PDB-4bbm: CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CDKL2 KINASE DOMAIN WITH BOUND TCS 2312

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bbm

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CDKL2 KINASE DOMAIN WITH BOUND TCS 2312

要素

CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

キーワード

TRANSFERASE / PHOSPHO-MIMETIC

機能・相同性

機能・相同性情報

sex differentiation / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / signal transduction / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Canning, P. / Elkins, J.M. / Cooper, C.D.O. / Mahajan, P. / Daga, N. / Berridge, G. / Burgess-Brown, N. / Muniz, J.R.C. / Krojer, T. / Arrowsmith, C.H. ...

引用

ジャーナル: Cell Rep / 年: 2018
タイトル: CDKL Family Kinases Have Evolved Distinct Structural Features and Ciliary Function.
著者: Canning, P. / Park, K. / Goncalves, J. / Li, C. / Howard, C.J. / Sharpe, T.D. / Holt, L.J. / Pelletier, L. / Bullock, A.N. / Leroux, M.R.

履歴

登録	2012年9月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2012年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月30日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bbm.cif.gz	253.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bbm.ent.gz	202.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4bbm_validation.pdf.gz	858.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4bbm_full_validation.pdf.gz	867.8 KB	表示
XML形式データ	4bbm_validation.xml.gz	25 KB	表示
CIF形式データ	4bbm_validation.cif.gz	35.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/4bbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bb/4bbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3zduC 4aaaSC 4aguC 4bgqC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mdo-d 3jzj-d 5mu8-12 3ceg-2 5mu8-13 5uyj-d 5cnn-1 6ai4-2 5hg8-d 5to0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#236 - 2019年8月サイクリンとサイクリン依存性キナーゼ (Cyclin and Cyclin-dependent Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

ヘテロ分子

77.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.583, 68.047, 82.343
Angle α, β, γ (deg.)	71.53, 89.92, 88.97
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: _ / Auth seq-ID: -3 - 308 / Label seq-ID: 20 - 331

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-1, 0.0014, 0.0052), (0.0021, -0.7901, 0.613), (0.0049, 0.613, 0.7901)
ベクター: -9.8912, -9.7194, -40.2295)

#1: タンパク質	CYCLIN-DEPENDENT KINASE-LIKE 2 / PROTEIN KINASE P56 KKIAMRE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE KKIAMRE 分子量: 38390.457 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN, RESIDUES 1-308 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 解説: SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9 発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q92772, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物	ChemComp-TC0 / 4'-[5-[[3-[(CYCLOPROPYLAMINO)METHYL]PHENYL]AMINO]-1H-PYRAZOL-3-YL]-[1,1'-BIPHENYL]-2,4-DIOL 分子量: 412.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₅H₂₄N₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	4'-[5-[[3-[(CYCLOPROPYLAMINO)METHYL] PHENYL]AMINO]-1H-PYRAZOL-3-YL]-[1,1'-BIPHENYL]-2,4- DIOL (TC0): ...4'-[5-[[3-[(CYCLOPROPYLAMINO)METHYL] PHENYL]AMINO]-1H-PYRAZOL-3-YL]-[1,1'-BIPHENYL]-2,4- DIOL (TC0): CHK1 INHIBITOR TC0 2312
配列の詳細	TWO PHOSPHO-MIMETIC ACTIVATING MUTATIONS INTRODUCED.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.85 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2M (NH4)2SO4, 0.1M CACODYLATE PH 6.5, 30% PEG 8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→39.39 Å / Num. obs: 42854 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2→2.06 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4AAA

4aaa

解像度: 2→39.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.917 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 9.301 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.051 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26896	2145	5 %	RANDOM
R_work	0.24253	-	-	-
obs	0.24386	40614	97.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å

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