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- EMDB-41767: Structure of human Wnt3a bound to WLS and CALR -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-41767
タイトルStructure of human Wnt3a bound to WLS and CALR
マップデータ
試料
  • 複合体: Wnt3a-WLS-CALR Complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-3a
    • タンパク質・ペプチド: Protein wntless homolog
    • タンパク質・ペプチド: Calreticulin
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / axis elongation involved in somitogenesis / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation / Wnt protein secretion ...Wnt signaling pathway involved in forebrain neuroblast division / positive regulation of dermatome development / calcium ion transmembrane transport via low voltage-gated calcium channel / positive regulation of collateral sprouting in absence of injury / positive regulation of mesodermal cell fate specification / paraxial mesodermal cell fate commitment / axis elongation involved in somitogenesis / cell proliferation in midbrain / spinal cord association neuron differentiation / Wnt protein secretion / Formation of the posterior neural plate / Calnexin/calreticulin cycle / COP9 signalosome assembly / Wnt-Frizzled-LRP5/6 complex / cytolytic granule / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of Wnt protein secretion / Negative regulation of TCF-dependent signaling by WNT ligand antagonists / positive regulation of dendritic cell chemotaxis / synaptic vesicle recycling / WNT ligand biogenesis and trafficking / Signaling by RNF43 mutants / Assembly of Viral Components at the Budding Site / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / ATF6 (ATF6-alpha) activates chaperone genes / negative regulation of trophoblast cell migration / cortical granule / cell proliferation in forebrain / negative regulation of axon extension involved in axon guidance / nuclear receptor-mediated glucocorticoid signaling pathway / cellular response to electrical stimulus / complement component C1q complex binding / regulation of meiotic nuclear division / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / response to glycoside / Specification of the neural plate border / secondary palate development / endoplasmic reticulum quality control compartment / cementum mineralization / sequestering of calcium ion / somatic stem cell division / sarcoplasmic reticulum lumen / cardiac muscle cell fate commitment / protein folding in endoplasmic reticulum / co-receptor binding / hormone binding / presynapse assembly / non-canonical Wnt signaling pathway / hindbrain development / positive regulation of skeletal muscle tissue development / negative regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / Wnt-protein binding / nuclear export signal receptor activity / midbrain dopaminergic neuron differentiation / mammary gland development / dorsal/ventral neural tube patterning / regulation of postsynapse to nucleus signaling pathway / cardiac muscle cell differentiation / exocrine pancreas development / molecular sequestering activity / post-anal tail morphogenesis / positive regulation of neural precursor cell proliferation / frizzled binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / positive regulation of hepatocyte proliferation / myoblast differentiation / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / anterior/posterior axis specification / Scavenging by Class A Receptors / inner ear morphogenesis / Scavenging by Class F Receptors / protein maturation by protein folding / midbrain development / cortical actin cytoskeleton organization / nuclear androgen receptor binding / cellular response to lithium ion / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / organelle membrane / B cell proliferation / fat cell differentiation / heart looping / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of receptor internalization / skeletal muscle cell differentiation / response to testosterone / hemopoiesis / positive regulation of Wnt signaling pathway / mesoderm formation / protein localization to nucleus / regulation of presynapse assembly / negative regulation of neuron differentiation / cell fate commitment / endomembrane system / positive regulation of cell cycle / smooth endoplasmic reticulum / canonical Wnt signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / regulation of microtubule cytoskeleton organization
類似検索 - 分子機能
Wnt-3 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain ...Wnt-3 protein / Protein wntless / : / : / Wntless-like, transmembrane domain / Wntless, GOLD domain / Wnt protein, conserved site / Wnt-1 family signature. / Wnt / Wnt, C-terminal domain / wnt family / found in Wnt-1 / Calreticulin / Calreticulin family repeated motif signature. / Calreticulin/calnexin / Calreticulin/calnexin, P domain superfamily / Calreticulin/calnexin, conserved site / Calreticulin family / Calreticulin family signature 1. / Calreticulin family signature 2. / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Calreticulin / Protein Wnt-3a / Protein wntless homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Qi X / Hu Q / Li X
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM135343 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)HL160487 米国
Welch FoundationI-1957 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Molecular basis of Wnt biogenesis, secretion, and Wnt7-specific signaling.
著者: Xiaofeng Qi / Qinli Hu / Nadia Elghobashi-Meinhardt / Tao Long / Hongwen Chen / Xiaochun Li /
要旨: Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility ...Wnt proteins are enzymatically lipidated by Porcupine (PORCN) in the ER and bind to Wntless (WLS) for intracellular transport and secretion. Mechanisms governing the transfer of these low-solubility Wnts from the ER to the extracellular space remain unclear. Through structural and functional analyses of Wnt7a, a crucial Wnt involved in central nervous system angiogenesis and blood-brain barrier maintenance, we have elucidated the principles of Wnt biogenesis and Wnt7-specific signaling. The Wnt7a-WLS complex binds to calreticulin (CALR), revealing that CALR functions as a chaperone to facilitate Wnt transfer from PORCN to WLS during Wnt biogenesis. Our structures, functional analyses, and molecular dynamics simulations demonstrate that a phospholipid in the core of Wnt-bound WLS regulates the association and dissociation between Wnt and WLS, suggesting a lipid-mediated Wnt secretion mechanism. Finally, the structure of Wnt7a bound to RECK, a cell-surface Wnt7 co-receptor, reveals how RECK engages the N-terminal domain of Wnt7a to activate Wnt7-specific signaling.
履歴
登録2023年8月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_41767.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_41767.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.4 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.4 Å		0.83 Å/pix.
x 280 pix.
= 232.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.287
最小 - 最大-1.9777877 - 2.942259
平均 (標準偏差)0.005658618 (±0.060342725)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 232.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_41767_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_41767_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Wnt3a-WLS-CALR Complex

全体名称: Wnt3a-WLS-CALR Complex
要素
  • 複合体: Wnt3a-WLS-CALR Complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein Wnt-3a
    • タンパク質・ペプチド: Protein wntless homolog
    • タンパク質・ペプチド: Calreticulin
  • リガンド: PALMITOLEIC ACID
  • リガンド: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate

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超分子 #1: Wnt3a-WLS-CALR Complex

超分子名称: Wnt3a-WLS-CALR Complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Protein Wnt-3a

分子名称: Protein Wnt-3a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.421832 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPLGYFLLL CSLKQALGSY PIWWSLAVGP QYSSLGSQPI LCASIPGLVP KQLRFCRNYV EIMPSVAEGI KIGIQECQHQ FRGRRWNCT TVHDSLAIFG PVLDKATRES AFVHAIASAG VAFAVTRSCA EGTAAICGCS SRHQGSPGKG WKWGGCSEDI E FGGMVSRE ...文字列:
MAPLGYFLLL CSLKQALGSY PIWWSLAVGP QYSSLGSQPI LCASIPGLVP KQLRFCRNYV EIMPSVAEGI KIGIQECQHQ FRGRRWNCT TVHDSLAIFG PVLDKATRES AFVHAIASAG VAFAVTRSCA EGTAAICGCS SRHQGSPGKG WKWGGCSEDI E FGGMVSRE FADARENRPD ARSAMNRHNN EAGRQAIASH MHLKCKCHGL SGSCEVKTCW WSQPDFRAIG DFLKDKYDSA SE MVVEKHR ESRGWVETLR PRYTYFKVPT ERDLVYYEAS PNFCEPNPET GSFGTRDRTC NVSSHGIDGC DLLCCGRGHN ARA ERRREK CRCVFHWCCY VSCQECTRVY DVHTCK

UniProtKB: Protein Wnt-3a

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分子 #2: Protein wntless homolog

分子名称: Protein wntless homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.317973 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK ...文字列:
MAGAIIENMS TKKLCIVGGI LLVFQIIAFL VGGLIAPGPT TAVSYMSVKC VDARKNHHKT KWFVPWGPNH CDKIRDIEEA IPREIEAND IVFSVHIPLP HMEMSPWFQF MLFILQLDIA FKLNNQIREN AEVSMDVSLA YRDDAFAEWT EMAHERVPRK L KCTFTSPK TPEHEGRYYE CDVLPFMEIG SVAHKFYLLN IRLPVNEKKK INVGIGEIKD IRLVGIHQNG GFTKVWFAMK TF LTPSIFI IMVWYWRRIT MMSRPPVLLE KVIFALGISM TFINIPVEWF SIGFDWTWML LFGDIRQGIF YAMLLSFWII FCG EHMMDQ HERNHIAGYW KQVGPIAVGS FCLFIFDMCE RGVQLTNPFY SIWTTDIGTE LAMAFIIVAG ICLCLYFLFL CFMV FQVFR NISGKQSSLP AMSKVRRLHY EGLIFRFKFL MLITLACAAM TVIFFIVSQV TEGHWKWGGV TVQVNSAFFT GIYGM WNLY VFALMFLYAP SHKNYGEDQS NGDLGVHSGE ELQLTTTITH VDGPTEIYKL TRKEAQE

UniProtKB: Protein wntless homolog

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分子 #3: Calreticulin

分子名称: Calreticulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.198379 KDa
配列文字列: MLLSVPLLLG LLGLAVAEPA VYFKEQFLDG DGWTSRWIES KHKSDFGKFV LSSGKFYGDE EKDKGLQTSQ DARFYALSAS FEPFSNKGQ TLVVQFTVKH EQNIDCGGGY VKLFPNSLDQ TDMHGDSEYN IMFGPDICGP GTKKVHVIFN YKGKNVLINK D IRCKDDEF ...文字列:
MLLSVPLLLG LLGLAVAEPA VYFKEQFLDG DGWTSRWIES KHKSDFGKFV LSSGKFYGDE EKDKGLQTSQ DARFYALSAS FEPFSNKGQ TLVVQFTVKH EQNIDCGGGY VKLFPNSLDQ TDMHGDSEYN IMFGPDICGP GTKKVHVIFN YKGKNVLINK D IRCKDDEF THLYTLIVRP DNTYEVKIDN SQVESGSLED DWDFLPPKKI KDPDASKPED WDERAKIDDP TDSKPEDWDK PE HIPDPDA KKPEDWDEEM DGEWEPPVIQ NPEYKGEWKP RQIDNPDYKG TWIHPEIDNP EYSPDPSIYA YDNFGVLGLD LWQ VKSGTI FDNFLITNDE AYAEEFGNET WGVTKAAEKQ MKDKQDEEQR LKEEEEDKKR KEEEEAEDKE DDEDKDEDEE DEED KEEDE EEDVPGQAKD EL

UniProtKB: Calreticulin

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分子 #5: PALMITOLEIC ACID

分子名称: PALMITOLEIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PAM
分子量理論値: 254.408 Da
Chemical component information

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

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分子 #6: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(tri...

分子名称: (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: POV
分子量理論値: 760.076 Da
Chemical component information

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 113802
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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