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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3jd8 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM structure of the full-length human NPC1 at 4.4 angstrom | |||||||||
要素 | Niemann-Pick C1 protein | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / lipid transporter activity / programmed cell death ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / lipid transporter activity / programmed cell death / bile acid metabolic process / cholesterol transport / establishment of protein localization to membrane / adult walking behavior / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / lysosomal transport / cholesterol efflux / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / cholesterol binding / protein glycosylation / neurogenesis / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / cholesterol metabolic process / liver development / cholesterol homeostasis / macroautophagy / transmembrane signaling receptor activity / autophagy / endocytosis / nuclear envelope / virus receptor activity / late endosome membrane / signaling receptor activity / gene expression / lysosome / response to xenobiotic stimulus / symbiont entry into host cell / membrane raft / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Gong, X. / Qian, H.W. / Zhou, X.H. / Wu, J.P. / Zhou, Q. / Yan, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structural Insights into the Niemann-Pick C1 (NPC1)-Mediated Cholesterol Transfer and Ebola Infection. 著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Xinhui Zhou / Jianping Wu / Tao Wan / Pingping Cao / Weiyun Huang / Xin Zhao / Xudong Wang / Peiyi Wang / Yi Shi / George F Gao / Qiang Zhou / Nieng Yan / 要旨: Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. ...Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. NPC1 is also the intracellular receptor for Ebola virus (EBOV). Here, we present a 4.4 Å structure of full-length human NPC1 and a low-resolution reconstruction of NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein (GPcl) of EBOV, both determined by single-particle electron cryomicroscopy. NPC1 contains 13 transmembrane segments (TMs) and three distinct lumenal domains A (also designated NTD), C, and I. TMs 2-13 exhibit a typical resistance-nodulation-cell division fold, among which TMs 3-7 constitute the sterol-sensing domain conserved in several proteins involved in cholesterol metabolism and signaling. A trimeric EBOV-GPcl binds to one NPC1 monomer through the domain C. Our structural and biochemical characterizations provide an important framework for mechanistic understanding of NPC1-mediated intracellular cholesterol trafficking and Ebola virus infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3jd8.cif.gz | 272 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3jd8.ent.gz | 217.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3jd8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3jd8_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3jd8_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 3jd8_validation.xml.gz | 52 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3jd8_validation.cif.gz | 73.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/3jd8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/3jd8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 142272.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPC1 / プラスミド: pCAG / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15118 |
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#6: 化合物 | ChemComp-CLR / |
-糖 , 4種, 16分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #5: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Niemann-Pick C1 protein / タイプ: COMPLEX / 別称: NPC1 |
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緩衝液 | 名称: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl and 0.1% digitonin / pH: 8 / 詳細: 25mM Tris pH 8.0, 150mM NaCl and 0.1% digitonin |
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: Quantifoil R1.2/1.3 copper grid, 200 mesh |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2016年1月10日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 倍率(補正後): 38270 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 温度: 100 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | 詳細: Each micrograph | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: RELION / 解像度: 4.43 Å / 粒子像の数: 102731 / ピクセルサイズ(公称値): 1.30654 Å / ピクセルサイズ(実測値): 1.30654 Å 詳細: (Single particle details: Iamges were processed using RELION1.4.) (Single particle--Applied symmetry: C1) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 |
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原子モデル構築 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST
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