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- PDB-3jcm: Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3jcm
タイトルCryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
要素
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 3
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...) x 6
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • Pre-mRNA-processing factor 31
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • SNR14 snRNA
  • SNR6 snRNA
  • SNR7-L snRNA
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Spliceosomal protein DIB1
  • pre-mRNA
キーワードTRANSCRIPTION / U4/U6.U5 tri-snRNP / pre-mRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / box C/D methylation guide snoRNP complex / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / snRNP binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / splicing factor binding / SMN-Sm protein complex / U4 snRNA binding / spliceosomal tri-snRNP complex / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U2 snRNP / U1 snRNP / P-body assembly / U4 snRNP / U2-type prespliceosome / poly(U) RNA binding / tRNA processing / U3 snoRNA binding / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / mRNA 5'-splice site recognition / spliceosomal complex assembly / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / U5 snRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / cellular response to glucose starvation / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / spliceosomal complex / maturation of SSU-rRNA / P-body / small-subunit processome / mRNA splicing, via spliceosome / metallopeptidase activity / rRNA processing / nucleic acid binding / RNA helicase activity / RNA helicase / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Sm-like protein Lsm8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 ...Sec63 N-terminal domain-like domain / Sec63 N-terminal domain-like fold / Elongation Factor G (Translational Gtpase), domain 3 / Sm-like protein Lsm8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / : / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / Ribosomal protein L30/S12 / NOSIC / : / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / SH3 type barrels. - #100 / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / C2 domain / LSM domain superfamily / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / EF-G domain III/V-like / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Elongation factor Tu domain 2 / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-M7M / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Chem-M7M / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / LSM complex subunit LSM2 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / LSM complex subunit LSM4 / LSM complex subunit LSM5 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / LSM2-LSM8 complex subunit LSM8 / Pre-mRNA-processing factor 31 / LSM complex subunit LSM7 / Small nuclear ribonucleoprotein F / LSM complex subunit LSM3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / LSM complex subunit LSM6 / Spliceosomal protein DIB1 / Small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Wan, R. / Yan, C. / Bai, R. / Wang, L. / Huang, M. / Wong, C.C. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Science / 年: 2016
タイトル: The 3.8 Å structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis.
著者: Ruixue Wan / Chuangye Yan / Rui Bai / Lin Wang / Min Huang / Catherine C L Wong / Yigong Shi /
要旨: Splicing of precursor messenger RNA is accomplished by a dynamic megacomplex known as the spliceosome. Assembly of a functional spliceosome requires a preassembled U4/U6.U5 tri-snRNP complex, which ...Splicing of precursor messenger RNA is accomplished by a dynamic megacomplex known as the spliceosome. Assembly of a functional spliceosome requires a preassembled U4/U6.U5 tri-snRNP complex, which comprises the U5 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP), the U4 and U6 small nuclear RNA (snRNA) duplex, and a number of protein factors. Here we report the three-dimensional structure of a Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at an overall resolution of 3.8 angstroms by single-particle electron cryomicroscopy. The local resolution for the core regions of the tri-snRNP reaches 3.0 to 3.5 angstroms, allowing construction of a refined atomic model. Our structure contains U5 snRNA, the extensively base-paired U4/U6 snRNA, and 30 proteins including Prp8 and Snu114, which amount to 8495 amino acids and 263 nucleotides with a combined molecular mass of ~1 megadalton. The catalytic nucleotide U80 from U6 snRNA exists in an inactive conformation, stabilized by its base-pairing interactions with U4 snRNA and protected by Prp3. Pre-messenger RNA is bound in the tri-snRNP through base-pairing interactions with U6 snRNA and loop I of U5 snRNA. This structure, together with that of the spliceosome, reveals the molecular choreography of the snRNAs in the activation process of the spliceosomal ribozyme.
履歴
登録2015年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: cell / database_2 ...cell / database_2 / em_image_scans / struct_conn
Item: _cell.Z_PDB / _cell.length_a ..._cell.Z_PDB / _cell.length_a / _cell.length_b / _cell.length_c / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_sites / chem_comp_atom ...atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_sheet / struct_site
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-splicing factor 8
B: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
I: Pre-mRNA-processing factor 31
G: Pre-mRNA-splicing factor 6
K: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
L: Spliceosomal protein DIB1
M: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
H: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
N: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
R: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
S: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
T: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
U: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
V: Small nuclear ribonucleoprotein E
W: Small nuclear ribonucleoprotein F
X: Small nuclear ribonucleoprotein G
J: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
O: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
P: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
Q: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
Y: Small nuclear ribonucleoprotein E
Z: Small nuclear ribonucleoprotein F
a: Small nuclear ribonucleoprotein G
b: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
c: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
d: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
e: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
f: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
g: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
h: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
C: pre-mRNA
D: SNR6 snRNA
E: SNR14 snRNA
F: SNR7-L snRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,373,83336
ポリマ－1,372,82234
非ポリマー1,0102
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 3種, 3分子 AGH

#1: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8


分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: PRP8 / 株: S288c / 参照: UniProt: P33334
#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 6


分子量: 104370.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: PRP6 / 株: S288c / 参照: UniProt: P19735
#8: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 114 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Growth inhibitory protein 10


分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SNU114 / 株: S288c / 参照: UniProt: P36048

-
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 BK

#2: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-processing protein 4


分子量: 52506.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: PRP4 / 株: S288c / 参照: UniProt: P20053
#5: タンパク質 U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor 3


分子量: 55974.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: PRP3 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q03338

-
タンパク質 , 5種, 6分子 ILMNSO

#3: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 31


分子量: 56382.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: PRP31 / 株: S288c / 参照: UniProt: P49704
#6: タンパク質 Spliceosomal protein DIB1


分子量: 16798.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: DIB1 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q06819
#7: タンパク質 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein 1


分子量: 13582.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SNU13 / 株: S288c / 参照: UniProt: P39990
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Protein Snu246


分子量: 246470.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: BRR2 / 株: S288c / 参照: UniProt: P32639, RNA helicase
#11: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / Sm-B / SmB


分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SMB1 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40018

-
Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 RJTPUQVYWZXa

#10: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SMD3 / 株: S288c / 参照: UniProt: P43321
#12: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Sm-D1 / snRNP core protein D1


分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SMD1 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q02260
#13: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SMD2 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q06217
#14: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / Sm-E / SmE


分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SME1 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q12330
#15: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / Sm-F / SmF


分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SMX3 / 株: S288c / 参照: UniProt: P54999
#16: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / Sm-G / SmG


分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: SMX2 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40204

-
U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 7分子 bcdefgh

#17: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8


分子量: 12403.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM8 / 株: S288c / 参照: UniProt: P47093
#18: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3


分子量: 11177.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM2 / 株: S288c / 参照: UniProt: P38203
#19: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10039.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM3 / 株: S288c / 参照: UniProt: P57743
#20: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6


分子量: 9406.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM6 / 株: S288c / 参照: UniProt: Q06406
#21: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5


分子量: 10432.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM5 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40089
#22: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7


分子量: 13027.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM7 / 株: S288c / 参照: UniProt: P53905
#23: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4


分子量: 21298.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
属: LSM4 / 株: S288c / 参照: UniProt: P40070

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 CDEF

#24: RNA鎖 pre-mRNA


分子量: 6425.880 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: RNA鎖 SNR6 snRNA / U6 snRNA


分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: GenBank: 831416131
#26: RNA鎖 SNR14 snRNA / U4 snRNA


分子量: 51186.023 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: GenBank: 831416092
#27: RNA鎖 SNR7-L snRNA / U5 snRNA


分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 参照: GenBank: 831416109

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#28: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#29: 化合物 ChemComp-M7M / N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate)


分子量: 487.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H23N5O11P2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: COMPLEX
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TITAN / 日付: 2015年8月8日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 172134 / ピクセルサイズ（実測値）: 1.32 Å / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数52625 5565 63 0 58253

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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