION / Diacylglycerol kinase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Li, D. / Howe, N. / Caffrey, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an Integral Membrane Enzyme Determined by X-Ray Free Electron Laser Femtocrystallography
著者: Li, D. / Howe, N. / Caffrey, M.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月16日Group: Database references
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DIACYLGLYCEROL KINASE
B: DIACYLGLYCEROL KINASE
C: DIACYLGLYCEROL KINASE
D: DIACYLGLYCEROL KINASE
E: DIACYLGLYCEROL KINASE
F: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,52612
ポリマ－85,2276
非ポリマー1,2996
水1086
1
A: DIACYLGLYCEROL KINASE
B: DIACYLGLYCEROL KINASE
C: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2705
ポリマ－42,6133
非ポリマー6572
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11170 Å2
ΔGint-69.1 kcal/mol
Surface area19570 Å2
手法PISA
2
D: DIACYLGLYCEROL KINASE
E: DIACYLGLYCEROL KINASE
F: DIACYLGLYCEROL KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2557
ポリマ－42,6133
非ポリマー6424
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11970 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area17210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.060, 91.500, 143.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
DIACYLGLYCEROL KINASE / DAGK / DIGLYCERIDE KINASE / DGK


分子量: 14204.451 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / プラスミド: PTRCHISB-DGKA-DELTA 7 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): WH1061 / 参照: UniProt: P0ABN1, diacylglycerol kinase (ATP)

-
非ポリマー , 5種, 12分子

#2: 化合物 ChemComp-79M / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (7Z)-hexadec-7-enoate / [(2R)-2,3-bis(oxidanyl)propyl] (Z)-hexadec-7-enoate


分子量: 328.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H36O4
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.47 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 4-6 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 60 MM MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 ...詳細: 4-6 %(V/V) 2-METHYL-2, 4-PENTANEDIOL (MPD), 0.1 M SODIUM CHLORIDE, 60 MM MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CITRATE/HCL PH 5.6. CRYSTALLIZED USING THE IN MESO (LIPIDIC CUBIC PHASE) METHOD AT 4 DEGREES CELCIUS WITH THE 7.9 MONOACYLGLYCEROL (7.9 MAG) AS THE HOSTING LIPID.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.03315
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03315 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→75.06 Å / Num. obs: 37160 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 51.52 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.44→2.5 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 1.03 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZE3

3ze3


解像度: 2.44→66.533 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.12 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THERE ARE THREE NCS-RELATED MOLECULES IN THE ASYMMETRIC UNIT BUT THE NCS RESTRAINTS WERE NOT USED IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1847 5 %
Rwork0.2178 --
obs0.2195 37090 98.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 73.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.44→66.533 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4470 0 87 6 4563
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074627
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6886307
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4281603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045798
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002751
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.44-2.5060.35861330.32572692X-RAY DIFFRACTION99
2.506-2.57970.34661210.28382704X-RAY DIFFRACTION99
2.5797-2.6630.28131570.2562671X-RAY DIFFRACTION99
2.663-2.75820.29661310.24422672X-RAY DIFFRACTION99
2.7582-2.86860.26141310.2282707X-RAY DIFFRACTION99
2.8686-2.99920.25961470.21632670X-RAY DIFFRACTION98
2.9992-3.15730.23531500.20762687X-RAY DIFFRACTION99
3.1573-3.35510.23581490.21422698X-RAY DIFFRACTION99
3.3551-3.61410.25321470.2062711X-RAY DIFFRACTION99
3.6141-3.97780.23031460.19712711X-RAY DIFFRACTION98
3.9778-4.55330.2221520.17412728X-RAY DIFFRACTION99
4.5533-5.73610.27881370.22422754X-RAY DIFFRACTION98
5.7361-66.55740.24231460.23212838X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.9694-5.6009-2.41014.90350.88124.9972-0.9183-0.79120.68140.89110.7454-0.3926-0.9082-0.48230.18170.6210.027-0.04350.7282-0.16610.3962-1.2586-11.539722.5959
24.7179-0.6920.34141.75921.74541.9708-0.1985-0.05840.05450.12680.026-0.19860.2974-0.23360.18730.2860.00630.01360.35610.00840.306-1.0176-21.35439.4533
37.92211.347-1.83146.9886-0.22350.43940.216-0.1245-0.0809-0.0318-0.1082-0.08350.2235-0.23470.14240.330.0587-0.03820.2504-0.10460.3812-6.2389-31.31029.7274
48.6312-1.79010.97899.05621.21117.3647-0.3585-1.16250.25711.09160.45460.6849-1.1619-0.64-0.16030.42770.13450.00480.54470.02530.6381-21.7865-7.46498.8024
53.85341.0415-0.05573.107-1.51885.90440.0019-0.13030.16590.44120.160.0568-0.8305-0.049-0.15850.34410.05660.01380.2212-0.02860.315-10.8741-14.406213.8918
67.61023.9816-2.74963.6614-4.04626.62090.42340.7768-1.2747-0.7271-0.7924-0.339-0.04930.08230.62460.83110.0785-0.19350.4939-0.18990.7983-19.5387-33.5442-4.427
73.5363-0.67931.4162.5949-0.29758.47350.1404-0.4389-0.09790.33120.07960.32080.3064-0.6576-0.17150.321-0.07490.00990.40340.05250.3159-20.0418-24.407110.5227
82.95960.83441.43485.3467-0.41163.721-0.08460.0846-0.13210.10090.0752-0.0306-0.14180.03530.02270.33820.06760.02330.40020.0390.3302-33.9663-3.9623-9.657
95.54810.3168-1.2225.2216-4.09168.6125-0.2560.1179-0.01630.0804-0.3489-0.4164-0.38020.93160.61320.31960.0048-0.09140.37710.00230.4905-24.20083.8292-9.9552
101.49760.58430.66280.91550.48040.5339-0.6892-0.94351.24810.42510.09450.60990.0802-0.34140.5150.56240.65890.30051.69390.37961.7086-50.384513.9220.8099
113.44981.33221.06092.9263-0.63171.79430.10620.11860.21170.01980.04830.1002-0.5201-1.2106-0.15480.3920.14930.01330.47840.06370.3774-42.37595.0068-12.5078
122.53443.0404-3.04563.6499-3.65543.6635-0.5137-0.9797-0.16890.379-0.5882-1.4067-1.44280.32890.90381.3318-0.134-0.13481.06640.01241.1224-22.559918.52450.9444
132.1316-0.8374-0.22042.9141-2.47997.92450.20530.0706-0.1483-0.02950.0893-0.0534-1.14320.6098-0.37310.421-0.03810.01960.369-0.02040.4442-30.514511.6421-17.5436
146.99031.33120.99195.00123.34053.7187-0.2001-0.69510.57780.2155-0.0262-0.0461-2.3101-1.02360.32830.85630.2025-0.06970.37550.01170.4824-36.66119.2626-5.9159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 8 THROUGH 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 28 THROUGH 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 83 THROUGH 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND (RESID 23 THROUGH 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN B AND (RESID 52 THROUGH 120 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND (RESID 33 THROUGH 51 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN C AND (RESID 52 THROUGH 121 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND (RESID 14 THROUGH 82 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN D AND (RESID 83 THROUGH 121 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN E AND (RESID 34 THROUGH 51 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN E AND (RESID 52 THROUGH 120 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN F AND (RESID 33 THROUGH 51 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN F AND (RESID 52 THROUGH 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN F AND (RESID 91 THROUGH 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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