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- PDB-4aq3: HUMAN BCL-2 WITH PHENYLACYLSULFONAMIDE INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4aq3
タイトルHUMAN BCL-2 WITH PHENYLACYLSULFONAMIDE INHIBITOR
要素APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
キーワードAPOPTOSIS / CHIMERA
機能・相同性
機能・相同性情報


: / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / BCL-2 complex / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process ...: / negative regulation of retinal cell programmed cell death / pigment granule organization / BCL-2 complex / CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / BAD-BCL-2 complex / positive regulation of skeletal muscle fiber development / regulation of glycoprotein biosynthetic process / positive regulation of melanocyte differentiation / melanin metabolic process / positive regulation of neuron maturation / channel inhibitor activity / myeloid cell apoptotic process / osteoblast proliferation / cochlear nucleus development / mesenchymal cell development / retinal cell programmed cell death / negative regulation of osteoblast proliferation / stem cell development / apoptotic process in bone marrow cell / gland morphogenesis / dendritic cell apoptotic process / renal system process / regulation of cell-matrix adhesion / dendritic cell proliferation / The NLRP1 inflammasome / ear development / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of calcium ion transport into cytosol / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / T cell apoptotic process / lymphoid progenitor cell differentiation / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / melanocyte differentiation / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / regulation of nitrogen utilization / focal adhesion assembly / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of T cell apoptotic process / B cell apoptotic process / glomerulus development / metanephros development / neuron maturation / negative regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of viral genome replication / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in apoptosis / positive regulation of multicellular organism growth / negative regulation of execution phase of apoptosis / calcium ion transport into cytosol / oocyte development / fertilization / regulation of mitochondrial membrane permeability / epithelial cell apoptotic process / regulation of growth / negative regulation of ossification / response to UV-B / response to iron ion / Bcl-2 family protein complex / motor neuron apoptotic process / negative regulation of mitochondrial depolarization / axon regeneration / organ growth / smooth muscle cell migration / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / negative regulation of B cell apoptotic process / hair follicle morphogenesis / positive regulation of smooth muscle cell migration / branching involved in ureteric bud morphogenesis / response to cycloheximide / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / B cell lineage commitment / digestive tract morphogenesis / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cellular response to alkaloid / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / hepatocyte apoptotic process / pore complex / regulation of calcium ion transport / germ cell development / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / B cell homeostasis / T cell homeostasis / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / apoptotic mitochondrial changes / humoral immune response / B cell proliferation / negative regulation of anoikis / BH3 domain binding / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / negative regulation of apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site ...Apoptosis regulator, Bcl-2 / Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-398 / Apoptosis regulator Bcl-2 / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Bertrand, J.A. / Fasolini, M. / Modugno, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2012
タイトル: Identification of a Phenylacylsulfonamide Series of Dual Bcl-2/Bcl-Xl Antagonists.
著者: Perez, H.L. / Banfi, P. / Bertrand, J.A. / Cai, Z.W. / Grebinski, J.W. / Kim, K. / Lippy, J. / Modugno, M. / Naglich, J. / Schmidt, R.J. / Tebben, A. / Vianello, P. / Wei, D.D. / Zhang, L. / ...著者: Perez, H.L. / Banfi, P. / Bertrand, J.A. / Cai, Z.W. / Grebinski, J.W. / Kim, K. / Lippy, J. / Modugno, M. / Naglich, J. / Schmidt, R.J. / Tebben, A. / Vianello, P. / Wei, D.D. / Zhang, L. / Galvani, A. / Lombardo, L.J. / Borzilleri, R.M.
履歴
登録2012年4月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月21日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
C: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
D: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
E: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
F: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,25512
ポリマ－117,0586
非ポリマー5,1976
水00
1
A: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3762
ポリマ－19,5101
非ポリマー8661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3762
ポリマ－19,5101
非ポリマー8661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3762
ポリマ－19,5101
非ポリマー8661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3762
ポリマ－19,5101
非ポリマー8661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3762
ポリマ－19,5101
非ポリマー8661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3762
ポリマ－19,5101
非ポリマー8661
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.214, 115.214, 102.318
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPTRPTRPAA10 - 3013 - 33
21ASPASPTRPTRPBB10 - 3013 - 33
31ASPASPTRPTRPCC10 - 3013 - 33
41ASPASPTRPTRPDD10 - 3013 - 33
51ASPASPTRPTRPEE10 - 3013 - 33
61ASPASPTRPTRPFF10 - 3013 - 33
12VALVALPHEPHEAA52 - 15755 - 160
22VALVALPHEPHEBB52 - 15755 - 160
32VALVALPHEPHECC52 - 15755 - 160
42VALVALPHEPHEDD52 - 15755 - 160
52VALVALPHEPHEEE52 - 15755 - 160
62VALVALPHEPHEFF52 - 15755 - 160

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999896, -0.002574, -0.014206), (0.00489, -0.986189, -0.165554), (-0.013583, -0.165606, 0.986098)-56.68136, 24.74994, 36.2198
3given(-0.501065, 0.860651, -0.090629), (-0.833152, -0.508062, -0.218473), (-0.234074, -0.033961, 0.971625)-0.46102, -5.25083, -1.35637
4given(0.998112, -0.011743, 0.06029), (0.011612, 0.999929, 0.002517), (-0.060316, -0.001812, 0.998178)-0.82415, -1.77654, 33.11996
5given(-0.999594, -0.006045, 0.027859), (0.002596, -0.992501, -0.122213), (0.028389, -0.122091, 0.992113)-59.37437, 28.60782, 2.53127
6given(0.477377, -0.870284, 0.121313), (0.870083, 0.487455, 0.073092), (-0.122745, 0.07066, 0.98992)54.98487, 34.36977, -11.18358

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要素

#1: タンパク質
APOPTOSIS REGULATOR BCL-2, BCL-2-LIKE PROTEIN 1 / BCL2-L-1 / APOPTOSIS REGULATOR BCL-X


分子量: 19509.666 Da / 分子数: 6
断片: RESIDUES 1-33 AND 92-207 OF P10415 AND RESIDUES 29-44 OF Q07817
由来タイプ: 組換発現
詳細: APOPTOSIS REGULATOR BCL-2 WITH PUTATIVE FLEXIBLE LOOP REPLACED WITH A PORTION OF APOPTOSIS REGULATOR BCL-X PROTEIN
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P10415, UniProt: Q07817
#2: 化合物
ChemComp-398 / N,N-dibutyl-4-chloranyl-1-[2-(3,4-dihydro-1H-isoquinolin-2-ylcarbonyl)-4-[(7-iodanylnaphthalen-2-yl)sulfonylcarbamoyl]phenyl]-5-methyl-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 866.207 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H41ClIN5O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 58071 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: INTERNAL STRUCTURE

解像度: 2.4→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 12.963 / SU ML: 0.161 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24494 2926 5 %RANDOM
Rwork0.20072 ---
obs0.203 55094 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.235 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20.15 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6778 0 318 0 7096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0197311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8841.9619916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.875802
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.70522.581403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.747151108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3731572
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.025854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1059 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.320.5
2Bmedium positional0.270.5
3Cmedium positional0.350.5
4Dmedium positional0.320.5
5Emedium positional0.340.5
6Fmedium positional0.340.5
1Amedium thermal5.652
2Bmedium thermal4.562
3Cmedium thermal5.892
4Dmedium thermal5.632
5Emedium thermal6.72
6Fmedium thermal6.012
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 174 -
Rwork0.317 3637 -
obs--87.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2077-0.25390.55961.52790.17091.249-0.0469-0.00350.167-0.0266-0.04630.0156-0.09030.04460.09320.08790.01780.00180.0672-0.02280.0304-13.890214.216-10.2099
22.1553-0.5062-0.32551.36960.42851.4854-0.08570.0387-0.05720.1530.0795-0.00990.09780.02410.00620.09520.03920.02410.04970.03160.0425-42.21217.9809-44.6444
30.64810.0372-0.03883.12350.57441.55240.10680.0135-0.0601-0.0108-0.15550.10840.081-0.16440.04870.0892-0.01710.00520.0697-0.00710.0204-7.4064-21.1416-11.637
43.3229-1.57190.53861.5146-0.04272.2469-0.19760.31950.33110.0809-0.00810.0013-0.17980.15130.20570.0482-0.017-0.05650.06780.04050.1338-10.350216.4464-44.0337
54.7431-1.4547-0.65131.74090.58651.5761-0.27770.1166-0.3711-0.01970.14020.36790.09170.09480.13750.05030.00040.01820.04580.04260.0997-45.94315.6412-9.4843
61.5204-0.67440.52222.29720.18251.26140.10090.15690.1134-0.1511-0.1342-0.1282-0.02210.15210.03330.0554-0.0098-0.00190.05340.04710.0843-50.392450.2935-8.9127
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 166
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 166
4X-RAY DIFFRACTION4D-2 - 166
5X-RAY DIFFRACTION5E-2 - 166
6X-RAY DIFFRACTION6F-2 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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