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万見
- EMDB-4154: Mechanism of microtubule minus-end recognition and protection by ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4154
タイトルMechanism of microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins
マップデータCAMSAP3 CKK decorated 13pf microtubule asymmetric unit
試料
  • 複合体: Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domain
    • 複合体: tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • 複合体: CAMSAP3-CKK domain
      • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: water
キーワードCAMSAP CKK Microtubule Tubulin / Structural protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of organelle organization / zonula adherens maintenance / microtubule minus-end / protein transport along microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / : / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins ...regulation of organelle organization / zonula adherens maintenance / microtubule minus-end / protein transport along microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / : / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / microtubule anchoring / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of Golgi organization / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / COPI-mediated anterograde transport / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / microtubule minus-end binding / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / MHC class II antigen presentation / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cilium movement / Aggrephagy / epithelial cell-cell adhesion / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / zonula adherens / Separation of Sister Chromatids / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / embryo development ending in birth or egg hatching / positive regulation of axon guidance / regulation of focal adhesion assembly / motile cilium / spectrin binding / regulation of microtubule polymerization / axoneme / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / regulation of cell migration / regulation of microtubule cytoskeleton organization / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / neuron projection development / actin filament binding / mitotic cell cycle / double-stranded RNA binding / microtubule cytoskeleton / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / in utero embryonic development / microtubule / calmodulin binding / cilium / ciliary basal body / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / GTPase activity / ubiquitin protein ligase binding / centrosome / GTP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CAMSAP, spectrin and Ca2+/calmodulin-binding region / Spectrin-binding region of Ca2+-Calmodulin / CKK domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein / CKK domain superfamily / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / CKK domain profile. / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain ...CAMSAP, spectrin and Ca2+/calmodulin-binding region / Spectrin-binding region of Ca2+-Calmodulin / CKK domain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein / CKK domain superfamily / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / CKK domain profile. / Microtubule-binding calmodulin-regulated spectrin-associated / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / PRC-barrel-like superfamily / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Alpha tubulin / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha chain / Tubulin alpha-1B chain / Tubulin beta-2B chain / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Akhmanova A / Moores CA
資金援助 英国, 米国, オランダ, スイス, 6件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilMR/J000973/1 英国
European Research CouncilMR/M019292/1 英国
Wellcome Trust104196/Z/14/Z 英国
National Institutes of HealthR01GM070862 米国
NWO718.015.001 オランダ
Swiss National Science Foundation310030B_138659 スイス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2017
タイトル: A structural model for microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins.
著者: Joseph Atherton / Kai Jiang / Marcel M Stangier / Yanzhang Luo / Shasha Hua / Klaartje Houben / Jolien J E van Hooff / Agnel-Praveen Joseph / Guido Scarabelli / Barry J Grant / Anthony J ...著者: Joseph Atherton / Kai Jiang / Marcel M Stangier / Yanzhang Luo / Shasha Hua / Klaartje Houben / Jolien J E van Hooff / Agnel-Praveen Joseph / Guido Scarabelli / Barry J Grant / Anthony J Roberts / Maya Topf / Michel O Steinmetz / Marc Baldus / Carolyn A Moores / Anna Akhmanova /
要旨: CAMSAP and Patronin family members regulate microtubule minus-end stability and localization and thus organize noncentrosomal microtubule networks, which are essential for cell division, polarization ...CAMSAP and Patronin family members regulate microtubule minus-end stability and localization and thus organize noncentrosomal microtubule networks, which are essential for cell division, polarization and differentiation. Here, we found that the CAMSAP C-terminal CKK domain is widely present among eukaryotes and autonomously recognizes microtubule minus ends. Through a combination of structural approaches, we uncovered how mammalian CKK binds between two tubulin dimers at the interprotofilament interface on the outer microtubule surface. In vitro reconstitution assays combined with high-resolution fluorescence microscopy and cryo-electron tomography suggested that CKK preferentially associates with the transition zone between curved protofilaments and the regular microtubule lattice. We propose that minus-end-specific features of the interprotofilament interface at this site serve as the basis for CKK's minus-end preference. The steric clash between microtubule-bound CKK and kinesin motors explains how CKK protects microtubule minus ends against kinesin-13-induced depolymerization and thus controls the stability of free microtubule minus ends.
履歴
登録2016年10月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年11月30日-
マップ公開2017年10月4日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0314
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0314
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5m50
  • 表面レベル: 0.0314
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4154.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CAMSAP3 CKK decorated 13pf microtubule asymmetric unit
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.53 Å/pix.
x 95 pix.
= 145.73 Å		1.53 Å/pix.
x 88 pix.
= 134.992 Å		1.53 Å/pix.
x 82 pix.
= 125.788 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.534 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0314 / ムービー #1: 0.0314
最小 - 最大-0.039573725 - 0.12910078
平均 (標準偏差)0.0059765955 (±0.016930932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ888295
Spacing828895
セルA: 125.788 Å / B: 134.992 Å / C: 145.73001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.5341.5341.534
M x/y/z828895
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z125.788134.992145.730
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS828895
D min/max/mean-0.0400.1290.006

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domain

全体名称: Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domain
要素
  • 複合体: Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domain
    • 複合体: tubulin
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha chain
      • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta-2B chain
    • 複合体: CAMSAP3-CKK domain
      • タンパク質・ペプチド: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domain

超分子名称: Complex of two tubulin dimers with bound CAMSAP3-CKK domain
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: tubulin

超分子名称: tubulin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

+
超分子 #3: CAMSAP3-CKK domain

超分子名称: CAMSAP3-CKK domain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

+
分子 #1: Tubulin alpha chain

分子名称: Tubulin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 48.769988 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRGHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDS

UniProtKB: Tubulin alpha chain

+
分子 #2: Tubulin beta-2B chain

分子名称: Tubulin beta-2B chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 47.940945 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QD

UniProtKB: Tubulin beta-2B chain

+
分子 #3: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3

分子名称: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 13.431391 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
AKSNKFIIHN ALSHCCLAGK VNEPQKNRIL EEIEKSKANH FLILFRDSSC QFRALYTLSG ETEELSRLAG YGPRTVTPAM VEGIYKYNS DRKRFTQIPA KTMSMSVDAF TIQGHLWQS

UniProtKB: Calmodulin-regulated spectrin-associated protein 3

+
分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #7: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM

+
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 8 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8 / 詳細: BRB80
グリッドモデル: C-flat-2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細13pf Microtubules

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 / 詳細: 25e-/A2 used in final reconstuctions
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Kinesin decorated microtubule
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
詳細: Gold-standard noise substitution test used to asses for over fitting (Chen et al., 2013)
使用した粒子像数: 6530
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPIDER
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 詳細: Projection matching in Fourier space

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-5m50:
Mechanism of microtubule minus-end recognition and protection by CAMSAP proteins

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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