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- PDB-4awj: pVHL:EloB:EloC complex, in complex with capped Hydroxyproline -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4awj
タイトルpVHL:EloB:EloC complex, in complex with capped Hydroxyproline
要素
  • (TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ...) x 2
  • VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
キーワードTRANSCRIPTION / E3 UBIQUITIN LIGASE / TUMOR SUPRESSOR
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex ...regulation of cellular response to hypoxia / RHOBTB3 ATPase cycle / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / target-directed miRNA degradation / transcription elongation factor activity / elongin complex / VCB complex / Replication of the SARS-CoV-1 genome / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / intracellular membraneless organelle / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / negative regulation of signal transduction / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / negative regulation of TORC1 signaling / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / negative regulation of autophagy / transcription corepressor binding / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of cell differentiation / transcription elongation by RNA polymerase II / Vif-mediated degradation of APOBEC3G / cell morphogenesis / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Evasion by RSV of host interferon responses / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / ubiquitin-protein transferase activity / transcription corepressor activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / Replication of the SARS-CoV-2 genome / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to hypoxia / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / amyloid fibril formation / molecular adaptor activity / protein stabilization / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain ...von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / Elongin C; Chain C, domain 1 / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta/alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain / VHL superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, alpha domain superfamily / von Hippel-Lindau disease tumour suppressor, beta domain superfamily / VHL beta domain / VHL box domain / Elongin B / Elongin-C / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ACETIC ACID / (4R)-1-acetyl-4-hydroxy-N-methyl-L-prolinamide / von Hippel-Lindau disease tumor suppressor / Elongin-C / Elongin-B
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Van Molle, I. / Thomann, A. / Buckley, D.L. / So, E.C. / Lang, S. / Crews, C.M. / Ciulli, A.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2012
タイトル: Dissecting Fragment-Based Lead Discovery at the Von Hippel-Lindau Protein:Hypoxia Inducible Factor 1Alpha Protein-Protein Interface.
著者: Van Molle, I. / Thomann, A. / Buckley, D.L. / So, E.C. / Lang, S. / Crews, C.M. / Ciulli, A.
履歴
登録2012年6月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,75324
ポリマ－167,50212
非ポリマー1,25112
水5,206289
1
A: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
B: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
C: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2397
ポリマ－41,8753
非ポリマー3634
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5270 Å2
ΔGint-38.7 kcal/mol
Surface area15490 Å2
手法PISA
2
D: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
E: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
F: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1816
ポリマ－41,8753
非ポリマー3053
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-32.2 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
3
G: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
H: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
I: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,1215
ポリマ－41,8753
非ポリマー2452
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-40.4 kcal/mol
Surface area16260 Å2
手法PISA
4
J: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2
K: TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1
L: VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2136
ポリマ－41,8753
非ポリマー3373
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5150 Å2
ΔGint-40.7 kcal/mol
Surface area16030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.400, 93.400, 362.040
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2025-

HOH

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要素

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TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE ... , 2種, 8分子 ADGJBEHK

#1: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 2 / ELONGIN 18 KDA SUBUNIT / ELONGIN-B / ELOB / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT B / SIII P18


分子量: 11956.372 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 1-104 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15370
#2: タンパク質
TRANSCRIPTION ELONGATION FACTOR B POLYPEPTIDE 1 / ELONGIN 15 KDA SUBUNIT / ELONGIN-C / ELOC / RNA POLYMERASE II TRANSCRIPTION FACTOR SIII SUBUNIT C / SIII P15


分子量: 10974.616 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 17-112 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: EXTRA M AT N-TERMINUS AS RESULT OF CLONING / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15369

-
タンパク質 , 1種, 4分子 CFIL

#3: タンパク質
VON HIPPEL-LINDAU DISEASE TUMOR SUPPRESSOR / PROTEIN G7 / PVHL


分子量: 18944.420 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 54-213 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40337

-
非ポリマー , 5種, 301分子

#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-V6F / (4R)-1-acetyl-4-hydroxy-N-methyl-L-prolinamide / (4R)-N-メチル-1-アセチル-4-ヒドロキシ-L-プロリンアミド


分子量: 186.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14N2O3
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

非ポリマーの詳細3-PYRIDIN-4-YL-2,4-DIHYDRO-INDENO[1,2-.C.]PYRAZOLE (V6F): CAPPED HYDROXYPROLINE
配列の詳細GSH REMAINING AFTER THROMBIN CLEAVAGE EXTRA M AT N-TERMINUS AS RESULT OF CLONING

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.31 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 0.1 M NA CACODYLATE PH 6.0, 0.2 M MG ACETATE, 15% PEG3350, 5 MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月28日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 56728 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 46.53 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17.34
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 11.7 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.7.3_928)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→29.536 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2636 2834 5 %
Rwork0.2202 --
obs0.2224 56672 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 19.169 Å2 / ksol: 0.311 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-13.6276 Å20 Å20 Å2
2--13.6276 Å20 Å2
3---4.2148 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.536 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10389 0 86 289 10764
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210721
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.63414573
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6043971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441666
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031888
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.54310.37181390.32182640X-RAY DIFFRACTION100
2.5431-2.58930.42161400.30962645X-RAY DIFFRACTION100
2.5893-2.63910.37921380.2972628X-RAY DIFFRACTION100
2.6391-2.69290.32811390.2812648X-RAY DIFFRACTION100
2.6929-2.75140.33331420.26022685X-RAY DIFFRACTION100
2.7514-2.81540.28251370.25252611X-RAY DIFFRACTION100
2.8154-2.88570.34191390.25162645X-RAY DIFFRACTION100
2.8857-2.96370.30661390.23712630X-RAY DIFFRACTION100
2.9637-3.05080.30821410.2432674X-RAY DIFFRACTION100
3.0508-3.14920.27731400.24362673X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.26160.26861410.23282670X-RAY DIFFRACTION100
3.2616-3.3920.32931400.23612659X-RAY DIFFRACTION100
3.392-3.54610.26531410.23032688X-RAY DIFFRACTION100
3.5461-3.73270.27481420.2242706X-RAY DIFFRACTION100
3.7327-3.96610.22631410.20842679X-RAY DIFFRACTION100
3.9661-4.27150.23231440.18472730X-RAY DIFFRACTION100
4.2715-4.69980.20161430.16252725X-RAY DIFFRACTION100
4.6998-5.37630.22191450.18482748X-RAY DIFFRACTION100
5.3763-6.76020.26461480.23762807X-RAY DIFFRACTION100
6.7602-29.53770.22051550.20542947X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 11.7793 Å / Origin y: 30.0951 Å / Origin z: 23.9475 Å
111213212223313233
T0.2767 Å2-0.0455 Å20.1282 Å2--0.2 Å20.1153 Å2--0.0383 Å2
L0.0427 °2-0.0096 °20.0549 °2-0.1008 °20.002 °2---0.0299 °2
S0.004 Å °-0.004 Å °-0.0083 Å °-0.0796 Å °-0.0517 Å °0.0263 Å °0.0128 Å °-0.036 Å °0.0051 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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