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- EMDB-4539: Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 fab and taxol -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4539
タイトルNanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 fab and taxol
マップデータPostprocessed map of nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol
試料
  • 複合体: Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol
    • 複合体: nanodisc reconstituted human ABCB1
      • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance protein 1
    • 複合体: UIC2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Fab lightchain
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of anion channel activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of response to osmotic stress / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / ceramide translocation / external side of apical plasma membrane ...positive regulation of anion channel activity / carboxylic acid transmembrane transport / carboxylic acid transmembrane transporter activity / terpenoid transport / ceramide floppase activity / regulation of response to osmotic stress / floppase activity / Abacavir transmembrane transport / ceramide translocation / external side of apical plasma membrane / Atorvastatin ADME / phosphatidylethanolamine flippase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / transepithelial transport / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / export across plasma membrane / ABC-type xenobiotic transporter / P-type phospholipid transporter / ABC-type xenobiotic transporter activity / phospholipid translocation / Prednisone ADME / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / xenobiotic metabolic process / regulation of chloride transport / stem cell proliferation / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / G2/M transition of mitotic cell cycle / response to xenobiotic stimulus / apical plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / cell surface / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. ...Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Alam A / Locher KP
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
European Molecular Biology Organization スイス
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structural insight into substrate and inhibitor discrimination by human P-glycoprotein.
著者: Amer Alam / Julia Kowal / Eugenia Broude / Igor Roninson / Kaspar P Locher /
要旨: ABCB1, also known as P-glycoprotein, actively extrudes xenobiotic compounds across the plasma membrane of diverse cells, which contributes to cellular drug resistance and interferes with therapeutic ...ABCB1, also known as P-glycoprotein, actively extrudes xenobiotic compounds across the plasma membrane of diverse cells, which contributes to cellular drug resistance and interferes with therapeutic drug delivery. We determined the 3.5-angstrom cryo-electron microscopy structure of substrate-bound human ABCB1 reconstituted in lipidic nanodiscs, revealing a single molecule of the chemotherapeutic compound paclitaxel (Taxol) bound in a central, occluded pocket. A second structure of inhibited, human-mouse chimeric ABCB1 revealed two molecules of zosuquidar occupying the same drug-binding pocket. Minor structural differences between substrate- and inhibitor-bound ABCB1 sites are amplified toward the nucleotide-binding domains (NBDs), revealing how the plasticity of the drug-binding site controls the dynamics of the adenosine triphosphate-hydrolyzing NBDs. Ordered cholesterol and phospholipid molecules suggest how the membrane modulates the conformational changes associated with drug binding and transport.
履歴
登録2019年1月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月27日-
マップ公開2019年2月27日-
更新2021年6月2日-
現状2021年6月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qex
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4539.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4539.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Postprocessed map of nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å		0.84 Å/pix.
x 400 pix.
= 336. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.088010296 - 0.14215547
平均 (標準偏差)-3.4037519e-06 (±0.0019025864)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 336.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.840.840.84
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z336.000336.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ364364364
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0880.142-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol

全体名称: Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol
要素
  • 複合体: Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol
    • 複合体: nanodisc reconstituted human ABCB1
      • タンパク質・ペプチド: Multidrug resistance protein 1
    • 複合体: UIC2 Fab
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Fab lightchain
      • タンパク質・ペプチド: UIC2 Fab heavy chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

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超分子 #1: Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol

超分子名称: Nanodisc reconstituted human ABCB1 in complex with UIC2 Fab and taxol
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量実験値: 200 KDa

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超分子 #2: nanodisc reconstituted human ABCB1

超分子名称: nanodisc reconstituted human ABCB1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: UIC2 Fab

超分子名称: UIC2 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Multidrug resistance protein 1

分子名称: Multidrug resistance protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type xenobiotic transporter
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 141.628781 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLEGDRNGG AKKKNFFKLN NKSEKDKKEK KPTVSVFSMF RYSNWLDKLY MVVGTLAAII HGAGLPLMML VFGEMTDIFA NAGNLEDLM SNITNRSDIN DTGFFMNLEE DMTRYAYYYS GIGAGVLVAA YIQVSFWCLA AGRQIHKIRK QFFHAIMRQE I GWFDVHDV ...文字列:
MDLEGDRNGG AKKKNFFKLN NKSEKDKKEK KPTVSVFSMF RYSNWLDKLY MVVGTLAAII HGAGLPLMML VFGEMTDIFA NAGNLEDLM SNITNRSDIN DTGFFMNLEE DMTRYAYYYS GIGAGVLVAA YIQVSFWCLA AGRQIHKIRK QFFHAIMRQE I GWFDVHDV GELNTRLTDD VSKINEGIGD KIGMFFQSMA TFFTGFIVGF TRGWKLTLVI LAISPVLGLS AAVWAKILSS FT DKELLAY AKAGAVAEEV LAAIRTVIAF GGQKKELERY NKNLEEAKRI GIKKAITANI SIGAAFLLIY ASYALAFWYG TTL VLSGEY SIGQVLTVFF SVLIGAFSVG QASPSIEAFA NARGAAYEIF KIIDNKPSID SYSKSGHKPD NIKGNLEFRN VHFS YPSRK EVKILKGLNL KVQSGQTVAL VGNSGCGKST TVQLMQRLYD PTEGMVSVDG QDIRTINVRF LREIIGVVSQ EPVLF ATTI AENIRYGREN VTMDEIEKAV KEANAYDFIM KLPHKFDTLV GERGAQLSGG QKQRIAIARA LVRNPKILLL DEATSA LDT ESEAVVQVAL DKARKGRTTI VIAHRLSTVR NADVIAGFDD GVIVEKGNHD ELMKEKGIYF KLVTMQTAGN EVELENA AD ESKSEIDALE MSSNDSRSSL IRKRSTRRSV RGSQAQDRKL STKEALDESI PPVSFWRIMK LNLTEWPYFV VGVFCAII N GGLQPAFAII FSKIIGVFTR IDDPETKRQN SNLFSLLFLA LGIISFITFF LQGFTFGKAG EILTKRLRYM VFRSMLRQD VSWFDDPKNT TGALTTRLAN DAAQVKGAIG SRLAVITQNI ANLGTGIIIS FIYGWQLTLL LLAIVPIIAI AGVVEMKMLS GQALKDKKE LEGAGKIATE AIENFRTVVS LTQEQKFEHM YAQSLQVPYR NSLRKAHIFG ITFSFTQAMM YFSYAGCFRF G AYLVAHKL MSFEDVLLVF SAVVFGAMAV GQVSSFAPDY AKAKISAAHI IMIIEKTPLI DSYSTEGLMP NTLEGNVTFG EV VFNYPTR PDIPVLQGLS LEVKKGQTLA LVGSSGCGKS TVVQLLERFY DPLAGKVLLD GKEIKRLNVQ WLRAHLGIVS QEP ILFDCS IAENIAYGDN SRVVSQEEIV RAAKEANIHA FIESLPNKYS TKVGDKGTQL SGGQKQRIAI ARALVRQPHI LLLD EATSA LDTESEKVVQ EALDKAREGR TCIVIAHRLS TIQNADLIVV FQNGRVKEHG THQQLLAQKG IYFSMVSVQA GTKRQ

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分子 #2: UIC2 Fab lightchain

分子名称: UIC2 Fab lightchain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.321039 KDa
配列文字列: QVVMTQSPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHI PPWTFGGGTK LDIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGLSVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS ...文字列:
QVVMTQSPLS LPVSLGDQAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPK LLIYKVSNRF SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SRVEAEDLG VYFCSQSTHI PPWTFGGGTK LDIKRADAAP TVSIFPPSSE QLTSGGLSVV CFLNNFYPKD INVKWKIDGS E RQNGVLNS WTDQDSKDST YSMSSTLTLT KDEYERHNSY TCEATHKTST SPIVKSFNRN EC

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分子 #3: UIC2 Fab heavy chain

分子名称: UIC2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.381281 KDa
配列文字列: EVQLQESGPE LVKTGASVKI SCKASGYSFS NYYIHWVKQS HGKSLEWIGF ISCYNGATFY NQKFKGKATF TVDNSSSTAY MKFNSLTFE DSAVYYCARL PIQFGNFYPM DYWGQGTTVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL ...文字列:
EVQLQESGPE LVKTGASVKI SCKASGYSFS NYYIHWVKQS HGKSLEWIGF ISCYNGATFY NQKFKGKATF TVDNSSSTAY MKFNSLTFE DSAVYYCARL PIQFGNFYPM DYWGQGTTVT VSSAKTTAPS VYPLAPVCGD TTGSSVTLGC LVKGYFPEPV T LTWNSGSL SSGVHTFPAV LQSDLYTLSS SVTVTSSTWP SQSITCNVAH PASSTKVDKK IEPRGPT

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 16 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

+
分子 #6: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

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分子 #7: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6fn1

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 262191
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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