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- EMDB-4423: Helical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conforma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4423
タイトルHelical part of the influenza A virus ribonucleoprotein. Conformation 3.
マップデータInuenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 3.
試料
  • 複合体: Influenza A virus ribonucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
キーワードInfluenza A virus / Ribonucleoprotein / RNA binding protein / Viral protein
機能・相同性
機能・相同性情報


negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoprotein / Nucleoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Coloma R / Arranz R
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-90018-R スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2011-25090/BMC スペイン
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural insights into influenza A virus ribonucleoproteins reveal a processive helical track as transcription mechanism.
著者: Rocío Coloma / Rocío Arranz / José M de la Rosa-Trevín / Carlos O S Sorzano / Sandie Munier / Diego Carlero / Nadia Naffakh / Juan Ortín / Jaime Martín-Benito /
要旨: The influenza virus genome consists of eight viral ribonucleoproteins (vRNPs), each consisting of a copy of the polymerase, one of the genomic RNA segments and multiple copies of the nucleoprotein ...The influenza virus genome consists of eight viral ribonucleoproteins (vRNPs), each consisting of a copy of the polymerase, one of the genomic RNA segments and multiple copies of the nucleoprotein arranged in a double helical conformation. vRNPs are macromolecular machines responsible for messenger RNA synthesis and genome replication, that is, the formation of progeny vRNPs. Here, we describe the structural basis of the transcription process. The mechanism, which we call the 'processive helical track', is based on the extreme flexibility of the helical part of the vRNP that permits a sliding movement between both antiparallel nucleoprotein-RNA strands, thereby allowing the polymerase to move over the genome while bound to both RNA ends. Accordingly, we demonstrate that blocking this movement leads to inhibition of vRNP transcriptional activity. This mechanism also reveals a critical role of the nucleoprotein in maintaining the double helical structure throughout the copying process to make the RNA template accessible to the polymerase.
履歴
登録2018年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i7b
  • 表面レベル: 0.043
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6i7b
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4423.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4423.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 6.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Inuenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 3.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.26 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.043 / ムービー #1: 0.043
最小 - 最大-0.072408766 - 0.091959134
平均 (標準偏差)0.0010550286 (±0.018140327)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ120120120
Spacing120120120
セルA=B=C: 271.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.262.262.26
M x/y/z120120120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z271.200271.200271.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-532-20
NX/NY/NZ1019393
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS120120120
D min/max/mean-0.0720.0920.001

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添付データ

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追加マップ: Local resolution map calculated using MonoRes software

ファイルemd_4423_additional.map
注釈Local resolution map calculated using MonoRes software
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A virus ribonucleoprotein

全体名称: Influenza A virus ribonucleoprotein
要素
  • 複合体: Influenza A virus ribonucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein

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超分子 #1: Influenza A virus ribonucleoprotein

超分子名称: Influenza A virus ribonucleoprotein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 53.114328 KDa
配列文字列: NATEIRASVG KMIDGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDPK KTGGPIYRRV DGKWRRELI LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDATYQ RTRALVRTGM DPRMCSLMQG STLPRRSGAA G AAVKGVGT ...文字列:
NATEIRASVG KMIDGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDPK KTGGPIYRRV DGKWRRELI LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDATYQ RTRALVRTGM DPRMCSLMQG STLPRRSGAA G AAVKGVGT MVMELIRMIK RGINDRNFWR GENGRRTRIA YERMCNILKG KFQTAAQRTM VDQVRESRNP GNAEFEDLIF LA RSALILR GSVAHKSCLP ACVYGSAVAS GYDFEREGYS LVGIDPFRLL QNSQVYSLIR PNENPAHKSQ LVWMACHSAA FED LRVSSF IRGTKVVPRG KLSTRGVQIA SNENMETMES STLELRSRYW AIRTRSGGNT NQQRASSGQI SIQPTFSVQR NLPF DRPTI MAAFTGNTEG RTSDMRTEII RLMESARPED VSFQGRGVFE LSDEKATSPI VPSFDMSNEG SYFF

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Wilson-Smith/1933(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 2.107346 KDa
配列文字列:
SSGQISIQPT FSVQRNLPF

UniProtKB: Nucleoprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: TN buffer (50 nM Tris-HCl, 150 mM KCl)
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-68 / 実像数: 420 / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 34.16 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -65.95 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D1 (2回x1回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 詳細: MonoRes software in Xmipp/Scipion / 使用した粒子像数: 2867
Segment selection選択した数: 137461 / ソフトウェア - 名称: Xmipp / 詳細: Manual picking
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Initial model created using Iterative Helical Space Reconstruction protocols.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2iqh


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6i7b:
Influenza A nucleoprotein docked into 3D helical structure of the wild type ribonucleoprotein complex obtained using cryoEM. Conformation 3.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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