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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-4867 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike | |||||||||
マップデータ | Sub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike with corrected hand | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / host cell Golgi membrane / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface / host cell endoplasmic reticulum membrane / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / virion membrane / signal transduction / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tula orthohantavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Huiskonen JT / Stass R / Li S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2020 タイトル: The Hantavirus Surface Glycoprotein Lattice and Its Fusion Control Mechanism. 著者: Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey ...著者: Alexandra Serris / Robert Stass / Eduardo A Bignon / Nicolás A Muena / Jean-Claude Manuguerra / Rohit K Jangra / Sai Li / Kartik Chandran / Nicole D Tischler / Juha T Huiskonen / Felix A Rey / Pablo Guardado-Calvo / 要旨: Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square ...Hantaviruses are rodent-borne viruses causing serious zoonotic outbreaks worldwide for which no treatment is available. Hantavirus particles are pleomorphic and display a characteristic square surface lattice. The envelope glycoproteins Gn and Gc form heterodimers that further assemble into tetrameric spikes, the lattice building blocks. The glycoproteins, which are the sole targets of neutralizing antibodies, drive virus entry via receptor-mediated endocytosis and endosomal membrane fusion. Here we describe the high-resolution X-ray structures of the heterodimer of Gc and the Gn head and of the homotetrameric Gn base. Docking them into an 11.4-Å-resolution cryoelectron tomography map of the hantavirus surface accounted for the complete extramembrane portion of the viral glycoprotein shell and allowed a detailed description of the surface organization of these pleomorphic virions. Our results, which further revealed a built-in mechanism controlling Gc membrane insertion for fusion, pave the way for immunogen design to protect against pathogenic hantaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_4867.map.gz | 14.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-4867-v30.xml emd-4867.xml | 7.8 KB 7.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_4867.png | 70.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-4867 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_4867_validation.pdf.gz | 237.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_4867_full_validation.pdf.gz | 236.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_4867_validation.xml.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-4867 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_4867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sub-tomogram averaging of Tula virus glycoprotein spike with corrected hand | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tula orthohantavirus
全体 | 名称: Tula orthohantavirus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Tula orthohantavirus
超分子 | 名称: Tula orthohantavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1980494 / 生物種: Tula orthohantavirus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 5449 |
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抽出 | トモグラム数: 30 / 使用した粒子像数: 5449 |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |