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- PDB-4axa: Structure of PKA-PKB chimera complexed with (1S)-2-amino-1-(4- ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4axa
タイトルStructure of PKA-PKB chimera complexed with (1S)-2-amino-1-(4- chlorophenyl)-1-(4-(1H-pyrazol-4-yl)phenyl)ethan-1-ol
要素
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA
  • CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / negative regulation of cAMP/PKA signal transduction / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / MAPK6/MAPK4 signaling / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cAMP-dependent protein kinase activity / cAMP-dependent protein kinase complex / AMP-activated protein kinase activity / negative regulation of protein import into nucleus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Mitochondrial protein degradation / protein kinase A regulatory subunit binding / protein kinase A catalytic subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / protein kinase A signaling / acrosomal vesicle / neuromuscular junction / cellular response to heat / peptidyl-serine phosphorylation / protein kinase activity / protein domain specific binding / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase inhibitor / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-RKD / cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / cAMP-dependent protein kinase inhibitor alpha
類似検索 - 構成要素
生物種BOS TAURUS (ウシ)
HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Davies, T.G. / Yap, T.A. / Walton, M.I. / Grimshaw, K.M. / tePoele, R.H. / Eve, P.D. / Valenti, M.R. / deHavenBrandon, A.K. / Martins, V. / Zetterlund, A. ...Davies, T.G. / Yap, T.A. / Walton, M.I. / Grimshaw, K.M. / tePoele, R.H. / Eve, P.D. / Valenti, M.R. / deHavenBrandon, A.K. / Martins, V. / Zetterlund, A. / Heaton, S.P. / Heinzmann, K. / Jones, P.S. / Feltell, R.E. / Reule, M. / Woodhead, S.J. / Lyons, J.F. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Workman, P. / Thompson, N.T. / Garrett, M.D.
引用ジャーナル: Clin.Cancer Res. / 年: 2012
タイトル: At13148 is a Novel, Oral Multi-Agc Kinase Inhibitor with Potent Pharmacodynamic and Antitumor Activity.
著者: Yap, T.A. / Walton, M.I. / Grimshaw, K.M. / Te Poele, R.H. / Eve, P.D. / Valenti, M.R. / De Haven Brandon, A.K. / Martins, V. / Zetterlund, A. / Heaton, S.P. / Heinzmann, K. / Jones, P.S. / ...著者: Yap, T.A. / Walton, M.I. / Grimshaw, K.M. / Te Poele, R.H. / Eve, P.D. / Valenti, M.R. / De Haven Brandon, A.K. / Martins, V. / Zetterlund, A. / Heaton, S.P. / Heinzmann, K. / Jones, P.S. / Feltell, R.E. / Reule, M. / Woodhead, S.J. / Davies, T.G. / Lyons, J.F. / Raynaud, F.I. / Eccles, S.A. / Workman, P. / Thompson, N.T. / Garrett, M.D.
履歴
登録2012年6月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年2月6日Group: Atomic model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA
I: CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3723
ポリマ－43,0572
非ポリマー3151
水5,909328
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area16090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.914, 74.664, 80.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE CATALYTIC SUBUNIT ALPHA / PKA C-ALPHA


分子量: 40830.617 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) BOS TAURUS (ウシ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P00517, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR ALPHA / PKI-ALPHA / CAMP-DEPENDENT PROTEIN KINASE INHIBITOR / MUSCLE/BRAIN ISOFORM


分子量: 2226.411 Da / 分子数: 1 / Fragment: RESIDUES 6-25 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P61925
#3: 化合物 ChemComp-RKD / (2S)-2-(4-chlorophenyl)-2-hydroxy-2-[4-(1H-pyrazol-4-yl)phenyl]ethanaminium / (1S)-2-AMINO-1-(4-CHLOROPHENYL)-1-(4-(1H-PYRAZOL-4-YL)PHENYL)ETHAN-1-OL


分子量: 314.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H17ClN3O
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細4 RESIDUES OF THE WILD-TYPE PKA SEQUENCE HAVE BEEN MUTATED TO THE CORRESPONDING RESIDUES IN PKB

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→54.6 Å / Num. obs: 35112 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 79.9

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.7.0025 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→53.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 7.686 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.177 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25584 1720 5.1 %RANDOM
Rwork0.21406 ---
obs0.21628 31829 95.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.917 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.75 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----1.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→53.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 22 328 3291
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0223049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3511.9494116
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7532.9946679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6455357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.15823.75152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00915.082547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5871519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2427
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined00.023407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02747
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 115 -
Rwork0.353 1860 -
obs--77.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9877-0.1878-0.59731.89150.08542.8026-0.0156-0.02050.0759-0.07690.02360.2664-0.0869-0.3288-0.0080.01030.0196-0.02310.09050.0090.11254.434413.6716-6.3728
21.1012-0.24580.32291.5942-0.78472.8208-0.0071-0.025-0.0456-0.0716-0.01550.02840.3249-0.0980.02260.0508-0.02460.01640.0388-0.00890.039712.0171-3.478-0.3704
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2I5 - 24
3X-RAY DIFFRACTION2A126 - 350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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