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万見
- EMDB-4685: The cryo-EM structure of the collar complex and tail axis in geno... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4685
タイトルThe cryo-EM structure of the collar complex and tail axis in genome emptied bacteriophage phi29
マップデータ
試料
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Proximal tail tube connector protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-neck appendage protein
キーワードbacteriophage / phi29 / genome emptied virion / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


virus tail, tube / viral portal complex / viral procapsid / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral DNA genome packaging / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / RNA binding ...virus tail, tube / viral portal complex / viral procapsid / virus tail, fiber / symbiont genome ejection through host cell envelope, short tail mechanism / symbiont entry into host cell via disruption of host cell envelope / viral DNA genome packaging / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Peptidase_G2, IMC autoproteolytic cleavage domain / Portal protein Gp10 / Portal protein Gp10 superfamily / Phage Connector (GP10) / Pectate lyase superfamily protein / Pectate lyase superfamily protein / Parallel beta-helix repeat / Parallel beta-helix repeats / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Pre-neck appendage protein / Proximal tail tube connector protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus phage phi29 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Xu J / Wang D
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
Ministry of Science and Technology (China)2015CB910102 中国
National Natural Science Foundation of China31470721 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural assembly of the tailed bacteriophage ϕ29.
著者: Jingwei Xu / Dianhong Wang / Miao Gui / Ye Xiang /
要旨: The mature virion of the tailed bacteriophage ϕ29 is an ~33 MDa complex that contains more than 450 subunits of seven structural proteins assembling into a prolate head and a short non-contractile ...The mature virion of the tailed bacteriophage ϕ29 is an ~33 MDa complex that contains more than 450 subunits of seven structural proteins assembling into a prolate head and a short non-contractile tail. Here, we report the near-atomic structures of the ϕ29 pre-genome packaging head (prohead), the mature virion and the genome-emptied virion. Structural comparisons suggest local rotation or oscillation of the head-tail connector upon DNA packaging and release. Termination of the DNA packaging occurs through pressure-dependent correlative positional and conformational changes in the connector. The funnel-shaped tail lower collar attaches the expanded narrow end of the connector and has a 180-Å long, 24-strand β barrel narrow stem tube that undergoes conformational changes upon genome release. The appendages form an interlocked assembly attaching the tail around the collar. The membrane active long loops at the distal end of the tail knob exit during the late stage of infection and form the cone-shaped tip of a largely hydrophobic helix barrel, prepared for membrane penetration.
履歴
登録2019年3月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2019年6月12日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qzf
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6qzf
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4685.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 540 pix.
= 734.4 Å		1.36 Å/pix.
x 540 pix.
= 734.4 Å		1.36 Å/pix.
x 540 pix.
= 734.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.5 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-4.8601074 - 22.011310000000002
平均 (標準偏差)0.00010756623 (±0.23255783)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 734.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z540540540
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z734.400734.400734.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS540540540
D min/max/mean-4.86022.0110.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus phage phi29

全体名称: Bacillus phage phi29 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Bacillus phage phi29 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
    • タンパク質・ペプチド: Proximal tail tube connector protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-neck appendage protein

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超分子 #1: Bacillus phage phi29

超分子名称: Bacillus phage phi29 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10756 / 生物種: Bacillus phage phi29 / ウイルスタイプ: PRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage phi29 (ファージ)
分子量理論値: 35.917293 KDa
配列文字列: MARKRSNTYR SINEIQRQKR NRWFIHYLNY LQSLAYQLFE WENLPPTINP SFLEKSIHQF GYVGFYKDPV ISYIACNGAL SGQRDVYNQ ATVFRAASPV YQKEFKLYNY RDMKEEDMGV VIYNNDMAFP TTPTLELFAA ELAELKEIIS VNQNAQKTPV L IRANDNNQ ...文字列:
MARKRSNTYR SINEIQRQKR NRWFIHYLNY LQSLAYQLFE WENLPPTINP SFLEKSIHQF GYVGFYKDPV ISYIACNGAL SGQRDVYNQ ATVFRAASPV YQKEFKLYNY RDMKEEDMGV VIYNNDMAFP TTPTLELFAA ELAELKEIIS VNQNAQKTPV L IRANDNNQ LSLKQVYNQY EGNAPVIFAH EALDSDSIEV FKTDAPYVVD KLNAQKNAVW NEMMTFLGIK NANLEKKERM VT DEVSSND EQIESSGTVF LKSREEACEK INELYGLNVK VKFRYDIVEQ MRRELQQIEN VSRGTSDGET NE

UniProtKB: Portal protein

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分子 #2: Proximal tail tube connector protein

分子名称: Proximal tail tube connector protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: the residues from 170 to 191 are assigned poly-alanine due to poor quality of map
コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage phi29 (ファージ)
分子量理論値: 33.839086 KDa
配列文字列: MSSYTMQLRT YIEMWSQGET GLSTAEKIEK GRPKLFDFNY PIFDESYRTI FETHFIRNFY MREIGFETEG LFKFHLETWL MINMPYFNK LFESELIKYD PLENTRVGVK SNTKNDTDRN DNRDVKQDLT SNGTSSTDAK QNDTSKTTGN EKSSGSGSIT D DNFKRDLN ...文字列:
MSSYTMQLRT YIEMWSQGET GLSTAEKIEK GRPKLFDFNY PIFDESYRTI FETHFIRNFY MREIGFETEG LFKFHLETWL MINMPYFNK LFESELIKYD PLENTRVGVK SNTKNDTDRN DNRDVKQDLT SNGTSSTDAK QNDTSKTTGN EKSSGSGSIT D DNFKRDLN ADTADDRLQL TTKDGEGVLE YASQIEEHNE NKKRDTKTSN TTDTTSNTTG TSTLDSDSKT SNKANTTSND KL NSQINSV EDYIEDRVGK IGTQSYARLV MDYREALLRI EQRIFNEMQE LFMLVY

UniProtKB: Proximal tail tube connector protein

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分子 #3: Pre-neck appendage protein

分子名称: Pre-neck appendage protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus phage phi29 (ファージ)
分子量理論値: 92.193523 KDa
配列文字列: MSTKPELKRF EQFGEMMVQL YERYLPTAFD ESLTLLEKMN KIIHYLNEIG KVTNELIEEW NKVMEWILND GLEDLVKETL ERWYEEGKF ADLVIQVIDE LKQFGVSVKT YGAKGDGVTD DIRAFEKAIE SGFPVYVPYG TFMVSRGIKL PSNTVLTGAG K RNAVIKFM ...文字列:
MSTKPELKRF EQFGEMMVQL YERYLPTAFD ESLTLLEKMN KIIHYLNEIG KVTNELIEEW NKVMEWILND GLEDLVKETL ERWYEEGKF ADLVIQVIDE LKQFGVSVKT YGAKGDGVTD DIRAFEKAIE SGFPVYVPYG TFMVSRGIKL PSNTVLTGAG K RNAVIKFM DSVGRGESLM YNQNVTTGNE NIFLSSFTLD GNNKRLGQGI SGIGGSRESN LSIRACHNVY IRDIEAVDCT LH GIDITCG GLDYPYLGDG TTAPNPSENI WIENCEATGF GDDGITTHHS QYINILNCYS HDPRLTANCN GFEIDDGSRH VVL SNNRSK GCYGGIEIKA HGDAPAAYNI SINGHMSVED VRSYNFRHIG HHAATDPQSV SAKNIVASNL VSIRPNNKRG FQDN ATPRV LAVSAYYGVV INGLTGYTDD PNLLTETVVS VQFRARNCSL NGVGLTGFSN SDNGIYVIGG SRGGDAVNIS NVTLN NSGR YGVSIGSGIE NVSITNISGI GDGINSPVAL VSTINSNPEI SGLSSIGYPT AARVAGTDYN DGLTLFNGAF RASTTS SGK IHSEGFIMGS TSGCEASVSK SGVLTSSSSK TSSERSLIAG SSTSEAKGTY NTILGSLGAV ADEQFAALIS ASQSRAS GN HNLILSSYGI NTTGSYKVNG GFEKINWELD SLNGRIKARD TVTGGNTWSD FAEYFESLDG QVIETGYLVT LEKGKIRK A EKGEKIIGVI SETAGFVLGE SSFEWQGAVL KNEFGGIIYE EVTTEDGVKF KRPLPSPDFD PNKNYIPRSQ RREWHVVGL LGQIAVRIDE TVKQGHGIDA VGGVATDGDN FIVQEITTPY TKEKGYGVAI VLVK

UniProtKB: Pre-neck appendage protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 31478
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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